1,12-bis[3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridin-2'-O-ylcarbonylamino]-4,9-bis(trifluoroacetyl)-4,9-diazadodecane

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1,12-bis[3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridin-2'-O-ylcarbonylamino]-4,9-bis(trifluoroacetyl)-4,9-diazadodecane
• 英文别名: [(6aR,8R,9R,9aR)-8-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-9-yl] N-[3-[4-[3-[[(6aR,8R,9R,9aR)-8-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-9-yl]oxycarbonylamino]propyl-(2,2,2-trifluoroacetyl)amino]butyl-(2,2,2-trifluoroacetyl)amino]propyl]carbamate
• 化学式: C₅₈H₉₆F₆N₈O₁₈Si₄
• 分子量: 1419.78
• InChiKey: ATQHXWSPTBIXPV-PXXOHOHDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.33
• 重原子数：
  94
• 可旋转键数：
  27
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  290
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  24

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3',5'-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)尿苷 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 1,12-bis[3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridin-2'-O-ylcarbonylamino]-4,9-bis(trifluoroacetyl)-4,9-diazadodecane
  参考文献：
  名称：

  Novel uridin-2′-yl carbamates: synthesis, incorporation into oligodeoxyribonucleotides, and remarkable fluorescence properties of 2′-pyren-1-ylmethylcarbamateElectronic supplementary information (ESI) available: Additional experimental data for compounds 3, 5 and 6. See http://www.rsc.org/suppdata/p1/b1/b111434b/

  摘要：

  描述了一种制备尿苷-2′-基脲甲酸酯衍生物的便捷方法。由尿苷制备的稳定2′-O-(咪唑-1-酰基)-3′,5′-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)尿苷与初级或次级脂肪胺反应，生成高产率的2′-脲甲酸酯。在用三乙胺氟化氢进行3′,5′-O-去保护后，再进行5′-O-二甲氧基三苯甲基化和与双(N,N-二异丙基氨基)-2-氰基乙氧基膦的3′-O-磷酸化，获得了改性磷酰胺酯，并用于机器辅助合成含有各种N-取代基的尿苷-2′-基脲甲酸酯残基的改性寡脱氧核苷酸。通过热变性实验研究了尿苷-2′-基脲甲酸酯部分对改性寡核苷酸与互补DNA和RNA的双链稳定性影响。修饰的芘寡核苷酸在与互补RNA杂交时显示出显著的荧光强度增加，并在与错配DNA杂交时表现出有趣的结合特性。

  DOI：

  10.1039/b111434b

文献信息

• Novel uridin-2′-yl carbamates: synthesis, incorporation into oligodeoxyribonucleotides, and remarkable fluorescence properties of 2′-pyren-1-ylmethylcarbamateElectronic supplementary information (ESI) available: Additional experimental data for compounds 3, 5 and 6. See http://www.rsc.org/suppdata/p1/b1/b111434b/
  作者：Vladimir A. Korshun、Dmitry A. Stetsenko、Michael J. Gait

  DOI：10.1039/b111434b

  日期：2002.4.9

  A convenient method for the preparation of uridin-2′-yl carbamate derivatives is described. The stable 2′-O-(imidazol-1-ylcarbonyl)-3′,5′-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridine, prepared from uridine, was treated with primary or secondary aliphatic amines to give 2′-carbamates in high yield. After 3′,5′-O-deprotection with triethylamine trihydrofluoride, 5′-O-dimethoxytritylation, and 3′-O-phosphitylation with bis(N,N-diisopropylamino)-2-cyanoethoxyphosphine, modified phosphoramidites were obtained and used in machine-assisted synthesis of modified oligodeoxynucleotides containing uridin-2′-yl carbamate residues bearing various N-substituents. The influence of uridin-2′-yl carbamate moieties on the stability of modified oligonucleotide duplexes with complementary DNA and RNA was studied by thermal denaturation experiments. Pyrene-modified oligonucleotides showed a considerable increase in fluorescence intensity upon hybridisation to complementary RNA and interesting binding properties when hybridised to a mismatched DNA.

  描述了一种制备尿苷-2′-基脲甲酸酯衍生物的便捷方法。由尿苷制备的稳定2′-O-(咪唑-1-酰基)-3′,5′-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)尿苷与初级或次级脂肪胺反应，生成高产率的2′-脲甲酸酯。在用三乙胺氟化氢进行3′,5′-O-去保护后，再进行5′-O-二甲氧基三苯甲基化和与双(N,N-二异丙基氨基)-2-氰基乙氧基膦的3′-O-磷酸化，获得了改性磷酰胺酯，并用于机器辅助合成含有各种N-取代基的尿苷-2′-基脲甲酸酯残基的改性寡脱氧核苷酸。通过热变性实验研究了尿苷-2′-基脲甲酸酯部分对改性寡核苷酸与互补DNA和RNA的双链稳定性影响。修饰的芘寡核苷酸在与互补RNA杂交时显示出显著的荧光强度增加，并在与错配DNA杂交时表现出有趣的结合特性。