(1S,3S,4R,5S)-1-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hexan-3-ol | 156044-15-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: (1S,3S,4R,5S)-1-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hexan-3-ol
• 英文别名: (S)-methanocarba-2'-deoxyadenosine；South-dAdo；(1S,2R,3S,5S)-5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hexan-3-ol；(1S,3S,4R,5S)-1-(6-aminopurin-9-yl)-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hexan-3-ol
• CAS: 156044-15-4
• 化学式: C₁₂H₁₅N₅O₂
• 分子量: 261.283
• InChiKey: OXVNWUDHLNBZRB-QZOVBDONSA-N

物化性质

• 沸点：
  577.4±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.95±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.5
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.58
• 拓扑面积：
  110
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1S,3S,4R,5S)-1-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hexan-3-ol 在 bovine spleen adenosine deaminase 作用下， 生成 9-((1S,3S,4R,5S)-3-Hydroxy-4-hydroxymethyl-bicyclo[3.1.0]hex-1-yl)-1,9-dihydro-purin-6-one
  参考文献：
  名称：

  腺苷和胞苷的构象锁定碳环核苷作为脱氨酶底物的对比行为

  摘要：

  除了已知的腺苷脱氨酶 (ADA) 和胞苷脱氨酶 (CDA) 在三级结构、Zn+2 配位范围和反向立体化学偏好方面存在差异之外，我们还提供了证据表明这些酶在其底物的北/南构象偏好以及缺乏 O(4') 氧对碳环底物酶促脱氨动力学的影响程度。本研究中使用的碳环核苷底物具有柔性环戊烷环或刚性双环 [3.1.0] 己烷支架。

  DOI：

  10.1080/15257770903091904
• 作为产物：
  描述：

  (1S,2R,3R,4R)-1-Benzyloxy-2-benzyloxymethyl-4-cyano-3-hydroxycyclopentane 在 盐酸 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium hydroxide 、 二苯甲酮 、 二苯基磷酸 、 四丁基氟化铵 、 氨 、 三氯化硼 、 三乙胺 、 原甲酸三乙酯 、 N,N'-硫羰基二咪唑 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 乙醚 、 二氯甲烷 、 氯仿 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 乙腈 、 苯 为溶剂， 反应 202.5h， 生成 (1S,3S,4R,5S)-1-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hexan-3-ol
  参考文献：
  名称：

  Conformationally locked carbocyclic nucleosides built on a bicyclo[3.1.0]hexane template with a fixed Southern conformation. Synthesis and antiviral activity

  摘要：

  具有固定结构的碳环核苷的构建 3E 南半球环皱褶 伪旋转循环是由共同的前体碳环实现的 胺， (1S,3S,4R,5 S )-3-苄氧基-4-苄氧基甲基-1-氨基双环[3.1.0]己烷 20. 这个 碳环胺由光学纯高效组装而成 2-苄氧基甲基环戊-3-烯醇 11 十步反应。关键 环丙烷化步骤进行于 (3R,4S )-1-氰基-4-苄氧基-3-(苄氧基甲基)环戊烷15，并进行 区域和立体选择性地给出关键的氰基碳环 中间体17，随后由其获得胺20。 嘧啶类似物 6-8 的合成完成 通过中间体无环丙烯酰脲21和22。 需要事先准备嘌呤 9 和 10 相应的N-甲酰化 4,6-二氯-5-氨基嘧啶和4,6-二氯-2,5-二氨基嘧啶 与胺20有效偶联的杂环前体。除了 (S)-2′-脱氧甲烷碳-A （9，2′-脱氧腺苷类似物），所有南方构象异构体 似乎缺乏抗病毒活性。

  DOI：

  10.1039/a604352f

文献信息

• Synthesis, Biological Activity, and Molecular Modeling of Ribose-Modified Deoxyadenosine Bisphosphate Analogues as P2Y₁ Receptor Ligands
  作者：Erathodiyil Nandanan、Soo-Yeon Jang、Stefano Moro、Hea Ok Kim、Maqbool A. Siddiqui、Pamela Russ、Victor E. Marquez、Roger Busson、Piet Herdewijn、T. Kendall Harden、José L. Boyer、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1021/jm990249v

  日期：2000.3.1

  than the corresponding (S)-isomer. The 2-chloro-N(6)-methyl-(N)-methanocarba analogue was an antagonist of IC(50) 51.6 nM. Thus, the ribose ring (N)-conformation appeared to be favored in recognition at P2Y(1) receptors. A cyclobutyl analogue was an antagonist with IC(50) of 805 nM, while morpholine ring-containing analogues were nearly inactive. Anhydrohexitol ring-modified bisphosphate derivatives

  已经探索了腺苷 3', 5'-二磷酸作为 P2Y(1) 受体拮抗剂的构效关系，揭示了 N(6)-甲基基团的效力增强作用和取代核糖部分的能力。 Nandanan et al. J. Med. Chem. 1999, 42, 1625-1638)。我们引入了受约束的碳环（以探索糖褶皱的作用）、与腺嘌呤部分的非糖基键以及磷酸基团移位。每种类似物对 P2Y(1) 受体的生物学活性的特点是测量其刺激火鸡红细胞膜中的磷脂酶 C（激动剂作用）和抑制其由 30 nM 2-甲基硫腺苷-5'-二磷酸（拮抗剂作用）引起的刺激的能力）。N(6)-甲基在几个案例中的加入将纯激动剂转化为拮抗剂。碳环 N(6)-methyl-2'-deoxyadenosine bisphosphate 类似物是纯 P2Y(1) 受体拮抗剂，与核糖类似物 (MRS 2179) 等效。在一系列环约束的甲卡巴衍生物中，稠合环丙烷部分将核苷的假糖环约束为北
• Synthesis of Conformationally Locked Versions of Puromycin Analogues
  作者：Hisao Saneyoshi、Benoît Y. Michel、Yongseok Choi、Peter Strazewski、Victor E. Marquez

  DOI：10.1021/jo8016132

  日期：2008.12.5

  built on a bicyclo[3.1.0]hexane pseudosugar template were synthesized. The final assembly of the products was accomplished by the Staudinger-Vilarrasa coupling of the corresponding North (2 and 3) and South (6 and 7) 3'-azidopurine carbanucleosides with the Fmoc-protected 1-hydroxybenzotriazole ester of 4-methoxy-L-tyrosine. North azides 2 and 3 were reported earlier. The 3'-azido intermediates 6 and 7

  合成了构建在双环[3.1.0]己烷假糖模板上的嘌呤霉素类似物的构型锁定的南北版本。通过相应的北部（2和3）和南部（6和7）3'-叠氮嘌呤碳核苷与Fmoc保护的4-甲氧基-L的1-羟基苯并三唑酯的Staudinger-Vilarrasa偶联完成产物的最终组装。 -酪氨酸。较早报道了北叠氮化物2和3。合成南嘌呤霉素类似物所必需的3'-叠氮基中间体6和7在本文中首次描述。
• Conformationally Restricted Nucleosides. The Reaction of Adenosine Deaminase with Substrates Built on a Bicyclo[3.1.0]hexane Template
  作者：Victor E. Marquez、Pamela Russ、Randolph Alonso、Maqbool A. Siddiqui、Kye-Jung Shin、Clifford George、Marc C. Nicklaus、Fang Dai、Harry Ford

  DOI：10.1080/15257779908041487

  日期：1999.4

  Adenosine deaminase (ADA) can discriminate between two distinct (North and South), conformationally rigid substrate conformers. (N)-methanocarba-2'dA (4) is deaminated 100 times faster than the antipodal (S)-methanocarba-2'dA (5), whereas a non-rigid analogue, aristeromycin (6), is deaminated at an intermediate rate. These results are in agreement with crystallographic data from ADA-ribonucleoside complexes showing the furanose ring of the bound purine in a C3'-endo (North) conformation. The data presented here suggests that 4 and 5 are useful probes to ascertain conformational preferences by purine metabolizing enzymes.
• Synthesis of Conformationally Restricted Carbocyclic Nucleosides: The Role of the O(4′)-Atom in the Key Hydration Step of Adenosine Deaminase
  作者：Victor E. Marquez、Pamela Russ、Randolph Alonso、Maqbool A. Siddiqui、Susana Hernandez、Clifford George、Marc C. Nicklaus、Fang Dai、Harry Ford, Jr.

  DOI：10.1002/(sici)1522-2675(19991215)82:12<2119::aid-hlca2119>3.0.co;2-y

  日期：1999.12.15