5′-deoxy-5′-C-methenyl-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine | 142325-10-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5′-deoxy-5′-C-methenyl-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine
• 英文别名: 5'-deoxy-5'-vinyl-3'-O-tert-butyldimethylsilylthymidine；(C4H5O)(CHCH2)(OTBDMS)(C4H2N2)(CH3)O2；3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-deoxy-5'-methylidenethymidine；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-ethenyloxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 142325-10-8
• 化学式: C₁₇H₂₈N₂O₄Si
• 分子量: 352.506
• InChiKey: LMHWKNMJARAEPR-HZSPNIEDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.71
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.65
• 拓扑面积：
  67.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5′-deoxy-5′-C-methenyl-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine 在 间氯过氧苯甲酸 作用下， 生成 3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-(S)-C-cyanomethylthymidine
  参考文献：
  名称：

  5'- C-支链胸苷：合成，立体化学，并纳入寡脱氧核苷酸

  摘要：

  胸苷转化为其5'（小号） -环氧衍生物，其与亲核试剂反应，得到5'（小号） - Ç氨基甲基，5'（小号） - Ç -azidomethyl-，5'（小号） - Ç -氰基甲基，和5'（小号） - c ^甲氧基甲基-胸苷与定义的立体化学。由醛衍生物制备5'- C-烯丙基-和5'- C-硝基甲基胸苷。在NOE实验的帮助下确定了5'- C-支化胸苷的立体化学。将四个5'- C-支化的胸苷掺入寡脱氧核苷酸中。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(96)00418-2
• 作为产物：
  描述：

  3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 水 、 戴斯-马丁氧化剂 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 3.25h， 生成 5′-deoxy-5′-C-methenyl-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  Phospho-carboxylic anhydride of a homologated nucleoside leads to primer degradation in the presence of a polymerase

  摘要：

  Starting from thymidine, through a series of key synthetic transformations (e.g., Wittig reaction, hydroboration, Mitsunobu reaction and TEMPO oxidation) a nucleoside homologue bearing a phospho-carboxylic anhydride group at 60 position was synthesized. The potential of polymerases to catalyze amide bond formation was investigated by using a modified primer with an amino group at 3' position and the synthesized phosphoanhydro compound as substrate. Unfortunately, we did not observe the desired product either by gel electrophoresis or mass spectrometry. In contrast, the instability of the phosphoanhydro compound could lead to pyrophosphate formation and thus, to pyrophosphorolysis of the primer rather than to primer extension. (C) 2014 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2014.04.042
• 作为试剂：
  描述：

  sodium;hydride 、 3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-formylthymidine 在 甲基三苯基溴化膦 氮 、 Brine 、 Sodium sulfate-III 、 silica 、 ethyl acetate n-hexane 、 5′-deoxy-5′-C-methenyl-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine 、 乙酸乙酯 、 正己烷 作用下， 以 二甲基亚砜 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 4.25h， 生成 5′-deoxy-5′-C-methenyl-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  Sugar modified nucleosides and their use for synthesis of

  摘要：

  本发明揭示了一些改性核苷酸，由改性糖基组成，其中包含在脱氧核糖或核糖的C1和C4位置具有取代基，或在C3和C5位置具有分支取代基。每个核苷酸都被转化或适当保护，然后转化为相应的磷酰胺酯。这些磷酰胺酯用于组装寡核苷酸，在其中至少有一个上述核苷酸。这些糖修饰的寡核苷酸具有作为反义疗法的潜力，因为它们预计能够增强核酸酶抵抗力和细胞摄取，同时在体内或体外维持序列特异性和亲和力与核酸靶标。

  公开号：

  US05712378A1

文献信息

• Borononucleotides: synthesis, and formation of a new reversible boronate internucleosidic linkage
  作者：Delphine Luvino、Carine Baraguey、Michael Smietana、Jean-Jacques Vasseur

  DOI：10.1039/b802098a

  日期：——

  The synthesis of a borononucleotide analogue of thymidine and its association towards the formation of new borono-linked dimers is described.

  描述了胸苷的一种硼酸盐类似物的合成及其在形成新型硼连接二聚体中的关联作用。
• Chemical synthesis and properties of modified oligonucleotides containing 5′-amino-5′-deoxy-5′-hydroxymethylthymidine residues
  作者：Akihiro Ohkubo、Kousuke Muto、Rintaro Watanabe、Shuhei Nishizawa、Shugo Hisamatsu、Takashi Kanamori

  DOI：10.1016/j.bmc.2020.115407

  日期：2020.4

  In this study, we designed 5′-amino-5′-deoxy-5′-hydroxymethylthymidine as a new oligonucleotide modification with an amino group directly attached to the 5′-carbon atom. We successfully synthesized two isomers of 5′-amino-5′-deoxy-5′-hydroxymethylthymidine via dihydroxylation of the 5′-vinyl group incorporated into 5′-deoxy-5′-C-methenylthymidine derivartive. Moreover, it was found that the nuclease

  在这项研究中，我们设计了5'-氨基-5'-脱氧-5'-羟甲基胸苷作为新的寡核苷酸修饰，其氨基直接连接到5'-碳原子上。我们通过掺入5'-脱氧-5' - C-亚甲基胸苷衍生物的5'-乙烯基的二羟基化成功合成了5'-氨基-5'-脱氧-5'-羟甲基胸苷的两种异构体。此外，发现含有新化合物的R T残基的寡核苷酸的核酸酶抗性，对单链RNA的结合选择性和形成三链体的能力高于未修饰的寡核苷酸。
• Borononucleotides as Substrates/Binders for Human NMP Kinases: Enzymatic and Spectroscopic Evaluation
  作者：Chahrazade El Amri、Anthony R. Martin、Jean-Jacques Vasseur、Michael Smietana

  DOI：10.1002/cbic.201200199

  日期：2012.7.23

  BOP it! The ability of a series of 5′‐boronoisosteric NMP analogues to bind the NMP site of selected human NMP kinases was evaluated. A borononucleotide thymidine analogue was shown to behave as substrate of human TMP kinase: the first example of a boronic acid phosphorylated by a kinase and leading to an unstable and reversible BOP connection.

  乙 Ø  p将其！评估了一系列5'-硼氢化等位基因NMP类似物结合所选人NMP激酶NMP位点的能力。甲borononucleotide胸苷类似物显示出表现为人类TMP的基板激酶：硼酸的第一例磷酸化通过激酶并导致不稳定的和可逆的乙 ö  P个连接。
• Synthesis of Diastereomeric Mixtures of 5'-C-Hydroxymethylthymidine and Introduction of a Novel Class of C-Hydroxymethyl Functionalised Oligodeoxynucleotides.
  作者：Jef Fensholdt、Jesper Wengel、Otto Dahl、Georg Hvistendahl、Markku Leskelä、Mika Polamo、Muhammed Nour Homsi、Frank K. H. Kuske、Monika Haugg、Nathalie Trabesinger-Rüf、Elmar G. Weinhold

  DOI：10.3891/acta.chem.scand.50-1157

  日期：——

  transformed into phosphoramidites 8 which were used for solid phase synthesis of oligodeoxynucleotides (ODNs) containing 5'-C-(hydroxymethyl) functionalised thymidine monomers. This novel class of C-hydroxymethyl modified ODN-analogues exhibited promising affinity towards both complementary DNA and RNA as well as resistance towards 3'-exonucleolytic degradation.

  通过5'C-亚甲基核苷1的二羟基化反应制备了胸苷的5'-C-羟甲基取代的新型衍生物。四氧化s催化的1的二羟基化作用产生了二醇2：3的差向异构体混合物2，而使用AD-mix的不对称二羟基化作用-α和AD-mix-β得到两种差向异构二醇的混合物3和4，两者均富含相同的非对映异构体。将核苷2转化为亚磷酰胺8，其用于固相合成包含5'-C-（羟甲基）官能化胸苷单体的寡脱氧核苷酸（ODN）。这类新颖的C-羟甲基修饰的ODN类似物表现出对互补DNA和RNA的有希望的亲和力以及对3'-外切核酸降解的抗性。
• Synthesis and modelling of DNA junction and minor groove zipper motifs incorporating the double-headed nucleoside 5′(S)–C-(thymine-1-ylmethyl)thymidine
  作者：Mikkel S. Christensen、Charlotte M. Madsen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b700852j

  日期：——

  A nucleoside with two nucleobases, a so-called double-headed nucleoside, 5'(S)-C-(thymine-1-ylmethyl)thymidine 3, is synthesised and incorporated into oligonucleotides. The additional nucleobase is hereby positioned in the minor groove of the duplexes, which are formed with complementary DNA and RNA-sequences. Slight thermal destabilisation of these duplexes as compared to unmodified duplexes is observed

  合成具有两个核碱基的核苷，即所谓的双头核苷5'（S）-C-（胸腺嘧啶-1-基甲基）胸苷3，并将其掺入寡核苷酸中。因此，额外的核碱基位于双链体的小沟中，双链体由互补的DNA和RNA序列形成。与未修饰的双链体相比，观察到这些双链体的轻微热不稳定。在形成凸出的双链体或三向结的其他靶序列中，未观察到额外碱基对热稳定性的额外影响。另一方面，当两个双头核苷酸部分位于形成DNA-拉链基序的两个互补DNA序列中时，观察到碱基-碱基堆叠相互作用和随后的稳定化。