摘要:
新的结合RNA的配体的开发引起了基础科学和制药行业的日益增长的兴趣。这项研究的目的是通过进一步增加2-氨基吡啶(M)的p K a来改善三链体形成肽核酸(PNA)的RNA结合特性。M的质子化是在早期研究中能够在生理pH下形成三链体的关键。上的取代中号通过供电子-4-甲氧基取代基导致的三缸PNA-dsRNA的轻微不稳定,出乎预期的稳定化由于更有利的质子化。为了解释这一出乎意料的结果,在M上进行了首次NMR结构研究改良的PNA-dsRNA三链体,结合计算模型,发现M的4-甲氧基与将相邻核碱基连接到PNA主链的羰基氧之间的空间和静电排斥作用不佳。结构研究还提供了氢键相互作用的见解,氢键相互作用可能是PNA的高亲和力和异常的RNA结合偏好的原因。