Structure-Based Discovery of Inhibitors of the SARS-CoV-2 Nsp14 N7-Methyltransferase
作者:Isha Singh、Fengling Li、Elissa A. Fink、Irene Chau、Alice Li、Annía Rodriguez-Hernández、Isabella Glenn、Francisco J. Zapatero-Belinchón、M. Luis Rodriguez、Kanchan Devkota、Zhijie Deng、Kris White、Xiaobo Wan、Nataliya A. Tolmachova、Yurii S. Moroz、H. Ümit Kaniskan、Melanie Ott、Adolfo García-Sastre、Jian Jin、Danica Galonić Fujimori、John J. Irwin、Masoud Vedadi、Brian K. Shoichet
DOI:10.1021/acs.jmedchem.2c02120
日期:2023.6.22
docking strategies. First, up to 1.1 billion lead-like molecules were docked against the enzyme’s SAM site, leading to three inhibitors with IC50 values from 6 to 50 μM. Second, docking a library of 16 million fragments revealed 9 new inhibitors with IC50 values from 12 to 341 μM. Third, docking a library of 25 million electrophiles to covalently modify Cys387 revealed 7 inhibitors with IC50 values from
SARS-CoV-2 的一个尚待探索的靶点是S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 依赖性甲基转移酶 Nsp14,该酶可甲基化病毒 RNA 5' 端的 N7-鸟苷,从而使病毒能够逃避宿主免疫反应。我们通过三种大型文库对接策略寻找新的 Nsp14 抑制剂。首先,多达 11 亿个铅样分子与酶的 SAM 位点对接,产生了三种 IC 50值在 6 至 50 μM 之间的抑制剂。其次,对包含 1600 万个片段的文库进行对接,发现了 9 种新抑制剂,IC 50值介于 12 至 341 μM 之间。第三,对接包含 2500 万个亲电子试剂的文库以共价修饰 Cys387,发现了 7 种抑制剂,IC 50值在 3.5 至 39 μM 之间。总体而言,涵盖 11 种化学型的 32 种抑制剂的 IC 50值 < 50 μM,4 种化学型的 5 种抑制剂的 IC 50值 < 10 μM。这些分子是 Nsp14 的首批非 SAM