3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-hydroxymethyl-2'-deoxyuridine | 354581-59-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-hydroxymethyl-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 5-(hydroxymethyl)-3',5'-(tert-butyl-dimethylsilyl)-2'-deoxyuridine；5-oxymethyl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyuridine
• CAS: 354581-59-2
• 化学式: C₂₂H₄₂N₂O₆Si₂
• 分子量: 486.756
• InChiKey: HYBSSMUQBDWEHW-RCCFBDPRSA-N

物化性质

• 密度：
  1.10±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.73
• 重原子数：
  32.0
• 可旋转键数：
  7.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  102.78
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-hydroxymethyl-2'-deoxyuridine 在 吡啶 、 氟化氢吡啶 、 甲氧基三甲基硅烷 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 42.5h， 以52%的产率得到5-羟甲基脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  5-羟甲基胞嘧啶、5-甲酰胞嘧啶和 5-羧基胞嘧啶的脱氨基、氧化和 C-C 键裂解反应

  摘要：

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC

  DOI：

  10.1021/ja403229y
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-bis-(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-formyl-2'-deoxyuridine 在 sodium tetrahydroborate 、 cerium(III) chloride heptahydrate 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 以90 %的产率得到3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-hydroxymethyl-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  5-羟甲基嘧啶核苷的制备：重新研究

  摘要：

  重新研究了目前用于将 5-羟​​甲基部分引入到基于嘧啶的脱氧核苷上的不同方法。胸苷甲基的氧化随后所得甲酰基的还原使得能够以简单的方式并以良好的产率获得受保护的5-羟甲基-2'-脱氧尿苷。给出了相关构建模块合成的应用示例。

  DOI：

  10.1002/ejoc.202300298

文献信息

• A Practical Method for Regioselective 5′-O-tert-Butyldimethylsilyl Deprotection of Persilylated Nucleosides by Methanolic Phosphomolybdic Acid
  作者：Shan-Shan Gong、Qi Sun、Hua-Shan Huang、Rui Kong、Xiu-An Zheng、Wei-Jie Chen、Shuai-Bo Han、De-Yun Zeng

  DOI：10.1055/s-0037-1610300

  日期：2018.11

  In nucleoside/nucleotide chemistry, the regioselective cleavage of 5′-O-TBS groups of persilylated nucleosides is a desired approach for structural functionalization at the 5′-position. However, efficient and practical methods for this purpose are still limited. In our research, we found that homogeneous methanolic phosphomolybdic acid (PMA) efficiently catalyzes the regioselective deprotection of

  在核苷/核苷酸化学中，全甲硅烷基化核苷的 5'-O-TBS 基团的区域选择性切割是 5' 位结构功能化的理想方法。然而，用于此目的的有效和实用的方法仍然有限。在我们的研究中，我们发现均相甲醇磷钼酸 (PMA) 可有效催化多种全甲硅烷基化核苷底物的 5'-O-TBS 基团的区域选择性脱保护，并可用于实际合成，规模可达 15 g。31P NMR 结果表明形成了阴离子簇，且均相 PMA 的路易斯酸度取决于有机溶剂。甲醇 PMA 的功效和显着的区域选择性是由于磷酸钼阴离子溶剂化后路易斯酸强度降低的结果。
• Retracted Article: Divergent synthesis of 5-substituted pyrimidine 2′-deoxynucleosides and their incorporation into oligodeoxynucleotides for the survey of uracil DNA glycosylases
  作者：Ai Tran、Song Zheng、Dawanna S. White、Alyson M. Curry、Yana Cen

  DOI：10.1039/d0sc04161k

  日期：——

  developed. These derivatives were further elaborated to the corresponding phosphoramidites to enable the site-specific incorporation of modified nucleobases into ODNs using standard solid-phase DNA synthesis. The synthetic methodology, along with the panel of ODNs, is of great value to investigate the biological functions of epigenetically important nucleobases, and to elucidate the diversity in chemical

  最近的研究表明，DNA 中的 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 残基可以被氧化并可能脱氨基为相应的胸腺嘧啶类似物。其中一些氧化性 DNA 损伤被认为是新的表观遗传标记，可能对染色质功能和疾病病理学产生深远影响。为了应对氧化损伤，细胞具有复杂的修复系统网络，可以识别、去除和重建病变。然而，如何检测和修复修饰的核碱基仍然难以捉摸，这主要是由于含有这些新型 DNA 修饰的合成寡脱氧核苷酸 (ODN) 的可用性有限。已经开发出一种简洁且发散的 5mC 衍生物合成策略。这些衍生物被进一步加工成相应的亚磷酰胺，从而能够使用标准固相 DNA 合成将修饰的核碱基位点特异性掺入 ODN 中。该合成方法以及 ODN 组对于研究表观遗传学重要核碱基的生物学功能以及阐明化学损伤修复的多样性具有重要价值。
• Efficient synthesis of 5-hydroxymethyl-, 5-formyl-, and 5-carboxyl-2′-deoxycytidine and their triphosphates
  作者：Qi Sun、Jian Sun、Shan-Shan Gong、Cheng-Jun Wang、Shou-Zhi Pu、Fu-De Feng

  DOI：10.1039/c4ra07670b

  日期：——

  Efficient strategies for the preparation of high-quality 5-hydroxymethyl-, 5-formyl-, and 5-carboxyl-2′-deoxycytidine triphosphates and their parent nucleosides have been developed.

  已开发出高效的策略，用于制备高质量的5-羟甲基-、5-甲酰基-和5-羧基-2'-脱氧胞苷三磷酸盐及其母核苷。
• Quantification of the Sixth DNA Base Hydroxymethylcytosine in the Brain
  作者：Martin Münzel、Daniel Globisch、Tobias Brückl、Mirko Wagner、Veronika Welzmiller、Stylianos Michalakis、Markus Müller、Martin Biel、Thomas Carell

  DOI：10.1002/anie.201002033

  日期：——

  allowed the amount of the post‐replicatively formed DNA base 5‐hydroxymethylcytosine (see picture; left) to be quantified in brain tissue. The nucleoside is most abundant in areas that are associated with higher cognitive functions, and its content in mouse hippocampi seems to increase with age. The new method enables hydroxymethylcytosine to be quantified with unprecedented accuracy.

  注意事项：LC-MS允许在脑组织中量化复制后形成的DNA碱基5-羟甲基胞嘧啶的量（参见图片；左图）。核苷在与更高的认知功能相关的区域中含量最高，并且其在小鼠海马中的含量似乎随着年龄的增长而增加。新方法使羟甲基胞嘧啶的定量达到前所未有的准确性。
• Synthesis and evaluation of 5′-modified thymidines and 5-hydroxymethyl-2′-deoxyuridines as Mycobacterium tuberculosis thymidylate kinase inhibitors
  作者：Kiran S. Toti、Frederick Verbeke、Martijn D.P. Risseeuw、Vladimir Frecer、Hélène Munier-Lehmann、Serge Van Calenbergh

  DOI：10.1016/j.bmc.2012.10.018

  日期：2013.1

  We report the synthesis of 5′-modified thymidines (16, 18, 21, 23) and 5,5′-bis-substituted 2′-deoxyuridine analogues (30, 47) as inhibitors of thymidine monophosphate kinase of Mycobacterium tuberculosis (TMPKmt). These analogues were evaluated for their capacity to inhibit TMPKmt and solely two 5′-modified thymidines were found to possess moderate inhibitory activity. In addition, a feasibility study

  我们报告的5'-修饰的胸苷（合成16，18，21，23）和5,5'-双-取代的2'-脱氧尿苷类似物（30，47），为一磷酸胸苷的激酶抑制剂的结核分枝杆菌（TMPK公吨）。评价这些类似物抑制TMPK mt的能力，仅发现两个5'-修饰的胸苷具有中等抑制活性。另外，描述了2'-脱氧尿苷的5-CH 2 OH部分的保护基的可行性研究，其能够引入所需的5'-修饰。