2',3'-二-O-(叔-丁基二甲基硅烷基)-2'-脱氧胞苷 | 51549-29-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 2',3'-二-O-(叔-丁基二甲基硅烷基)-2'-脱氧胞苷
• 中文别名: 2′，3′-二-O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）-2′-脱氧胞苷
• 英文名称: 2'-deoxy-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)cytidine
• 英文别名: 3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine；4-amino-1-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidin-2(1H)-one；3',5'-Bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-deoxycytidine；4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 51549-29-2
• 化学式: C₂₁H₄₁N₃O₄Si₂
• 分子量: 455.745
• InChiKey: CKWHPVGBUBYJIT-LZLYRXPVSA-N

物化性质

• 熔点：
  186-188°C
• 溶解度：
  可溶于二甲亚砜、乙酸乙酯

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.53
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  86.4
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

安全信息

• 储存条件：
  | 2-8°C |

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2',3'-二-O-(叔-丁基二甲基硅烷基)-2'-脱氧胞苷 在 ammonium hydroxide 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 2.33h， 生成 N-苯甲酰-2'-脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  Unexpected Shift to a 4-Imino Tautomer Upon N⁴-Acylation of 5-Methylcytosin-1-yl Nucleoside Analogues

  摘要：

  In contrast with the behaviour of 5-unsubstituted cytosine nucleoside analogues, 5-methylcytosine derivatives show upon N-4-benzoylation, commonly used as base protection in oligonucleotide synthesis, a tautomeric change of the base moiety from a 4-amino- into a 4-imino isomer. In the latter form, which is easily diagnosticized by C-13 NMR and confirmed by X-ray data, the compounds seem to be hydrolytically less stable.

  DOI：

  10.1080/15257779908041652
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-(tert-butyl-dimethylsilyl)-2'-deoxy-5,6-dihydrocytidine 在 2,3-二氯-5,6-二氰基-1,4-苯醌 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 25.0h， 以55%的产率得到2',3'-二-O-(叔-丁基二甲基硅烷基)-2'-脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  同位素示踪法确定5-羧基胞嘧啶脱羧的机理和干细胞活性

  摘要：

  橡皮擦：干细胞似乎通过新发现的表观遗传碱基5-羧胞嘧啶的脱羧作用来擦除表观遗传信息（caC；见图）。此反应可能涉及C5C6双键的亲核攻击。

  DOI：

  10.1002/anie.201202583

文献信息

• New thermolytic carbamoyl groups for the protection of nucleobases
  作者：Akihiro Ohkubo、Rintaro Kasuya、Kenichi Miyata、Hirosuke Tsunoda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1039/b816831h

  日期：——

  It was found that N-arylcarbamoyl and N-(phenylsulfonyl)carbamoyl (psc) groups could be effectively introduced onto the amino groups of deoxycytidine and deoxyadenosine derivatives and could be removed thermolytically. We succeeded in synthesizing DNA probes incorporating these thermo-removable protecting groups and developed a new system for molecular switching by changing the protection- and deprotection-modes using simple heating and re-carbamoylation with isocyanates. This reversible process enabled us to control the hybridization ability of the DNA probes.

  研究发现，N-芳基氨甲酰基和N-（苯磺酰基）氨甲酰基（psc）基团能够有效地引入到脱氧胞苷和脱氧腺苷衍生物的氨基上，并且能够通过热分解反应去除。我们成功合成了含有这些热可移除保护基团的DNA探针，并开发了一种新的分子开关系统，通过简单的加热和重新氨甲酰化与异氰酸酯的反应来改变保护和脱保护模式。这种可逆的过程使我们能够控制DNA探针的杂交能力。
• Synthesis of 3,N4-Etheno, 3,N4-Ethano, and 3-(2-Hydroxyethyl) Derivatives of 2'-Deoxycytidine and Their Incorporation into Oligomeric DNA
  作者：Weifeng Zhang、Robert Rieger、Charles Iden、Francis Johnson

  DOI：10.1021/tx00043a020

  日期：1995.1

  of 2'-deoxycytidine arise in mammalian DNA that has been exposed to the metabolic products of either vinyl chloride or the antitumor drug bis(chloroethyl)nitrosourea. These chemically-related adducts are thought to be associated with both mutagenesis and carcinogenesis. In this paper we report reliable syntheses of these deoxynucleosides and incorporation of the latter into oligodeoxynucleotides by the

  2'-脱氧胞苷的3，N4-乙醇，3，N4-乙醇和3-（2-羟乙基）衍生物出现在哺乳动物DNA中，该DNA暴露于氯乙烯或抗肿瘤药物双（氯乙基）的代谢产物中亚硝基脲。这些化学相关的加合物被认为与诱变和致癌作用有关。在本文中，我们报告了这些脱氧核苷的可靠合成方法，并使用自动化方法通过亚磷酰胺途径将后者并入寡聚脱氧核苷酸中。发现3-（2-羟乙基）-2′-脱氧胞苷在水溶液中不稳定并且经历自动诱导的水解成3-（2-羟乙基）-2′-脱氧尿苷。发现该水解速率是pH依赖性的，其最大pH约为8，半衰期约为5小时。在较高或较低的酸度下，反应速率下降，表明该过程涉及一般的酸碱催化。因此，在这种情况下，获得具有3-（2-羟乙基）-2′-脱氧尿苷残基而不是胞苷类似物的低聚物。前者很可能代表生理条件下DNA中寿命更长的物种。含有这些化学损伤的代表性低聚物通过质谱和酶促降解方法进行了分析，以确认其结构。
• Solventless Protocol for Efficient Bis-<i>N</i>-Boc Protection of Adenosine, Cytidine, and Guanosine Derivatives
  作者：Siddharth A. Sikchi、Philip G. Hultin

  DOI：10.1021/jo060430t

  日期：2006.8.1

  A solvent-free reaction employing a simple low-energy ball mill apparatus converts the amino groups of adenosine, 2-deoxyadenosine, cytidine, 2-deoxycytidine, guanosine, and 2-deoxyguanosine as well as some of their ribosyl O-protected derivatives to the corresponding bis-N-Boc carbamates. In the case of guanosine compounds, the carbonyl group of the base moiety was also blocked as its O-Boc enol carbonate

  使用简单的低能球磨仪进行的无溶剂反应将腺苷，2-脱氧腺苷，胞嘧啶核苷，2-脱氧胞苷，鸟苷和2-脱氧鸟苷的氨基以及它们的一些核糖基O保护的衍生物转化为相应的bis- N -Boc氨基甲酸酯。在鸟苷化合物的情况下，该碱基部分的羰基也被封闭为其O- Boc烯醇碳酸酯。使用瞬态原位O硅烷化的这种方法的一种变体允许制备bis- N-Boc核苷，其中糖羟基不受保护。除鸟苷化合物外，球磨反应迅速，方便且产率很高。这种高效的方法使用适合进一步合成操作的碱稳定且酸不稳定的基团保护这些核苷的氨基。
• Caged nucleotides and oligonucleotides and their application
  申请人：——

  公开号：US08247540B2

  公开（公告）日：2012-08-21

  There is disclosed nucleotides and nucleotide analogs having a protecting or “caging” group. There is further disclosed oligonucleotides and oligonucleotides analogs formed having a protecting or “caging” group. There is further disclosed a method for decaging the nucleotides and nucleotide analogs having a protecting or “caging” group and oligonucleotides and oligonucleotide analogs having a caging group.

  披露了具有保护或“笼罩”基团的核苷酸和核苷酸类似物。进一步披露了形成具有保护或“笼罩”基团的寡核苷酸和寡核苷酸类似物。进一步披露了一种去笼罩具有保护或“笼罩”基团的核苷酸和核苷酸类似物以及具有笼罩基团的寡核苷酸和寡核苷酸类似物的方法。
• TEMPO-derived spin labels linked to the nucleobases adenine and cytosine for probing local structural perturbations in DNA by EPR spectroscopy
  作者：Dnyaneshwar B Gophane、Snorri Th Sigurdsson

  DOI：10.3762/bjoc.11.24

  日期：——

  Three 2 -deoxynucleosides containing semi-flexible spin labels, namely (T)A, (U)A and (U)C, were prepared and incorporated into deoxyoligonucleotides using the phosphoramidite method. All three nucleosides contain 2,2,6,6-tetramethylpiperidine-1-oxyl (TEMPO) connected to the exocyclic amino group; (T)A directly and (U)A as well as (U)C through a urea linkage. (T)A and (U)C showed a minor destabilization

  制备了三种含有半柔性自旋标记的2-脱氧核苷，即(T)A、(U)A和(U)C，并使用亚磷酰胺方法将其掺入脱氧寡核苷酸中。所有三个核苷均含有与环外氨基相连的 2,2,6,6-四甲基哌啶-1-氧基 (TEMPO)；(T)A 直接连接，(U)A 以及 (U)C 通过尿素键连接。(T)A 和 (U)C 显示 DNA 双链体有轻微的不稳定，如熔解温度小幅降低所示，而 (U)A 使双链体不稳定超过 10 摄氏度。 圆二色性 (CD) 测量表明所有三个标记都容纳在 B-DNA 双链体中。自旋标签 (T)A 的迁移率随双链 DNA 中不同碱基配对伙伴的变化而变化，其中 (T)A*T 对的迁移率最低。此外，(T)A 在酸性条件下显示序列 (T)A*C 和 (T)A*G 的迁移率降低，以至于后者的 EPR 谱几乎与 (T)A* 的 EPR 谱重叠。 T。pH 5 时 (T)A*C 和 (T)A*G 错配的迁移率降低与