1,3-diaza-2-oxophenoxazine 2'-deoxy-β-D-ribofuranoside

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1,3-diaza-2-oxophenoxazine 2'-deoxy-β-D-ribofuranoside
• 英文别名: 3-β-D-2'-deoxyribofuranosyl-3,5-diaza-4-oxophenoxazine；3-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-10H-pyrimido[5,4-b][1,4]benzoxazin-2-one
• 化学式: C₁₅H₁₅N₃O₅
• 分子量: 317.301
• InChiKey: VNBPJJQDGPLSIV-ZWKOPEQDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  104
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1,3-diaza-2-oxophenoxazine 2'-deoxy-β-D-ribofuranoside 在 盐酸 作用下， 以 水 为溶剂， 生成 2-oxo-2,10-dihydro-3H-benzo[b]pyrimido[4,5-e][1,4]oxazin
  参考文献：
  名称：

  吩恶嗪核苷衍生物的抗病毒活性谱

  摘要：

  吩恶嗪支架广泛用作稳定核酸双链体，是用于研究核酸结构，识别和代谢等的荧光探针的一部分。在这里，我们介绍基于吩恶嗪的核苷衍生物的合成及其对甲氧西林的抗病毒活性。结构多样的病毒：包膜DNA疱疹病毒水痘带状疱疹病毒（VZV）和人巨细胞病毒，包膜RNA-传脑炎病毒（TBEV）和非包膜RNA肠病毒。研究的化合物可有效抵抗细胞培养物中DNA和RNA病毒的繁殖。3-（2'-脱氧-β-D-呋喃呋喃糖基）-1,3-二氮杂-2-氧代苯恶嗪被证明是VZV复制的有效抑制剂，对野生型的活性优于对胸苷激酶缺陷的菌株（EC 50分别为0.06和10μM）。该化合物在所有研究的细胞系中均未显示出细胞毒性。几种化合物具有抗TBEV的活性（EC 50 0.35–0.91μM），但具有明显的细胞毒性。这些化合物可以作为抗疱疹病毒或抗黄病毒化合物被认为是进一步优化结构的良好起点。

  DOI：

  10.1016/j.antiviral.2019.01.010
• 作为产物：
  描述：

  溴脲苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 potassium fluoride 、 sodium methylate 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 109.45h， 生成 1,3-diaza-2-oxophenoxazine 2'-deoxy-β-D-ribofuranoside
  参考文献：
  名称：

  功能化三环胞嘧啶类似物为核苷荧光团提供改进的光物理特性和一系列溶剂敏感性

  摘要：

  三环胞嘧啶（TC和TC ö框架）已成为一类独特的荧光核碱基类似物的最低限度地扰动B型DNA的结构，并且是不灭的双面核酸。这些框架的系统衍生化是一种改进和多样化光物理特性的可能方法，但迄今为止尚未进行过研究。合成方法经过改进以提高对给电子和吸电子基团的耐受性，从而产生了一系列八种新的荧光胞苷类似物。光物理研究表明框架结果的效果的图案替代跨越的tC和TC基本一致Ø并提供比任一亲本都亮的核苷荧光团。此外，还观察到了一系列溶剂敏感性，这为该系列探针可以扩展到需要报告当地环境的新应用提供了希望。

  DOI：

  10.1002/chem.201303410

文献信息

• Binding Affinities of Oligonucleotides and PNAs Containing Phenoxazine and G-Clamp Cytosine Analogues Are Unusually Sequence-Dependent
  作者：José-Antonio Ortega、José Ramón Blas、Modesto Orozco、Anna Grandas、Enrique Pedroso、Jordi Robles

  DOI：10.1021/ol701826x

  日期：2007.10.1

  temperatures of DNA duplexes containing the phenoxazine (P) and G-clamp (X) cytosine analogues exhibited a strong and unusual dependence on the nucleoside flanking the modified nucleobase, and the same trend was observed in PNA-DNA duplexes incorporating X in the PNA chain. Molecular dynamics simulations of the DNA duplexes show that generalized stacking (including secondary interactions of the ammonium

  包含吩恶嗪（P）和G-钳位（X）胞嘧啶类似物的DNA双链体的解链温度对修饰的核碱基侧翼的核苷表现出强烈且异常的依赖性，并且在PNA中将X掺入的PNA-DNA双链体中观察到相同的趋势链。DNA双链体的分子动力学模拟表明，广义的堆积（包括X的铵基的次级相互作用）和氢键是不同双链体稳定性的良好描述。
• Phenoxazine nucleoside derivatives with a multiple activity against RNA and DNA viruses
  作者：Liubov I. Kozlovskaya、Viktor P. Volok、Anna A. Shtro、Yulia V. Nikolaeva、Alexey A. Chistov、Elena S. Matyugina、Evgeny S. Belyaev、Artjom V. Jegorov、Robert Snoeck、Vladimir A. Korshun、Graciela Andrei、Dmitry I. Osolodkin、Aydar A. Ishmukhametov、Andrey V. Aralov

  DOI：10.1016/j.ejmech.2021.113467

  日期：2021.8

  Emerging and re-emerging viruses periodically cause outbreaks and epidemics all over the world, eventually leading to global events such as the current pandemic of the novel SARS-CoV-2 coronavirus infection COVID-19. Therefore, an urgent need for novel antivirals is crystal clear. Here we present the synthesis and evaluation of an antiviral activity of phenoxazine-based nucleoside analogs divided into

  新出现和重新出现的病毒周期性地在世界各地引起爆发和流行，最终导致全球事件，例如当前新型 SARS-CoV-2 冠状病毒感染 COVID-19 的大流行。因此，迫切需要新型抗病毒药物是显而易见的。在这里，我们介绍了基于吩恶嗪的核苷类似物的抗病毒活性的合成和评估，分为三组：(1) 8-烷氧基取代的、(2) 无环的和 (3) 碳环的。针对来自 25 个物种的结构和系统发育不同的 RNA 和 DNA 病毒组评估了抗病毒活性。四种化合物 ( 11a-c , 12c ) 抑制 4 种 DNA/RNA 病毒，EC 50 ≤ 20 微米。在大多数情况下，化合物对用于病毒培养的细胞系的毒性可以忽略不计。此外，先前报道的和新合成的吩恶嗪衍生物针对 SARS-CoV-2 进行了评估，其中一些在低微摩尔范围内以 EC 50值显示出有希望的繁殖抑制作用，尽管伴有相应的细胞毒性。
• Tricyclic 2'-Deoxycytidine Analogs: Syntheses and Incorporation into Oligodeoxynucleotides Which Have Enhanced Binding to Complementary RNA
  作者：Kuei-Ying Lin、Robert J. Jones、Mark Matteucci

  DOI：10.1021/ja00118a026

  日期：1995.4
• [EN] COMPOSITIONS FOR EDITING MECP2 TRANSCRIPTS AND METHODS THEREOF<br/>[FR] COMPOSITIONS POUR L'ÉDITION DE TRANSCRITS MECP2 ET PROCÉDÉS ASSOCIÉS
  申请人：[en]WAVE LIFE SCIENCES LTD.

  公开号：WO2023049477A2

  公开（公告）日：2023-03-30

  Among other things, the present disclosure provides oligonucleotides, compositions and methods thereof that can bring about specific editing of a target adenosine in a target RNA molecule. Such oligonucleotides, compositions and methods are useful to treat, prevent, or ameliorate MECP2 associated disorders, diseases and syndromes that can benefit from adenosine modification.
• [EN] COMPOSITIONS FOR EDITING ASS1 TRANSCRIPTS AND METHODS THEREOF<br/>[FR] COMPOSITIONS D'ÉDITION DE PRODUITS DE TRANSCRIPTION D'ASS1 ET MÉTHODES ASSOCIÉES
  申请人：[en]WAVE LIFE SCIENCES LTD.

  公开号：WO2023220428A1

  公开（公告）日：2023-11-16

  Among other things, the present disclosure provides oligonucleotides, compositions and methods thereof that can bring about specific editing of a target adenosine in a target RNA molecule. Such oligonucleotides, compositions and methods are useful to treat, prevent, or ameliorate ASS1 associated disorders, diseases and syndromes that can benefit from adenosine modification.