(2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-N-cyclopentyl-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-carboxamide | 35920-40-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: (2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-N-cyclopentyl-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-carboxamide
• 英文别名: 5'-N-cyclopentyl-carboxyamidoadenosine；5'-N-cyclopentylcarboxamidoadenosine；1-(6-amino-purin-9-yl)-β-D-1-deoxy-ribofuranuronic acid cyclopentylamide；Adenosin-5'-carbonsaeure-N-cyclopentylamid；1-(6-Amino-9H-purin-9-yl)-N-cyclopentyl-1-deoxyribofuranuronamide；(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-N-cyclopentyl-3,4-dihydroxyoxolane-2-carboxamide
• CAS: 35920-40-2
• 化学式: C₁₅H₂₀N₆O₄
• 分子量: 348.362
• InChiKey: ISNMLOJARGEFLK-BQVMBELUSA-N

物化性质

• 沸点：
  482.73°C (rough estimate)
• 密度：
  1.1957 (rough estimate)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.2
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  148
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  2',3'-isopropylideneadenosine-5'-carboxylic acid 在 2-氯-1-甲基吡啶碘化物 、 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.58h， 生成 (2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-N-cyclopentyl-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  5'-N-取代的羧酰胺基腺苷作为腺苷受体的激动剂。

  摘要：

  通过新的途径制备了新颖的和已知的5'-N-取代的羧酰胺基腺苷，它们提供了较短的反应时间和良好的产率。测定对大鼠A1和A2A受体以及人A3受体的结合亲和力。确定表达人A2B受体的CHO细胞中环状AMP产生的EC50值。在所有受体亚型上，羧酰胺基部分上相对较小的取代基是最佳的。已发现几种类似物（1a，1d，1h和1k）对A3受体的选择性。在A1受体上，许多化合物（但不是5'-N-乙基羧酰胺基腺苷）（NECA，1b）显示出小的GTP位移，这可能表明A1受体的内在活性较低。在A2B受体上，与A2B参考激动剂NECA（1b）相比，具有修饰的乙基取代基的衍生物1i-k的活性降低。硫代甲酰胺基衍生物（8b和8c）虽然A2B受体活性降低，但显示出可观的性能。进行化合物8b的X射线结构测定。由于晶体结构中羧酰胺基NH和嘌呤N3之间的分子内氢键，该化合物的核糖部分处于顺式构象。但是，理论计算支持NECA（1b

  DOI：

  10.1021/jm9804984

文献信息

• Nucleosides and Nucleotides. 200. Reinvestigation of 5‘-<i>N</i>-Ethylcarboxamidoadenosine Derivatives:  Structure−Activity Relationships for P₃ Purinoceptor-like Proteins
  作者：Takashi Umino、Kazuaki Yoshioka、Yoshiko Saitoh、Noriaki Minakawa、Hiroyasu Nakata、Akira Matsuda

  DOI：10.1021/jm000150k

  日期：2001.1.1

  protein (P(3)LP), due to its ligand specificity, have not been fully elucidated, we needed a specific ligand to obtain further information about the receptor. We examined the structure-activity relationship (SAR) of various 5'-N-substituted-carboxamidoadenosine derivatives toward P(3)LP and discovered a hydrophobic binding region near the 5'-N-substituted-carboxamide group. From the linear alkyl N-substituted

  ATP在兔胸主动脉中的非P（1）和非P（2）肌肉松弛作用最近归因于推定的P（3）嘌呤受体，该受体被腺苷或ATP激活。由于此假定的P（3）嘌呤受体和新的[（3）H] -5'-N-乙基羧酰胺基腺苷（NECA）结合蛋白从大鼠脑膜的生理作用，称为P（3）嘌呤受体样蛋白（P （3）LP），由于其配体特异性尚未完全阐明，我们需要特定的配体以获得有关受体的进一步信息。我们检查了各种5'-N-取代的羧酰胺基腺苷衍生物对P（3）LP的结构-活性关系（SAR），并发现了5'-N-取代的羧酰胺基附近的疏水结合区。从直链烷基N-取代的衍生物，Nn-戊基衍生物10被发现是最有效的配体，其K（i）值为12 nM。在一系列N-环烷基衍生物中，N-环己基衍生物27是最强的配体，其K（i）值为18 nM。另一方面，具有支链烷基侧链和庞大的环烷基的N-取代基对P（3）LP没有任何有效的亲和力。因此，疏水口袋容纳大约10个碳原
• Modification of the 5' position of purine nucleosides. 2. Synthesis and some cardiovascular properties of adenosine-5'-(N-substituted)carboxamides
  作者：Raj Nandan Prasad、Dilbagh S. Bariana、Anthony Fung、Milica Savic、Karin Tietje、Herman H. Stein、Harold Brondyk、Richard S. Egan

  DOI：10.1021/jm00177a021

  日期：1980.3

  of the esters of adenosine-5'-carboxylic acid, a systematic study of the corresponding amides (14--50) was undertaken. In addition, several other analogues containing the N1-oxide function (51--52) or 2',3' substituents (3--9, 53--54) were studied.

  先前我们已经表明，腺苷5'-羧酸酯（10）代表了一类新的有效的无毒冠状血管扩张剂。例如，在犬中通过十二指肠内或静脉内途径具有活性的乙酯（12）会导致冠状窦PO2和冠状动脉血流大量增加。由于腺苷5'-羧酸的酯具有明显的血管活性，因此对相应的酰胺（14--50）进行了系统的研究。此外，还研究了其他几种含有N1-氧化物官能团（51--52）或2'，3'取代基（3--9、53--54）的类似物。
• 5‘-<i>N</i>-Substituted Carboxamidoadenosines as Agonists for Adenosine Receptors
  作者：Maarten de Zwart、Angeliki Kourounakis、Huub Kooijman、Anthony L. Spek、Regina Link、Jacobien K. von Frijtag Drabbe Künzel、Ad P. IJzerman

  DOI：10.1021/jm9804984

  日期：1999.4.22

  Novel as well as known 5'-N-substituted carboxamidoadenosines were prepared via new routes that provided shorter reaction times and good yields. Binding affinities were determined for rat A1 and A2A receptors and human A3 receptors. EC50 values were determined for cyclic AMP production in CHO cells expressing human A2B receptors. On all receptor subtypes relatively small substituents on the carboxamido

  通过新的途径制备了新颖的和已知的5'-N-取代的羧酰胺基腺苷，它们提供了较短的反应时间和良好的产率。测定对大鼠A1和A2A受体以及人A3受体的结合亲和力。确定表达人A2B受体的CHO细胞中环状AMP产生的EC50值。在所有受体亚型上，羧酰胺基部分上相对较小的取代基是最佳的。已发现几种类似物（1a，1d，1h和1k）对A3受体的选择性。在A1受体上，许多化合物（但不是5'-N-乙基羧酰胺基腺苷）（NECA，1b）显示出小的GTP位移，这可能表明A1受体的内在活性较低。在A2B受体上，与A2B参考激动剂NECA（1b）相比，具有修饰的乙基取代基的衍生物1i-k的活性降低。硫代甲酰胺基衍生物（8b和8c）虽然A2B受体活性降低，但显示出可观的性能。进行化合物8b的X射线结构测定。由于晶体结构中羧酰胺基NH和嘌呤N3之间的分子内氢键，该化合物的核糖部分处于顺式构象。但是，理论计算支持NECA（1b
• Optimization of Adenosine 5′-Carboxamide Derivatives as Adenosine Receptor Agonists Using Structure-Based Ligand Design and Fragment Screening
  作者：Dilip K. Tosh、Khai Phan、Zhan-Guo Gao、Andrei A. Gakh、Fei Xu、Francesca Deflorian、Ruben Abagyan、Raymond C. Stevens、Kenneth A. Jacobson、Vsevolod Katritch

  DOI：10.1021/jm300095s

  日期：2012.5.10

  Structures of G protein-coupled receptors (GPCRs) have a proven utility in the discovery of new antagonists and inverse ago fists modulating signaling of this important family of clinical targets. Applicability of active-state GPCR structures to virtual screening and rational optimization of agonists, however, remains to be assessed. In this study of adenosine 5' derivatives, we evaluated the performance of an agonist-bound A(2A) adenosine receptor (AR) structure in retrieval of known agonists and then employed the structure to screen for new fragments optimally fitting the corresponding subpocket. Biochemical and functional assays demonstrate high affinity of new derivatives that include polar heterocycles. The binding models also explain modest selectivity gain for some substituents toward the closely related A(1)AR subtype and the modified agonist efficacy of some of these ligands. The study suggests further applicability of in silico fragment screening to rational lead optimization in GPCRs.