chitotriose | 133442-53-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: chitotriose
• 英文别名: D-Glucosaminide；(2R,3S,4R,5R,6S)-5-amino-6-[(2R,3S,4R,5R,6S)-5-amino-6-[(2R,3S,4R,5R,6R)-5-amino-4,6-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxy-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol
• CAS: 133442-53-2
• 化学式: C₁₈H₃₅N₃O₁₃
• 分子量: 501.488
• InChiKey: RQFQJYYMBWVMQG-IXDPLRRUSA-N

物化性质

• 沸点：
  882.2±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.68±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -7.6
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  286
• 氢给体数：
  11
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-羧基-2,2,6,6-四甲基氮杂环己烷-1-氧基自由基 、 chitotriose 在 4-二甲氨基吡啶 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 48.0h， 以4 mg的产率得到
  参考文献：
  名称：

  NOVEL COMPOSITIONS AND THERAPEUTIC METHODS

  摘要：

  本发明涉及新产品、变体、药用可接受的盐和前药，以及这些化合物的医学用途，用于治疗和/或管理败血症、败血症、脓毒性休克、眼部感染、眼部炎症、眼部血管生成、类风湿性关节炎（RA）、动脉粥样硬化、炎症性肠病（IBD）、哮喘、慢性阻塞性肺病、发热综合征、消瘦症、牛皮癣、自身免疫疾病、心脏疾病、视网膜母细胞瘤、癌症和/或任何与炎症、免疫调节和微生物感染有关的疾病。

  公开号：

  US20170281667A1
• 作为产物：
  描述：

  chitosan 、 alkaline earth salt of/the/ methylsulfuric acid 在 chitosanase OU01 from Microbacterium sp. E25A mutant in complex with hexa-glucosamine 、 水 作用下， 以 aq. acetate buffer 为溶剂， 反应 0.33h， 生成 壳寡糖 、 chitotriose 、 2-amino-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl-(1->4)-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranose
  参考文献：
  名称：

  Structural insights into the substrate-binding mechanism for a novel chitosanase

  摘要：

  壳聚糖酶能够特异性地裂解壳聚糖中的β-1,4-糖苷键连接，生成壳聚糖异构体产物，这种产物在功能食品和癌症治疗等许多领域都有广泛的应用。虽然已经确定了几种壳聚糖酶的结构，但由于缺乏壳聚糖酶-底物复合物的高分辨率结构，该酶的底物结合机制尚未完全阐明。在本研究中，我们展示了一种新型壳聚糖酶 OU01 与其底物六葡糖胺（GlcN）6 复合物的晶体结构，该底物属于碳水化合物活性酶数据库（http://www.cazy.org/）中的 GH46（糖苷水解酶 46）家族。该结构首次精确测定了底物结合机制。壳聚糖酶-(GlcN)6 复合物结构表明，从(GlcN)6 底物的 -2 到 +1 位置，吡喃糖环与壳聚糖酶结合裂隙形成了广泛的相互作用。发现结合裂隙中的几个残基（Ser27、Tyr37、Arg45、Thr58、Asp60、His203 和 Asp235）形成了结合底物所需的重要相互作用。对这些残基的定点突变表明，Y37F 和 H203A 突变会削弱催化活性。相比之下，突变 T58A 和 D235A 只导致催化活性的中度丧失，而 S27A 突变则保留了约 80% 的酶活性。结合以前的诱变研究，这些结果表明-2、-1 和 +1 亚位点在底物结合和催化中起着主导作用。DSF（差示扫描荧光测定法）测定证实，这些突变对蛋白质的稳定性没有显著影响。综上所述，我们首次从机理上解释了底物（GlcN）6 与壳聚糖酶的结合，这对于设计用于生物质转化的新型壳聚糖酶至关重要。

  DOI：

  10.1042/bj20140159

文献信息

• NOVEL COMPOSITIONS AND THERAPEUTIC METHODS
  申请人：AyuVis Research LLC

  公开号：US20170281667A1

  公开（公告）日：2017-10-05

  The present invention is directed to novel products, variants, pharmaceutically acceptable salts and prodrugs thereof, and medical use of such compounds for the treatment and/or management of sepsis, septicemia, septic shock, ocular infection, ocular inflammation, ocular angiogenesis, rheumatoid arthritis (RA), atherosclerosis, inflammatory bowel diseases (IBD), asthma, chronic obstructive pulmonary disease, fever syndromes, cachexia, psoriasis, autoimmune diseases, cardiac diseases, retinoblastoma, cancer and/or any disorder associated with inflammation, immunomodulation and microbial infection.

  本发明涉及新产品、变体、药用可接受的盐和前药，以及这些化合物的医学用途，用于治疗和/或管理败血症、败血症、脓毒性休克、眼部感染、眼部炎症、眼部血管生成、类风湿性关节炎（RA）、动脉粥样硬化、炎症性肠病（IBD）、哮喘、慢性阻塞性肺病、发热综合征、消瘦症、牛皮癣、自身免疫疾病、心脏疾病、视网膜母细胞瘤、癌症和/或任何与炎症、免疫调节和微生物感染有关的疾病。
• Structural insights into the substrate-binding mechanism for a novel chitosanase
  作者：Qianqian Lyu、Song Wang、Wenhua Xu、Baoqin Han、Wanshun Liu、David N. M. Jones、Weizhi Liu

  DOI：10.1042/bj20140159

  日期：2014.7.15

  Chitosanase is able to specifically cleave β-1,4-glycosidic bond linkages in chitosan to produce a chito-oligomer product, which has found a variety of applications in many areas, including functional food and cancer therapy. Although several structures for chitosanase have been determined, the substrate-binding mechanism for this enzyme has not been fully elucidated because of the lack of a high-resolution structure of the chitosanase–substrate complex. In the present study we show the crystal structure of a novel chitosanase OU01 from Microbacterium sp. in complex with its substrate hexa-glucosamine (GlcN)6, which belongs to the GH46 (glycoside hydrolyase 46) family in the Carbohydrate Active Enzymes database (http://www.cazy.org/). This structure allows precise determination of the substrate-binding mechanism for the first time. The chitosanase–(GlcN)6 complex structure demonstrates that, from the −2 to +1 position of the (GlcN)6 substrate, the pyranose rings form extensive interactions with the chitosanase-binding cleft. Several residues (Ser27, Tyr37, Arg45, Thr58, Asp60, His203 and Asp235) in the binding cleft are found to form important interactions required to bind the substrate. Site-directed mutagenesis of these residues showed that mutations of Y37F and H203A abolish catalytic activity. In contrast, the mutations T58A and D235A only lead to a moderate loss of catalytic activity, whereas the S27A mutation retains ~80% of the enzymatic activity. In combination with previous mutagenesis studies, these results suggest that the −2, −1 and +1 subsites play a dominant role in substrate binding and catalysis. DSF (differential scanning fluorimetry) assays confirmed that these mutations had no significant effect on protein stability. Taken together, we present the first mechanistic interpretation for the substrate (GlcN)6 binding to chitosanase, which is critical for the design of novel chitosanase used for biomass conversion.

  壳聚糖酶能够特异性地裂解壳聚糖中的β-1,4-糖苷键连接，生成壳聚糖异构体产物，这种产物在功能食品和癌症治疗等许多领域都有广泛的应用。虽然已经确定了几种壳聚糖酶的结构，但由于缺乏壳聚糖酶-底物复合物的高分辨率结构，该酶的底物结合机制尚未完全阐明。在本研究中，我们展示了一种新型壳聚糖酶 OU01 与其底物六葡糖胺（GlcN）6 复合物的晶体结构，该底物属于碳水化合物活性酶数据库（http://www.cazy.org/）中的 GH46（糖苷水解酶 46）家族。该结构首次精确测定了底物结合机制。壳聚糖酶-(GlcN)6 复合物结构表明，从(GlcN)6 底物的 -2 到 +1 位置，吡喃糖环与壳聚糖酶结合裂隙形成了广泛的相互作用。发现结合裂隙中的几个残基（Ser27、Tyr37、Arg45、Thr58、Asp60、His203 和 Asp235）形成了结合底物所需的重要相互作用。对这些残基的定点突变表明，Y37F 和 H203A 突变会削弱催化活性。相比之下，突变 T58A 和 D235A 只导致催化活性的中度丧失，而 S27A 突变则保留了约 80% 的酶活性。结合以前的诱变研究，这些结果表明-2、-1 和 +1 亚位点在底物结合和催化中起着主导作用。DSF（差示扫描荧光测定法）测定证实，这些突变对蛋白质的稳定性没有显著影响。综上所述，我们首次从机理上解释了底物（GlcN）6 与壳聚糖酶的结合，这对于设计用于生物质转化的新型壳聚糖酶至关重要。