N⁶,N⁶,O^3'-tribenzoyl-2'-deoxyadenosine | 201420-61-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N⁶,N⁶,O^3'-tribenzoyl-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: 3’-O,N⁶,N⁶-tribenzoyl-2’-deoxyadenosine；adenosine N,N-dibenzoyl-2'-deoxy-3'-benzoate；3'-O,6-N,N-tribenzoyl-2'-deoxyadenosine；N,N-Dibenzoyl-3'-O-benzoyl-2'-deoxyadenosine；[(2R,3S,5R)-5-[6-(dibenzoylamino)purin-9-yl]-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] benzoate
• CAS: 201420-61-3
• 化学式: C₃₁H₂₅N₅O₆
• 分子量: 563.569
• InChiKey: MSKJRWJDYWIRPP-ISJGIBHGSA-N

物化性质

• 熔点：
  86-87 °C
• 沸点：
  794.1±70.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.41±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.16
• 拓扑面积：
  137
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁶,N⁶,O^3'-tribenzoyl-2'-deoxyadenosine 在 草酰氯 、 氨 、 四丁基氰基硼烷化铵 、 potassium carbonate 、 二甲基亚砜 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 5.58h， 生成 N-[9-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-5-phenylselanyloxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
  参考文献：
  名称：

  通过分子内自由基环化反应与新型含硅系链的立体或区域选择性引入1-或2-羟乙基。有效合成4'α-支化2'-脱氧腺苷（1）。

  摘要：

  利用新型的与硅系链的自由基环化反应，已经开发出一种有效的方法，该方法可以从2'-脱氧腺苷开始合成4'α-支链的2'-脱氧腺苷。4'β-（苯基硒代）-3'-O-二苯基乙烯基甲硅烷基腺嘌呤核苷衍生物17与Bu（3）SnH和AIBN的自由基反应，然后经Tamao氧化，选择性地产生4'α-（2-羟乙基）衍生物21或4'α-（1-羟乙基）衍生物19，取决于反应条件。在较低的Bu（3）SnH浓度下，该反应通过6-内-自由基环化产物20以4％的收率得到了4'α-（2-羟乙基）衍生物21，其为唯一的产物。17在过量Bu（3）SnH存在下的反应通过5外环化产物18定量得到19，为非对映异构体混合物。使用Bu（3）SnD检查了反应机理。结果表明，最初形成了5-exo环化的（3-oxa-2-silacyclopentyl）甲基（C），当Bu（3）SnH（D）的浓度足够高时，该自由基被捕获。在较低浓度的Bu（3）

  DOI：

  10.1021/jo971703a
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧腺苷 在 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 N⁶,N⁶,O^3'-tribenzoyl-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  通过分子内自由基环化反应与新型含硅系链的立体或区域选择性引入1-或2-羟乙基。有效合成4'α-支化2'-脱氧腺苷（1）。

  摘要：

  利用新型的与硅系链的自由基环化反应，已经开发出一种有效的方法，该方法可以从2'-脱氧腺苷开始合成4'α-支链的2'-脱氧腺苷。4'β-（苯基硒代）-3'-O-二苯基乙烯基甲硅烷基腺嘌呤核苷衍生物17与Bu（3）SnH和AIBN的自由基反应，然后经Tamao氧化，选择性地产生4'α-（2-羟乙基）衍生物21或4'α-（1-羟乙基）衍生物19，取决于反应条件。在较低的Bu（3）SnH浓度下，该反应通过6-内-自由基环化产物20以4％的收率得到了4'α-（2-羟乙基）衍生物21，其为唯一的产物。17在过量Bu（3）SnH存在下的反应通过5外环化产物18定量得到19，为非对映异构体混合物。使用Bu（3）SnD检查了反应机理。结果表明，最初形成了5-exo环化的（3-oxa-2-silacyclopentyl）甲基（C），当Bu（3）SnH（D）的浓度足够高时，该自由基被捕获。在较低浓度的Bu（3）

  DOI：

  10.1021/jo971703a

文献信息

• Novel Synthetic Approach to Multibenzoylated Nucleosides
  作者：Xue‐Feng Zhu、A. Ian Scott

  DOI：10.1080/00397910801916280

  日期：2008.4

  Abstract An improved and highly efficient synthetic approach to multibenzoylated nucleosides bearing free 5′‐hydroxyl groups is described here. By employing t-butyldimethylsilyl (TBDMS) rather than the more commonly used dimethoxytrityl (DMTr) as a temporary 5′‐OH protecting group of the starting nucleoside, this methodology provides the expected products in nearly quantitative yields, thereby substantially

  摘要 这里描述了一种改进的、高效的带有游离 5'-羟基的多苯甲酰化核苷的合成方法。通过使用叔丁基二甲基甲硅烷基 (TBDMS) 而不是更常用的二甲氧基三苯甲基 (DMTr) 作为起始核苷的临时 5'-OH 保护基团，该方法以接近定量的产率提供了预期的产品，从而大大降低了成本和工作量的合成。
• AN IMPROVED SYNTHESIS OF THE DINUCLEOTIDES pdCpA AND pdCpdA
  作者：Xue-Feng Zhu、A. Ian Scott

  DOI：10.1081/ncn-100002081

  日期：2001.2.28

  preparation of the dinucleotide hybrid 5'-O-phosphoryl-2'-deoxycytidylyl-(3'--> 5')adenosine (pdCpA) 7. This simple and concise synthesis involves the successive coupling of 2-cyanoethyl N, N, N', N'-tetra- isopropylphosphorodiamidite with 4-N-benzoyl-5'-O-(4, 4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxy-cytidine 1 and 6-N,6-N,2'-O,3'-O-tetrabenzoyladenosine 2 as the key step. Some dinucleotide derivatives bearing

  为制备二核苷酸杂合体5'-O-磷酰基-2'-脱氧胞嘧啶-（3'-> 5'）腺苷（pdCpA）7开发了一条改进的途径。这种简单而简明的合成方法涉及2的连续偶联-氰基乙基N，N，N'，N'-四异丙基亚磷酰胺基与4-N-苯甲酰基-5'-O-（4，4'-二甲氧基三苯甲基）-2'-脱氧胞苷1和6-N，6- N，2'-O，3'-O-四苯甲酰腺苷2是关键步骤。还合成了一些带有不同保护基的二核苷酸衍生物，并详细研究了选择性脱保护条件。该方法在合成总DNA二核苷酸pdCpdA 17和总RNA二核苷酸21中的应用进一步证明了该方法的实用性和效率。
• P(V) Reagents for the Scalable Synthesis of Natural and Modified Nucleoside Triphosphates
  作者：Jen-Yu Liao、Saikat Bala、Arlene K. Ngor、Eric J. Yik、John C. Chaput

  DOI：10.1021/jacs.9b04728

  日期：2019.8.28

  Natural and modified nucleoside triphosphates impact nearly every major aspect of healthcare research from DNA sequencing to drug discovery. However, a scalable synthetic route to these molecules has long been hindered by the need for purification by high performance liquid chromatography (HPLC). Here, we describe a fundamental-ly different approach that uses a novel P(V) pyrene pyro-phosphate reagent

  天然和修饰的三磷酸核苷几乎影响着从 DNA 测序到药物发现的医疗保健研究的每个主要方面。然而，由于需要通过高效液相色谱 (HPLC) 进行纯化，这些分子的可扩展合成路线长期以来一直受到阻碍。在这里，我们描述了一种完全不同的方法，该方法使用新型 P(V) 芘焦磷酸试剂来生成衍生物，这些衍生物通过硅胶色谱法纯化，并在远远超过 HPLC 可达到的规模上转化为所需的化合物。通过使用高效、廉价且操作简单的方案合成各种天然和非天然核苷三磷酸（dNTPs 和 xNTPs），证明了这种方法的威力。
• Decoding the Logic of the tRNA Regiospecificity of Nonribosomal FemXWv Aminoacyl Transferase
  作者：Matthieu Fonvielle、Maryline Chemama、Maxime Lecerf、Régis Villet、Patricia Busca、Ahmed Bouhss、Mélanie Ethève-Quelquejeu、Michel Arthur

  DOI：10.1002/anie.201001473

  日期：——

  Natural selection: Replacement of the 3′‐OH group of Ala‐tRNAAla with 3′‐H affected FemXWv‐catalyzed aminoacyl transfer from the 2′‐position, but not substrate binding. The ability of FemXWv to bind and transacylate the 3′‐O‐Ala isomer initially formed by alanyl‐tRNA synthetase (AlaRS) may be crucial for efficient competition with the ribosome (see scheme).

  自然选择：用3'-H影响的FemX Wv催化的氨基酰基从2'-位转移来取代Ala-tRNA Ala的3'-OH基团，但不影响底物结合。FemX Wv结合并通过丙氨酰tRNA合成酶（AlaRS）最初形成的3'-O-Ala异构体的能力可能对与核糖体的有效竞争至关重要（请参阅方案）。
• Sulfanyl radical promoted C4′–C5′ bond scission of 5′-oxo-3′,4′-didehydro-2′,3′-dideoxynucleosides
  作者：Maria Luisa Navacchia、Pier Carlo Montevecchi

  DOI：10.1039/b609995e

  日期：——

  Treatment of C5′-aldehydes 4a,b under mildly basic conditions leads to the formation of 3′,4′-didehydroaldehydes 1a,b and furfural 2. Sulfanyl radical addition to 1a,b eventually gives rise to the lactones 11a,b through C4′–C5′ bond scission of the 1,2-dioxetane intermediates 10a,b.

  在弱碱性条件下处理 C5-醛 4a,b 会形成 3-,4-二脱氢醛 1a,b 和糠醛 2。磺基加成到 1a,b 最终生成内酯 11a， b 通过1,2-二氧杂环丁烷中间体10a、b的C4-C5-键断裂。