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(1R,3R,4R,7S)-7-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxy]-1-[4,4'-dimethoxytrityloxymethyl]-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane | 206055-75-6

分子结构分类

有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物

中文名称

——

中文别名

——

英文名称

(1R,3R,4R,7S)-7-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxy]-1-[4,4'-dimethoxytrityloxymethyl]-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane

英文别名

3'-O-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphino]-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-methyl-2'-O,4'-C-methyleneuridine；thymidine LNA O-3'-phosphoramidite；(1R,3R,4R,7S)-3-(thymine-1-yl)-1-(4,4′-dimethoxytrityloxy)-7-(2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxymethyl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane；2'-O-4'-C-methylene-5'-O-dimethoxytrityl-5-methyluridine-3'-N,N'-diisopropyl(cyanoethyl)phosphoramidite；5'-O-(4,4-dimethoxytrityl)-2'-O,4'-methylenethymidine-3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl)phosphoramidite；3-[[(1R,3R,4R,7S)-1-[[Bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-7-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile

(1R,3R,4R,7S)-7-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxy]-1-[4,4'-dimethoxytrityloxymethyl]-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane化学式

CAS

206055-75-6

化学式

C₄₁H₄₉N₄O₉P

mdl

——

分子量

772.835

InChiKey

STPXOEPMLLHUDQ-ZRCIEBSPSA-N

BEILSTEIN

——

EINECS

——

物化性质

溶解度：

DMSO：250 mg/mL（323.49 mM；需要超声波）

计算性质

辛醇/水分配系数(LogP)：

4.8
重原子数：

55
可旋转键数：

17
环数：

6.0
sp3杂化的碳原子比例：

0.44
拓扑面积：

141
氢给体数：

1
氢受体数：

11

安全信息

危险性防范说明：

P264,P280,P302+P352,P337+P313,P305+P351+P338,P362+P364,P332+P313
危险性描述：

H315,H319

制备方法与用途

生物活性试剂 DMTr-LNA-5MeU-3-CED-phosphoramidite 是一种核苷衍生物。

上下游信息

上游原料

中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
——	1-[(1R,4R,6R,7S)-4-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-7-hydroxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-6-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione	206055-71-2	C₃₂H₃₂N₂O₈	572.615
——	(1S,3R,4R,7S)-7-(benzyloxy)-1-[(benzyloxy)methyl]-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane	206055-62-1	C₂₅H₂₆N₂O₆	450.491
——	(1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane	212970-84-8	C₁₈H₂₀N₂O₆	360.367
——	(1R,3R,4R,7S)-1-benzoyloxymethyl-7-benzyloxy-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane	391199-74-9	C₂₅H₂₄N₂O₇	464.475
——	(1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-methanesulfonoxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane	293751-05-0	C₁₉H₂₂N₂O₈S	438.458
——	1-[(2R,3R,4S,5R)-4-benzyloxy-5-(benzyloxymethyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetra-hydrofuran-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione	206055-57-4	C₂₅H₂₈N₂O₇	468.507
1-(2’-O,4-C-甲桥-beta-D-呋喃核糖基)胸腺嘧啶	(1S,3R,4R,7S)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane	206055-67-6	C₁₁H₁₄N₂O₆	270.242
——	3'-O-benzyl-2'-O,4'-C-methyleneuridine	200435-91-2	C₁₇H₁₈N₂O₆	346.34
——	2',3'-O-cyclohexylidene-4'-(p-toluenesulfonyloxymethyl)uridine	195705-07-8	C₂₃H₂₈N₂O₉S	508.549
——	3'-O-benzyl-4'-(p-toluenesulfonyloxymethyl)uridine	200435-89-8	C₂₄H₂₆N₂O₉S	518.544
1-(2’-O,4-C-甲桥-BETA-D-呋喃核糖基)尿苷	2'-O,4'-C-methyleneuridine	200435-92-3	C₁₀H₁₂N₂O₆	256.215
——	O^2'_,O3'-cyclohexane-1,1-diyl-4'-hydroxymethyl-uridine	63592-89-2	C₁₆H₂₂N₂O₇	354.36
——	4'-(p-toluenesulfonyl)oxymethyluridine	195705-15-8	C₁₇H₂₀N₂O₉S	428.42

反应信息

作为反应物：

描述：

(1R,3R,4R,7S)-7-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxy]-1-[4,4'-dimethoxytrityloxymethyl]-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 在四氮唑、水作用下，以乙腈为溶剂，反应 0.5h，以100%的产率得到

参考文献：

名称：

具有乙炔基膦酸酯键的寡核苷酸的合成和性质。

摘要：

乙炔基膦酸酯（EP）连接的胸苷二聚体是通过钯催化的交叉偶联反应合成的，并成功地掺入了寡核苷酸中。含有EP键的寡核苷酸可以与其互补的单链RNA（ssRNA）和单链DNA形成双链体。既包含EP键又包含2'-O，4'-C-亚甲基桥连的核酸/锁核酸的寡核苷酸对互补ssRNA表现出很强的双链体形成能力。EP修饰的寡核苷酸显示出比其天然对应物更高的核酸外切酶抗性。此外，对gapmer型反义寡核苷酸的一种EP修饰导致靶标ssRNA中切割位点的转换。所以，

DOI：

10.1021/acs.joc.9b01318
作为产物：

描述：

D-glucose 在吡啶、 sodium hypochlorite 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 4,5-二氰基咪唑、 N,O-双三甲硅基乙酰胺、 2,2,6,6-四甲基哌啶氧化物、磷酸、硫酸、 10 wt% Pd(OH)2 on carbon 、水、氢气、四丁基硫酸氢铵、碳酸氢钠、溶剂黄146 、 potassium bromide 、 sodium hydroxide 、 zinc(II) chloride 作用下，以四氢呋喃、 1,4-二氧六环、甲醇、二氯甲烷、水、二甲基亚砜、乙酸乙酯、甲苯、乙腈为溶剂，反应 70.16h，生成 (1R,3R,4R,7S)-7-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxy]-1-[4,4'-dimethoxytrityloxymethyl]-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane

参考文献：

名称：

[EN] NOVEL PROCESS FOR MAKING ALLOFURANOSE FROM GLUCOFURANOSE
[FR] NOUVEAU PROCÉDÉ DE FABRICATION D'ALLOFURANOSE À PARTIR DE GLUCOFURANOSE

摘要：

本发明涉及从描述和权利要求中定义的葡糖呋喃糖中制备阿洛呋喃糖。阿洛呋喃糖是合成寡核苷酸时的中间体，可用作药物。

公开号：

WO2019224172A1

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文献信息

LNA (locked nucleic acids): synthesis and high-affinity nucleic acid recognition

作者：Sanjay K. Singh、Alexei A. Koshkin、Jesper Wengel、Poul Nielsen

DOI：10.1039/a708608c

日期：——

A novel class of nucleic acid analogues, termed LNA (locked nucleic acids), is introduced. Following the Watson–Crick base pairing rules, LNA forms duplexes with complementary DNA and RNA with remarkably increased thermal stabilities and generally improved selectivities.

一类新型的核酸类似物，被称为LNA（锁定核酸），被引入了。根据Watson-Crick碱基配对规则，LNA与互补的DNA和RNA形成双链，具有显著增加的热稳定性和通常提高的选择性。
5′- vs. 3′-end sugar conformational control in shaping up dinucleotides

作者：J. Jakhlal、S. Coantic-Castex、C. Denhez、C. Petermann、A. Martinez、D. Harakat、D. Guillaume、P. Clivio

DOI：10.1039/c5cc04212g

日期：——

The 3′-end sugar puckering of a dinucleotide can potentiate or cancel the stacking effect of the 5′-end N-sugar conformation.

二核苷酸的3'-末端糖环构象可以增强或抵消5'-末端N-糖构象的堆叠效应。
Preparation of LNA Phosphoramidites

作者：Daniel Sejer Pedersen、Christoph Rosenbohm、Troels Koch

DOI：10.1055/s-2002-25756

日期：——

A highly efficient method for the preparation of LNA (Locked Nucleic Acid) phosphoramidite monomers with 2-cyanoethyl-N,N,N′,N′-tetraisopropylphosphorodiamidite and 4,5-dicyanoimidazole has been devised. The quality of the phosphoramidites prepared in this manner is equal to HPLC purified phosphoramidites and can easily be used for oligonucleotide synthesis without further purification. In addition the possibility of using 4,5-dicyanoimidazole in catalytic amounts has been investigated and showed optimum results when 0.7 equivalent was used, and that reducing the amount further leads to undesired phosphitylation of the nucleobase.Furthermore it is demonstrated that LNA phosphoramidite monomers are exceedingly stable in acetonitrile solution thereby prolonging the effective lifetime of the reagent significantly.

已设计出一种高效制备LNA（锁核酸）磷酰胺单体的方法，该方法使用2-氰乙基-N,N,N',N'-四异丙基磷酸二酰胺和4,5-二氰基咪唑。以此方式制备的磷酰胺质量与HPLC纯化的磷酰胺相当，无需进一步纯化即可轻松用于寡核苷酸合成。此外，研究了使用催化量的4,5-二氰基咪唑的可能性，并发现当使用0.7当量时获得最佳结果，而进一步减少用量会导致核苷碱基的不希望的磷酸化。此外，实验证明LNA磷酰胺单体在乙腈溶液中极为稳定，从而显著延长了试剂的有效使用寿命。
LNA (Locked Nucleic Acids): Synthesis of the adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil bicyclonucleoside monomers, oligomerisation, and unprecedented nucleic acid recognition

作者：Alexei A. Koshkin、Sanjay K. Singh、Poul Nielsen、Vivek K. Rajwanshi、Ravindra Kumar、Michael Meldgaard、Carl Erik Olsen、Jesper Wengel

DOI：10.1016/s0040-4020(98)00094-5

日期：1998.4

LNA (Locked Nucleic Acids), consisting of 2′-O,4′-C-methylene bicyclonucleoside monomers, is efficiently synthesized and its nucleic acid recognition potential evaluated for six different nucleobases, namely adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil. Unprecedented increases (+3 to +8 °C per modification) in the thermal stability of duplexes towards both DNA and RNA were obtained

由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。
核苷磷脂类化合物及其化学合成方法和在核酸递送中的应用

申请人：北京大学

公开号：CN113583069B

公开（公告）日：2023-06-06

本发明公开了一种核苷磷脂类化合物及其化学合成方法和在核酸递送中的应用。所述核苷磷脂化合物为亲水的核苷酸头部及疏水的甘油烷基醚构成的阴离子型两亲性分子，结构如下通式I、3i或3j所示。该类分子中的核苷碱基可以与目标核酸的碱基形成氢键及发生π‑π堆叠作用；疏水尾链与核酸疏水性缀合结构间可发生范德华力作用。其自身可以在水溶液中组装形成超分子纳米结构，结合寡核苷酸后形成的纳米复合物可有效穿透细胞膜，实现负载的核酸胞内释放并发挥其生物学功能。本发明提出的核苷磷脂类化合物作为新型载体能高效转染核酸，在基因治疗领域具有极为广阔的应用前景。