小分子靶向DNA小沟是一种有希望的方法,可调节正常细胞功能所需的
基因组过程。例如,二
氨基
丁二酸(一种众所周知的小沟结合化合物)已显示出可抑制与
基因组DNA结合的转录因子的相互作用。如果我们更好地理解DNA的序列特异性识别,并且可以利用这些信息设计更多的序列特异性化合物,那么这些化合物的应用可能会大大扩展。除聚酰胺外,小沟结合剂通常在A链或交替的AT碱基对位点识别DNA。具有GC碱基对的目标位点(在此称为混合碱基对序列)比富含AT碱基对的目标位难得多。化合物1是报道的第一个可识别混合碱基对位点的二
氨基二am。它以正合作性的二聚体形式结合在ATGA序列的小沟中。由于1具有ATGA和AT丰富序列的良好表征,它为理解关键元素提供了范例,这些元素是识别混合序列位点的关键。电喷雾电离质谱(ESI-MS)是一种筛选由1的类似物形成的DNA复合物以进行特异性识别的有效方法。我们还报告了一种新颖的方法来确定