thieno[3,2-c]pyridin-7(6H)-thione-β-2-deoxyribonucleoside | 1472655-20-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: thieno[3,2-c]pyridin-7(6H)-thione-β-2-deoxyribonucleoside
• 英文别名: dTPT3；6-((2R,4S,5R)-4-Hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)thieno[2,3-c]pyridine-7(6H)-thione；6-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]thieno[2,3-c]pyridine-7-thione
• CAS: 1472655-20-1
• 化学式: C₁₂H₁₃NO₃S₂
• 分子量: 283.372
• InChiKey: OPTTULCZDJIMMR-IVZWLZJFSA-N

物化性质

• 沸点：
  510.9±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.56±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.6
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  thieno[3,2-c]pyridin-7(6H)-thione-β-2-deoxyribonucleoside 在 磷酸三甲酯 、 三氯氧磷 、 三正丁胺 、 三丁基焦磷酸铵 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.5h， 以30%的产率得到dTPT3TP
  参考文献：
  名称：

  Natural-like Replication of an Unnatural Base Pair for the Expansion of the Genetic Alphabet and Biotechnology Applications

  摘要：

  We synthesized a panel of unnatural base pairs whose pairing depends on hydrophobic and packing forces and identify dTPT3-dNaM, which is PCR amplified with a natural base pair-like efficiency and fidelity. In addition, the dTPT3 scaffold is uniquely tolerant of attaching a propargyl amine linker, resulting in the dTPT3(PA)-dNaM pair, which is amplified only slightly less well. The identification of dTPT3 represents significant progress toward developing an unnatural base pair for the in vivo expansion of an organism's genetic alphabet and for a variety of in vitro biotechnology applications where it is used to site-specifically label amplified DNA, and it also demonstrates for the first time that hydrophobic and packing forces are sufficient to mediate natural-like replication.

  DOI：

  10.1021/ja408814g
• 作为产物：
  描述：

  噻吩并[2,3-c]吡啶-7(6h)-酮 在 劳森试剂 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 反应 3.67h， 生成 thieno[3,2-c]pyridin-7(6H)-thione-β-2-deoxyribonucleoside
  参考文献：
  名称：

  [EN] A METHOD FOR THE SITE-SPECIFIC ENZYMATIC LABELLING OF NUCLEIC ACIDS IN VITRO BY INCORPORATION OF UNNATURAL NUCLEOTIDES
  [FR] PROCÉDÉ D'ÉTIQUETAGE ENZYMATIQUE SPÉCIFIQUE DE SITE D'ACIDES NUCLÉIQUES IN VITRO PAR INCORPORATION DE NUCLÉOTIDES NON NATURELS

  摘要：

  本文提供了一些不自然核苷酸的类似物，主要带有疏水性核碱基类似物，这些类似物在DNA聚合酶介导的DNA复制或RNA聚合酶介导的RNA转录过程中形成不自然碱基对。通过这种方式，可以将这些不自然碱基以特定位置的方式引入寡核苷酸（单链或双链DNA或RNA）中，从而可以实现特定位置的切割，或者可以提供一个反应性连接物，通过与主要氨基团反应或与不自然碱基连接物的炔基团进行点击化学反应，从而实现与携带试剂的载体的官能化。

  公开号：

  WO2015021432A1

文献信息

• [EN] A METHOD FOR THE SITE-SPECIFIC ENZYMATIC LABELLING OF NUCLEIC ACIDS IN VITRO BY INCORPORATION OF UNNATURAL NUCLEOTIDES<br/>[FR] PROCÉDÉ D'ÉTIQUETAGE ENZYMATIQUE SPÉCIFIQUE DE SITE D'ACIDES NUCLÉIQUES IN VITRO PAR INCORPORATION DE NUCLÉOTIDES NON NATURELS
  申请人：SCRIPPS RESEARCH INST

  公开号：WO2015021432A1

  公开（公告）日：2015-02-12

  Provided herein are analogs of unnatural nucleotides bearing predominantly hydrophobic nucleobase analogs that form unnatural base pairs during DNA polymerase- mediated replication of DNA or RNA polymerase-mediated transcription of RNA. In this manner, the unnatural nucleobases can be introduced in a site-specific way into oligonucleotides (single or double stranded DNA or RNA), where they can provide for site-specific cleavage, or can provide a reactive linker than can undergo functionalization with a cargo -bearing reagent by means of reaction with a primary amino group or by means of click chemistry with an alkyne group of the unnatural nucleobase linker.

  本文提供了一些不自然核苷酸的类似物，主要带有疏水性核碱基类似物，这些类似物在DNA聚合酶介导的DNA复制或RNA聚合酶介导的RNA转录过程中形成不自然碱基对。通过这种方式，可以将这些不自然碱基以特定位置的方式引入寡核苷酸（单链或双链DNA或RNA）中，从而可以实现特定位置的切割，或者可以提供一个反应性连接物，通过与主要氨基团反应或与不自然碱基连接物的炔基团进行点击化学反应，从而实现与携带试剂的载体的官能化。
• 非天然碱基核苷酸磷酸单酯类前药分子及其制备方法和应用
  申请人：河南师范大学

  公开号：CN114249788B

  公开（公告）日：2023-08-08

  本发明公开了一种非天然碱基核苷酸磷酸单酯类前药分子及其制备方法和应用，非天然碱基核苷酸磷酸单酯类前药分子的具体结构如下：其中R为本发明还具体公开了该非天然碱基核苷酸磷酸单酯类前药分子的合成方法及其在制备抗肿瘤细胞活性药物中的应用。本发明的非天然碱基核苷酸磷酸单酯类前药分子合成方法简单、收率较高、节约成本，并且具有良好的跨膜效率，其跨膜效率是非天然碱基核苷酸的8‑10倍，同时对MCF‑7细胞、A375细胞、Hela细胞或HepG2癌细胞具有一定的抑制作用。
• Mechanistic Insight into the Photoinduced Damage of an Unnatural Base Pair
  作者：Bianbian Huo、Xiguang Zhang、Chao Wang、Honglei Wang、Gongming Zhu、Wuyuan Zhu、Anlian Zhu、Hui Mei、Lingjun Li

  DOI：10.1002/chem.202201730

  日期：2022.9.22

  Four photodamage products of dTPT3 have been isolated and identified, which has provided insight into the photodamage mechanism with a Type II photosensitized oxidation. The antioxidant ascorbate was discovered to effectively inhibit the formation of these photodamage products with no new byproducts generated, suggesting that a reductive environment might protect DNA dTPT3 against UVA oxidation and

  已分离和鉴定了 dTPT3 的四种光损伤产物，这提供了对 II 型光敏氧化的光损伤机制的深入了解。发现抗氧化剂抗坏血酸盐可有效抑制这些光损伤产物的形成，而不会产生新的副产物，这表明还原环境可能保护 DNA dTPT3 免受 UVA 氧化并改善其不利的生物学效应。
• Expanding the Horizon of the Xeno Nucleic Acid Space: Threose Nucleic Acids with Increased Information Storage
  作者：Hannah Depmeier、Stephanie Kath-Schorr

  DOI：10.1021/jacs.3c14626

  日期：2024.3.20

  successful enzymatic synthesis of TPT3-modified TNA, while the preparation of NaM-modified TNA presented greater challenges. This study marks the first enzymatic synthesis of TNA with an expanded genetic alphabet (exTNA), opening promising opportunities in nucleic acid therapeutics, particularly for the selection and evolution of nuclease-resistant, high-affinity aptamers with increased chemical diversity.

  异种核酸（XNA）构成一类合成的核酸类似物，其特征在于核酸聚合物的三联结构内的独特的、非天然的修饰。虽然大多数所描述的 XNA 仅在核酸支架的一个结构元件中包含修饰，但这项工作探索了 XNA 化学空间，以通过在核苷支架的多个部分中进行修饰来创建更多不同的变体。结合α- l-苏呋喃糖基核酸（TNA）增强的核酸酶抗性和非天然疏水碱基对（UBP） TPT3 ： NaM的近乎天然的复制效率和保真度，合成了具有双重修饰模式的新型修饰核苷三磷酸。我们研究了 XNA 兼容聚合酶对这些核苷酸构件的酶促掺入，并证实了TPT3修饰的 TNA 的成功酶促合成，而NaM修饰的 TNA 的制备提出了更大的挑战。这项研究标志着首次酶法合成具有扩展遗传字母表 (exTNA) 的 TNA，为核酸治疗开辟了充满希望的机会，特别是对于化学多样性增加的抗核酸酶、高亲和力适体的选择和进化。
• Chemical Stabilization of Unnatural Nucleotide Triphosphates for the in Vivo Expansion of the Genetic Alphabet
  作者：Aaron W. Feldman、Vivian T. Dien、Floyd E. Romesberg

  DOI：10.1021/jacs.6b12731

  日期：2017.2.15

  We have developed an unnatural base pair (UBP) and a semisynthetic organism (SSO) that imports the constituent unnatural nucleoside triphosphates and uses them to replicate DNA containing the UBP. However, propagation of the UBP is at least in part limited by the stability of the unnatural triphosphates, which are degraded by cellular and secreted phosphatases. To circumvent this problem, we now report the synthesis and evaluation of unnatural triphosphates with their beta, gamma-bridging oxygen replaced with a difluoromethylene moiety, yielding dNaMTP(CF2) and dTPT3TP(CF2). We find that although dNaMTP(CF2) cannot support in vivo replication, likely due to poor polymerase recognition, dTPT3TP(CF2) can, and moreover, its increased stability can contribute to increased UBP retention. The data demonstrate the promise of this chemical approach to SSO optimization, and suggest that other modifications should be sought that confer phosphatase resistance without interfering with polymerase recognition.