N-demethoxyapicidin

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-demethoxyapicidin
• 英文别名: apicidin A；(3S,6S,9S,12R)-3-butan-2-yl-6-(1H-indol-3-ylmethyl)-9-(6-oxooctyl)-1,4,7,10-tetrazabicyclo[10.4.0]hexadecane-2,5,8,11-tetrone
• 化学式: C₃₃H₄₇N₅O₅
• 分子量: 593.767
• InChiKey: BHYPIIUJEQHYIP-FFSUGSTCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.1
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.61
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-demethoxyapicidin 在 三苯基膦 咪唑 、 Zn(N3)2-2 pyr 、 sodium hydride 、 氟化氢吡啶 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 六甲基磷酰三胺 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 15.25h， 生成 (6S,9S,12S,14aR)-9-[1-(2-Azido-ethyl)-1H-indol-3-ylmethyl]-6-sec-butyl-12-(6-oxo-octyl)-decahydro-4a,7,10,13-tetraaza-benzocyclododecene-5,8,11,14-tetraone
  参考文献：
  名称：

  Broad spectrum antiprotozoal agents that inhibit histone deacetylase: structure–activity relationships of apicidin. Part 2

  摘要：

  Recently isolated at Merck, apicidin inhibits both mammalian and protozoan histone deacetylases (HDACs). The conversion of apicidin, a nonselective nanomolar inhibitor of HDACs, into a series of picomolar indole-modified and parasite-selective tryptophan-replacement analogues is described within this structure-activity study. (C) 2001 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0960-894x(00)00605-3
• 作为产物：
  描述：

  apicidin 在 palladium dihydroxide 氢气 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 以90%的产率得到N-demethoxyapicidin
  参考文献：
  名称：

  色氨酸置换和吲哚修饰的apididins：有效和选择性的抗原生动物剂的合成

  摘要：

  四氧化钌催化的阿皮定素色氨酸吲哚降解可提供两种有用的羧酸同系物中间体。描述了衍生自阿皮哌丁的一系列有效和/或选择性的酮同系物和2-芳基吲哚的合成。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)01363-0

文献信息

• Structure and Chemistry of Apicidins, a Class of Novel Cyclic Tetrapeptides without a Terminal α-Keto Epoxide as Inhibitors of Histone Deacetylase with Potent Antiprotozoal Activities
  作者：Sheo B. Singh、Deborah L. Zink、Jerrold M. Liesch、Ralph T. Mosley、Anne W. Dombrowski、Gerald F. Bills、Sandra J. Darkin-Rattray、Dennis M. Schmatz、Michael A. Goetz

  DOI：10.1021/jo016088w

  日期：2002.2.1

  (S)-2-amino-8-oxodecanoic acid. The isolation and structure elucidation of new apicidins from two Fusarium species, temperature-dependent NMR studies of apicidin, NMR and molecular modeling based conformation of the 12-membered macrocyclic ring, and selected chemical modifications of apicidin have been detailed in this paper. The cyclic nature of the peptide, the C-8 keto group, and the tryptophan are all critical

  阿皮啶是一类环状四肽，不包含经典的亲电性α-酮环氧化物，但是组蛋白脱乙酰基酶和抗原生动物剂的有效（nM）抑制剂。这些化合物对原生动物的apicomplexan家族表现出广谱活性，包括疟原虫sp（疟原虫），弓形虫，隐孢子虫和艾美球虫。这些环肽含有一个β-转角氨基酸（R）-Pip或（R）-Pro，（S）-N-甲氧基Trp，（S）-Ile或（S）-Val和（S）-Val 2-氨基-8-氧代十二烷酸或改性的（S）-2-氨基-8-氧代十二烷酸。从两个镰刀菌属物种中分离出新的芹菜素，并对其结构进行了阐明，研究了温度依赖性的芹菜素的NMR研究，NMR和基于分子模型的12元大环结构，并详细介绍了阿匹匹定的化学修饰形式。肽，C-8酮基和色氨酸的环状性质对于生物活性都是至关重要的。
• Apicidins: Novel cyclic tetrapeptides as coccidiostats and antimalarial agents from Fusarium pallidoroseum
  作者：Sheo B. Singh、Deborah L. Zink、Jon D. Polishook、Anne W. Dombrowski、Sandra J. Darkin-Rattray、Dennis M. Schmatz、Michael A. Goetz

  DOI：10.1016/0040-4039(96)01844-8

  日期：1996.11

  Apicidin is a cyclic tetrapeptide [cyclo-(N-O-Methyl-L-Trp-L-Ile-D-Pip-L-2-amino-8-oxo-decanoyl)] isolated from Fusarium pallidoroseum by bioassay guided separation. It is a potent inhibitor of apicomplexan histone deacetylase (IC50 1–2 nM), a broad spectrum antiparasitic agent in vitro against apicomplexan parasites and has shown in vivo efficacy against Plasmodium berghei malaria. Isolation, structure

  Apicidin是通过生物分析引导分离法从镰孢镰刀菌中分离得到的环状四肽[环-（（-N-甲基-L-Trp-L-Ile-D-Pip-L-2-氨基-8-氧代癸酰基）]] 。它是一种有效的apicomplexan组蛋白脱乙酰基酶抑制剂（IC 50 1–2 nM），是一种体外抗apicomplexan寄生虫的广谱抗寄生虫剂，并已显示出对伯氏疟原虫疟疾的体内功效。讨论了分离，结构和立体化学。
• Methods and Compositions for the Inhibition of Quorum Sensing in Bacterial Infections
  申请人：Pearce Cedric

  公开号：US20200289611A1

  公开（公告）日：2020-09-17

  This disclosure is directed to novel apicidin methods and compositions for the inhibition of quorum sensing in bacterial infections and novel apicidin methods and compositions for treating a staphylococcal infection.
• [EN] METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE INHIBITION OF QUORUM SENSING IN BACTERIAL INFECTIONS<br/>[FR] MÉTHODES ET COMPOSITIONS POUR L'INHIBITION DE LA DÉTECTION DU QUORUM DANS DES INFECTIONS BACTÉRIENNES
  申请人：UNIV OF NORTH CAROLINA AT GREENSBORO

  公开号：WO2017197303A1

  公开（公告）日：2017-11-16

  This disclosure is directed to novel apicidin methods and compositions for the inhibition of quorum sensing in bacterial infections and novel apicidin methods and compositions for treating a staphylococcal infection.