Probing the Hydrophobic Binding Pocket of G-Protein-Coupled Lysophosphatidylserine Receptor GPR34/LPS<sub>1</sub> by Docking-Aided Structure–Activity Analysis
作者:Misa Sayama、Asuka Inoue、Sho Nakamura、Sejin Jung、Masaya Ikubo、Yuko Otani、Akiharu Uwamizu、Takayuki Kishi、Kumiko Makide、Junken Aoki、Takatsugu Hirokawa、Tomohiko Ohwada
DOI:10.1021/acs.jmedchem.7b00693
日期:2017.7.27
relationship of ligands of GPR34, one of the LysoPS receptor subtypes, focusing on recognition of the long-chain fatty acid moiety by the hydrophobic pocket. By introducing benzene ring(s) into the fatty acid moiety of 2-deoxy-LysoPS, we explored the binding site’s preference for the hydrophobic shape. A tribenzene-containing fatty acid surrogate with modifications of the terminal aromatic moiety showed potent
某些G蛋白偶联受体(GPCR)的配体已被鉴定为内源性脂质,例如溶血磷脂酰丝氨酸(LysoPS)。在这里,我们分析了LysoPS受体亚型之一的GPR34配体的结构-活性关系的分子基础,重点是疏水口袋对长链脂肪酸部分的识别。通过将苯环引入2-脱氧的脂肪酸部分-LysoPS,我们探索了结合位点对疏水形状的偏好。具有末端芳族部分的修饰的含三苯的脂肪酸替代物显示出对GPR34的有效激动活性。这些衍生物与基于GPR34的同源性建模/基于分子动力学的虚拟结合位点的计算对接表明,基于苯的脂质替代物中的纽结与GPR34的L形疏水口袋相匹配。在末端苯环的4-位带有庞大的叔丁基的基于四苯的脂质类似物表现出强效的GPR34激动活性,证实了本发明的疏水结合口袋模型。