D-threononate | 83313-10-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: D-threononate
• 英文别名: D-threonate；(2S,3R)-2,3,4-trihydroxybutanoate
• CAS: 83313-10-4
• 化学式: C₄H₇O₅
• 分子量: 135.097
• InChiKey: JPIJQSOTBSSVTP-GBXIJSLDSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.5
• 重原子数：
  9
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  101
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  adenosine 5'-triphosphate 、 D-threononate 生成 4-O-phospho-D-threonate 、 adenosine 5'-diphosphate 、 氢(+1)阳离子
  参考文献：
  名称：

  Assignment of function to a domain of unknown function: DUF1537 is a new kinase family in catabolic pathways for acid sugars

  摘要：

  未知功能域（DUF）家族在Pfam数据库（版本29.0）的16,295个家族中占3,892个。鉴于它们的生物重要性，需要大规模的策略来完成它们的功能分配。在这里，我们阐述了一种综合的“基因组酶学”策略，以识别DUF1537家族（PF07005）中的多种功能。我们将高通量配体筛选结果与序列相似性网络和基因组邻域网络的协同分析相结合，以确定DUF1537家族的成员是新颖的ATP依赖性四碳糖激酶。这项研究说明了这种策略的实用性，并增加了我们对细菌碳水化合物代谢的了解。

  DOI：

  10.1073/pnas.1605546113
• 作为产物：
  描述：

  D-(+)-甘油醛 、 氰化钾 在 水 作用下， 生成 D-threononate 、 D-erythrononate
  参考文献：
  名称：

  Cyanohydrin synthesis: studies with carbon-13-labeled cyanide

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo01304a038

文献信息

• Cyanohydrin synthesis: studies with carbon-13-labeled cyanide
  作者：Anthony S. Serianni、Hernan A. Nunez、Robert Barker

  DOI：10.1021/jo01304a038

  日期：1980.8
• Assignment of function to a domain of unknown function: DUF1537 is a new kinase family in catabolic pathways for acid sugars
  作者：Xinshuai Zhang、Michael S. Carter、Matthew W. Vetting、Brian San Francisco、Suwen Zhao、Nawar F. Al-Obaidi、Jose O. Solbiati、Jennifer J. Thiaville、Valérie de Crécy-Lagard、Matthew P. Jacobson、Steven C. Almo、John A. Gerlt

  DOI：10.1073/pnas.1605546113

  日期：2016.7.19

  Domain of unknown function (DUF) families constitute 3,892 of the 16,295 families in the Pfam database (release 29.0). Given their biological importance, large-scale strategies are required to accomplish their functional assignments. Here, we illustrate an integrated “genomic enzymology” strategy to identify diverse functions within the DUF1537 family (PF07005). We combined high-throughput ligand screening results for transport system solute binding proteins with the synergetic analysis of sequence similarity networks and genome neighborhood networks to establish that the members of the DUF1537 family are novel ATP-dependent four-carbon sugar kinases. This study illustrates the utility of this strategy and enhances our knowledge of bacterial carbohydrate catabolism.

  未知功能域（DUF）家族在Pfam数据库（版本29.0）的16,295个家族中占3,892个。鉴于它们的生物重要性，需要大规模的策略来完成它们的功能分配。在这里，我们阐述了一种综合的“基因组酶学”策略，以识别DUF1537家族（PF07005）中的多种功能。我们将高通量配体筛选结果与序列相似性网络和基因组邻域网络的协同分析相结合，以确定DUF1537家族的成员是新颖的ATP依赖性四碳糖激酶。这项研究说明了这种策略的实用性，并增加了我们对细菌碳水化合物代谢的了解。