8-trifluoromethyl-2'-deoxyguanosine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 8-trifluoromethyl-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: 8-trifluoromethyl-2′-deoxyguanosine；8-Trifluoromethyl-2'-deoxyguanosine；2-amino-9-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-8-(trifluoromethyl)-1H-purin-6-one
• 化学式: C₁₁H₁₂F₃N₅O₄
• 分子量: 335.243
• InChiKey: RQBPXWDGKVKTQJ-VPENINKCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.8
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  135
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  8-trifluoromethyl-2'-deoxyguanosine 在 吡啶 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 6.5h， 生成
  参考文献：
  名称：

  通过掺入8-三氟甲基-2'-脱氧鸟苷提高凝血酶结合适体的热力学稳定性和抗凝活性。

  摘要：

  在这项研究中，我们将8-三氟甲基-2'-脱氧鸟苷（F G）掺入凝血酶结合适体（TBA）中。进行了圆二色性，核磁共振（NMR），电泳和凝血酶原时间（PT）分析，以研究F G修饰的TBA序列的结构，热力学稳定性，生物学稳定性和抗凝血活性。我们发现，与天然序列相比，将F G替换为TBA序列可导致最高30°C的解链温度显着提高。三氟甲基使我们能够在19年前研究TBA G-四链体结构F NMR光谱。此外，PT测定显示与天然TBA相比，修饰的序列可以显着改善抗凝活性。最后，我们证明了三氟甲基修饰的TBA序列可以在活大鼠中充当抗凝剂。我们的结果强烈表明，F G是强大的核苷衍生物，可提高TBA的热力学稳定性和抗凝活性。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.0c01711
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧鸟苷 在 叔丁基过氧化氢 、 4-二甲氨基吡啶 、 氨 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 74.0h， 生成 8-trifluoromethyl-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  Trifluoromethyl derivatives of canonical nucleosides: synthesis and bioactivity studies

  摘要：

  最近报道的系统CF3SO2Na/叔丁基过氧化氢（tert-ButOOH）用于高效率三氟甲基化多种杂环芳香化合物的应用，在此已被有效利用于合成5-CF3-2′-脱氧胞苷、8-CF3-2′-脱氧腺苷、8-CF3-2′-脱氧鸟苷和8-CF3-肌苷，这些产物均通过非常简单的步骤在良好至可接受的产率下区域选择性地获得。这些修饰核苷的生物活性，特别是新型8-CF3-2′-脱氧鸟苷和8-CF3-肌苷，已在初步体外细胞毒性测试中对一系列肿瘤及非肿瘤细胞株进行了评估。

  DOI：

  10.1039/c3md00159h

文献信息

• PRODUCTION METHOD FOR GUANOSINE DERIVATIVE HAVING FLUORINE ATOM-CONTAINING FUNCTIONAL GROUP AT POSITION 8 AND APPLICATION THEREOF
  申请人：UNIVERSITY OF MIYAZAKI

  公开号：US20210261595A1

  公开（公告）日：2021-08-26

  [Problem] To develop a technique that can stabilize the higher-order structure of a nucleic acid and can be used in analysis of nucleic acid structure. [Solution] This guanosine derivative compound is represented by formula 1. In the formula, one of R 1 and R 2 represents H, and the other represents any of H, OH, OCH 3 , and F, R 3 represents a functional group that is for detection and that has 19 F, R 4 represents an amine-protecting group, R 5 represents a hydroxy group-protecting group, and R 6 represents an introduction group that is to be introduced into a nucleic acid oligomer. This guanosine derivative compound can be introduced as a part of a nucleic acid sequence, and the introduced nucleic acid oligomer stabilizes the higher-order structure in a nucleic acid, and enables dynamic detection by 19 F NMR.

  [问题] 开发一种可以稳定核酸的高阶结构并可用于核酸结构分析的技术。[解决方案] 该鸟苷衍生物化合物由式1表示。在该式中，R1和R2中的一个代表H，另一个代表H、OH、OCH3和F中的任意一种，R3代表用于检测的含有19F的功能基团，R4代表氨基保护基团，R5代表羟基保护基团，R6代表将要引入到核酸寡聚体中的引入基团。该鸟苷衍生物化合物可以作为核酸序列的一部分引入，并且引入的核酸寡聚体稳定了核酸的高阶结构，并能够通过19F NMR进行动态检测。
• Oligonucleotides DNA containing 8-trifluoromethyl-2′-deoxyguanosine for observing Z-DNA structure
  作者：Hong-Liang Bao、Tatsuki Masuzawa、Takanori Oyoshi、Yan Xu

  DOI：10.1093/nar/gkaa505

  日期：——

  important to investigate Z-DNA structure and related biological events in living cells. However, the development of molecular probes for the observation of Z-DNA structures inside living cells has not yet been realized. Here, we have succeeded in developing site-specific trifluoromethyl oligonucleotide DNA by incorporation of 8-trifluoromethyl-2′-deoxyguanosine (FG). 2D NMR strongly suggested that FG adopted

  Z-DNA是DNA的左手替代形式，具有重要的生物学作用，并且与癌症和其他遗传疾病有关。因此，重要的是研究活细胞中的Z-DNA结构和相关的生物学事件。但是，尚未实现用于观察活细胞内部的Z-DNA结构的分子探针的开发。在这里，我们通过掺入8-三氟甲基-2'-脱氧鸟苷（F G）成功开发了位点特异性三氟甲基寡核苷酸DNA 。2D NMR强烈表明FG采用了顺式构象。三氟甲基寡核苷酸即使在生理盐浓度下也能显着稳定Z-DNA。此外，三氟甲基DNA可用于直接观察DNA的Z-DNA的形式的结构和相互作用与蛋白质在体外，以及在由活的人体细胞19 F NMR光谱的第一次。这些结果提供了有价值的信息，以允许了解Z-DNA的结构和功能。
• [EN] PRODUCTION METHOD FOR GUANOSINE DERIVATIVE HAVING FLUORINE ATOM-CONTAINING FUNCTIONAL GROUP AT POSITION 8 AND APPLICATION THEREOF<br/>[FR] PROCÉDÉ DE PRODUCTION D'UN DÉRIVÉ DE GUANOSINE AYANT UN GROUPE FONCTIONNEL CONTENANT UN ATOME DE FLUOR EN POSITION 8 ET UTILISATION ASSOCIÉE<br/>[JA] ８位にフッ素原子含有官能基を有するグアノシン誘導体の製造法及びその応用
  申请人：UNIV MIYAZAKI

  公开号：WO2020054444A1

  公开（公告）日：2020-03-19

  【課題】核酸の高次構造を安定化し，かつ，核酸構造の解析に用いることが可能な技術の開発。 【解決手段】化１で表されるグアノシン誘導体化合物。式中，R1およびR2は，いずれか一方がHであって，他方が，H，OH，OCH3，Fのいずれかで表され，R3は，19Fを有する検出用官能基で表され，R4は，アミン保護基で表され，R5は，水酸基保護基で表され，　R6は，核酸オリゴマーへ導入するための導入基で表される。このグアノシン誘導体化合物は，核酸配列の一部として導入することが可能であり，導入された核酸オリゴマーは，核酸において高次構造を安定化し，かつ，19F NMRによる動的検出を可能とするものである。