(E)-[2-2H]farnesyl diphosphate | 1005386-40-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 异戊烯醇脂质
• 英文名称: (E)-[2-2H]farnesyl diphosphate
• CAS: 1005386-40-2
• 化学式: C₁₅H₂₈O₇P₂
• 分子量: 383.323
• InChiKey: VWFJDQUYCIWHTN-YFOKEPBESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.63
• 重原子数：
  24.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  113.29
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  4.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (E)-[2-2H]farnesyl diphosphate 在 phomopsene synthase 作用下， 生成
  参考文献：
  名称：

  磷萜合酶的环化机理：基于质谱的各种位点特异性标记的萜烯的分析。

  摘要：

  阐明萜烯合酶催化的环化机制对于合理设计萜烯环化酶很重要。我们开发了一种化学酶法，用于合成系统化的氘标记的香叶基香叶基二磷酸酯（GGPP），从使用IPP异构酶和三种异戊二烯基转移酶的位点特异性氘标记的异戊烯基二磷酸酯（IPP）开始。我们研究了四环二萜磷杂环戊烯与磷杂环戊烯合酶的环化机理。对在各个位置标记的磷杂环戊烯进行的详细EI-MS分析使我们能够提出对应于最强峰的结构，从而阐明了通过dolabelladien涉及双1,2-烷基转移和1,2-氢化物转移的环化机理-15-阳离子。

  DOI：

  10.1038/ja.2017.27
• 作为产物：
  描述：

  二磷酸 P-(3-甲基-3-丁烯-1-基)酯 在 乙二胺四乙酸 、 (2Z,6Z)-farnesyl diphosphate synthase 、 isopentenyl diphosphate isomerase 、 magnesium chloride 、 1,4-二巯基-2,3-丁二醇 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 (E)-[2-2H]farnesyl diphosphate
  参考文献：
  名称：

  磷萜合酶的环化机理：基于质谱的各种位点特异性标记的萜烯的分析。

  摘要：

  阐明萜烯合酶催化的环化机制对于合理设计萜烯环化酶很重要。我们开发了一种化学酶法，用于合成系统化的氘标记的香叶基香叶基二磷酸酯（GGPP），从使用IPP异构酶和三种异戊二烯基转移酶的位点特异性氘标记的异戊烯基二磷酸酯（IPP）开始。我们研究了四环二萜磷杂环戊烯与磷杂环戊烯合酶的环化机理。对在各个位置标记的磷杂环戊烯进行的详细EI-MS分析使我们能够提出对应于最强峰的结构，从而阐明了通过dolabelladien涉及双1,2-烷基转移和1,2-氢化物转移的环化机理-15-阳离子。

  DOI：

  10.1038/ja.2017.27

文献信息

• Diterpene Biosynthesis in <i>Catenulispora acidiphila</i> : On the Mechanism of Catenul‐14‐en‐6‐ol Synthase
  作者：Geng Li、Yue‐Wei Guo、Jeroen S. Dickschat

  DOI：10.1002/anie.202014180

  日期：2021.1.18

  A new diterpene synthase from the actinomycete Catenulispora acidiphila was identified and the structures of its products were elucidated, including the absolute configurations by an enantioselective deuteration approach. The mechanism of the cationic terpene cyclisation cascade was deeply studied through the use of isotopically labelled substrates and of substrate analogues with partially blocked

  鉴定了一种新的来自放线菌嗜酸链霉菌的二萜合酶，并阐明了其产物的结构，包括通过对映选择性氘化方法的绝对构型。通过使用同位素标记的底物和具有部分受阻反应性的底物类似物，对阳离子萜烯环化级联反应的机理进行了深入研究，产生了脱轨产物，进一步了解了沿级联反应的中间体。对它们的化学进行了研究，导致仿生从红海藻Laurencia microcladia已知的溴化倍半萜的二萜类似物。
• Geosmin Biosynthesis. Mechanism of the Fragmentation−Rearrangement in the Conversion of Germacradienol to Geosmin
  作者：Jiaoyang Jiang、David E. Cane

  DOI：10.1021/ja077792i

  日期：2008.1.1

  from the incubation of germacradienol/geosmin synthase with [2-2H]FPP (2b) revealed that the H-2 proton on FPP undergoes the predicted 1,2-hydride shift to ring B of geosmin. Both sets of experimental results are consistent with a proposed mechanism of geosmin formation involving protonation-cyclization of germacradienol with loss of the 2-hydroxypropyl moiety as acetone by a retro-Prin...

  土臭素 (1) 是造成潮湿土壤特有气味的原因。法呢基二磷酸 (2, FPP) 与重组天蓝色链霉菌germacradienol/geosmin 合酶孵育生成土臭素 (1)、germacradienol (3)、germacrene D (4)、octlin 5 和丙酮，后者被捕获为 2,2-二甲基噻唑烷（ 9) 与半胱胺反应。丙酮被证明是通过与 [13,13,13-2H3]FPP (2a) 温育使germacradienol 的2-羟丙基部分断裂而衍生的，产生相应的d3-丙酮衍生物9a。GC-MS 分析 [6-2H] geosmin (1b) 的标记模式是由 Germacradienol/geosmin 合酶与 [2-2H]FPP (2b) 孵育产生的，表明 FPP 上的 H-2 质子经历了预测的 1 ,2-氢化物转移到土臭素的 B 环上。
• Biosynthesis of the Sesquiterpene Kitaviridene through Skeletal Rearrangement with Formation of a Methyl Group Equivalent
  作者：Houchao Xu、Bernd Goldfuss、Jeroen S. Dickschat

  DOI：10.1021/acs.orglett.3c01211

  日期：2023.5.12

  to produce kitaviridene, a sesquiterpene hydrocarbon with an additional methyl group equivalent in comparison to a regular sesquiterpene. Isotopic labeling experiments together with DFT calculations gave detailed insights into the cyclization cascade toward kitaviridene and explained the formation of the additional methyl group equivalent.

  发现了一种来自Kitasatospora viridis的倍半萜烯合酶，并证明它可以产生 kitaviridene，这是一种倍半萜烯烃，与普通倍半萜烯相比，具有一个额外的甲基等价物。同位素标记实验与 DFT 计算一起提供了对 kitaviridene 的环化级联的详细见解，并解释了额外甲基等价物的形成。