Boc-β-Ala3-OBzl | 108432-94-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: Boc-β-Ala3-OBzl
• 英文别名: benzyl 2,2-dimethyl-4,8,12-trioxo-3-oxa-5,9,13-triazahexadecan-16-oate；Benzyl 3-[3-[3-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]propanoylamino]propanoylamino]propanoate；benzyl 3-[3-[3-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]propanoylamino]propanoylamino]propanoate
• CAS: 108432-94-6
• 化学式: C₂₁H₃₁N₃O₆
• 分子量: 421.494
• InChiKey: VQKJRXFBUSAXSH-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.66
• 重原子数：
  30.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.52
• 拓扑面积：
  122.83
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Boc-β-Ala3-OBzl 在 benzotriazol-1-yloxyl-tris-(pyrrolidino)-phosphonium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 14.0h， 生成 benzyl 3-(3-(3-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)amino)acetamido)propanamido)propanamido)propanoate
  参考文献：
  名称：

  细胞周期蛋白依赖性激酶 9 (CDK9) 的双功能降解剂：探索接头长度、特性和选择性蛋白质降解之间的关系

  摘要：

  细胞周期蛋白依赖性激酶 9 (CDK9) 是多种癌症类型（包括急性髓性白血病 (AML)）中有前途的治疗靶点。蛋白质降解剂，也称为蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC)，已成为选择性降解癌症靶标（包括 CDK9）的工具，补充了传统小分子抑制剂的活性。这些化合物通常包含先前报道的抑制剂和已知的 E3 连接酶配体，以诱导泛素化和随后的靶蛋白降解。尽管文献中报道了许多蛋白质降解剂，但有效降解所必需的接头的特性仍然需要特别注意。在这项研究中，开发了一系列蛋白质降解剂，采用经过临床测试的CDK抑制剂 AT7519。本研究的目的是检查连接子组成，特别是链长对效力的影响。除了为各种接头组合物建立活性基线外，还制备了两个不同的同源系列，一个全烷基系列和一个含酰胺系列，证明了这些系列中降解剂效力对接头长度的依赖性以及与预测物理化学的相关性特性。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2023.115342
• 作为产物：
  描述：

  苯甲醇 在 N-甲基吗啉 、 三氟乙酸 、 氯甲酸异丁酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 反应 67.0h， 生成 Boc-β-Ala3-OBzl
  参考文献：
  名称：

  细胞周期蛋白依赖性激酶 9 (CDK9) 的双功能降解剂：探索接头长度、特性和选择性蛋白质降解之间的关系

  摘要：

  细胞周期蛋白依赖性激酶 9 (CDK9) 是多种癌症类型（包括急性髓性白血病 (AML)）中有前途的治疗靶点。蛋白质降解剂，也称为蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC)，已成为选择性降解癌症靶标（包括 CDK9）的工具，补充了传统小分子抑制剂的活性。这些化合物通常包含先前报道的抑制剂和已知的 E3 连接酶配体，以诱导泛素化和随后的靶蛋白降解。尽管文献中报道了许多蛋白质降解剂，但有效降解所必需的接头的特性仍然需要特别注意。在这项研究中，开发了一系列蛋白质降解剂，采用经过临床测试的CDK抑制剂 AT7519。本研究的目的是检查连接子组成，特别是链长对效力的影响。除了为各种接头组合物建立活性基线外，还制备了两个不同的同源系列，一个全烷基系列和一个含酰胺系列，证明了这些系列中降解剂效力对接头长度的依赖性以及与预测物理化学的相关性特性。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2023.115342

文献信息

• Conformations in the Solid State and Solubility Properties of Protected Homooligopeptides of Glycine and β-Alanine
  作者：Mitsuaki Narita、Masamitsu Doi、Koji Kudo、Yusuke Terauchi

  DOI：10.1246/bcsj.59.3553

  日期：1986.11

  IR spectroscopic conformational analyses of Boc–Glyn–OBzl (n=3–7) and Boc–(β-Ala)n–OBzl (n=3–8) were performed in the solid state, suggesting the occurrence of the β-sheet structure in the higher oligomers (n=5–8). Solubility data indicate that insolubilities of Boc–Glyn–OBzl and Boc–(β-Ala)n–OBzl in high-polar solvents begin at hexa- and heptapeptide levels, respectively. Insolubility of protected homooligopeptides of Gly and β-Ala was estimated to be caused by β-sheet aggregation. The high potential for the β-sheet formation of Boc–Glyn–OBzl and Boc–(β-Ala)n–OBzl (n≥5) could clearly be attributed to the great freedom of the peptide backbone dihedral angles of each of the Gly and β-Ala residues in the β-sheet structure. The implications of a replacement of a few Gly residues with β-Ala residues in surface regions of proteins are also discussed.

  在固态下对Boc–Glyn–OBzl（n=3–7）和Boc–(β-Ala)n–OBzl（n=3–8）进行了红外光谱构象分析，结果表明较高聚体（n=5–8）中存在β-折叠结构。溶解度数据显示，Boc–Glyn–OBzl和Boc–(β-Ala)n–OBzl在高度极性溶剂中的不溶性分别从六肽和七肽水平开始。保护性同聚肽Gly和β-Ala的不溶性估计是由β-折叠聚集引起的。Boc–Glyn–OBzl和Boc–(β-Ala)n–OBzl（n≥5）形成β-折叠结构的高潜力可以明显归因于β-折叠结构中每个Gly和β-Ala残基肽骨架二面角的大自由度。还讨论了蛋白质表面区域中少量Gly残基被β-Ala残基替代的意义。
• Supramolecular Elastomers: Self-Assembling Star–Blocks of Soft Polyisobutylene and Hard Oligo(β-alanine) Segments
  作者：Joseph Scavuzzo、Shogo Tomita、Shiwang Cheng、Hao Liu、Min Gao、Joseph P. Kennedy、Shinichi Sakurai、Stephen Z. D. Cheng、Li Jia

  DOI：10.1021/ma502322n

  日期：2015.2.24

  A series of novel self-assembling star-blocks consisting of M-w = 29 000 g/mol 3-arm polyisobutylene (PIB) stars and oligo(beta-alanine) end segments were synthesized and characterized. Starblocks containing beta-alanine dimers are viscous liquids, while those with tri-, tetra-, and penta(beta-alanine)s are elastic solids. According to IR spectroscopy, the beta-alanine dimer is partially hydrogen-bonded, while the trimer, tetramer, and pentamer are fully hydrogen-bonded and form beta-sheets. DSC suggests crystalline beta-alanine trimer tetramer and pentamer domains phase separated from the rubbery PIB. The melting temperature of the crystalline domains increases with the length of the oligo(beta-alanine) segment. Transmission electron microscopy, wide-angle X-ray diffraction, and small-angle X-ray scattering of star-blocks containing tetra(beta-alanine) indicate stacks of hydrogen-bonded beta-sheets dispersed in a soft continuous PIB phase. The crystalline phases form fibrous lamellae with lengths up to similar to 200 nm, widths up to similar to 20 nm, and thicknesses of similar to 2 nm, which is the length of beta-alanine tetramer. Although the oligo(beta-alanine) contents are very low (from 1.5 to 3.6 wt % in the series), the static and dynamic mechanical properties of the starblocks are very different. The elastic moduli of the TPEs increase 5-fold with increasing beta-alanine content. Evidently, the oligo(beta-alanine) domains provide not only physical cross-links but also act as fillers.