1-[5-(tert-butyldiphenylsilyl)-2,3-dideoxy-3-C-(formyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]thymine | 146557-69-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-[5-(tert-butyldiphenylsilyl)-2,3-dideoxy-3-C-(formyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]thymine
• 英文别名: 3'-Deoxy-3'-(C-Formyl)-5'-O-(Tert-Butyldiphenylsilyl)Thymidine；3'-Deoxy-3'-C-formyl-5'-O-t-butyldiphenylsilyl-thymidine；(2S,3S,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolane-3-carbaldehyde
• CAS: 146557-69-9
• 化学式: C₂₇H₃₂N₂O₅Si
• 分子量: 492.647
• InChiKey: OBCOTDDLOJBHRR-AGILITTLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.52
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  84.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[5-(tert-butyldiphenylsilyl)-2,3-dideoxy-3-C-(formyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]thymine 在 2,6-二甲基吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 triethylamine trifluoride 、 甲基三苯氧基碘磷 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 水 、 乙酸乙酯 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 3'-deoxy-3'-C-(iodomethyl)-5'-O-(4-methoxytrityl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  新型3'-C-亚甲基胸苷和5-甲基尿苷/胞苷H-膦酸酯和亚膦酸酯的合成，用于寡核苷酸的新骨架修饰。

  摘要：

  新型5'-O-DMT-和MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的胸苷，5-甲基尿苷和5-甲基胞苷H-膦酸酯1-7与O-甲基，氟，氢和O-（2通过一种新的有效策略，由相应的关键中间体3'-C-碘甲基核苷和中间体BTSP（通过Arbuzov反应原位制备）合成了2'-位的-甲氧基乙基）取代基。Arbuzov反应的修饰反应条件防止了DMT和MMT保护基的丢失，并直接提供了所需的5'-O-DMT-和/或MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的H-膦酸酯1 -6虽然在PC键形成后也通过操纵保护基制备了一些。3'-C-碘甲基-5-甲基胞嘧啶53的修饰Arbuzov反应 由其5-甲基尿苷衍生物42制备，并用BTSP提供5-甲基胞嘧啶H-膦酸酯54，将其进一步转移到相应的4-N-（N-甲基吡咯烷-2-亚基）-保护的H-膦酸酯单体7。5使用DCC作为偶联剂，将'-O-MMT保护的3'-C-亚甲基改性的H-膦酸酯5、3和7

  DOI：

  10.1021/jo001699u
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-tert-butyldiphenylsilylthymidine 在 吡啶 、 sodium periodate 、 N-羟基丁二酰亚胺 、 四氧化锇 、 偶氮二异丁腈 、 N-甲基吗啉氧化物 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 水 、 苯 为溶剂， 反应 39.0h， 生成 1-[5-(tert-butyldiphenylsilyl)-2,3-dideoxy-3-C-(formyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  Efficient and Stereoselective Synthesis of 3′-Deoxy 3′ -C-Branched-Chain Substituted Thymidine

  摘要：

  在本报告中，我们首次利用分子间自由基 C-C 键形成反应，简便、高效、立体选择性地合成了 1-[5-O-(叔丁基二苯基硅烷基)-2,3-二脱氧-3-C-甲酰基-δ²-D-赤式戊呋喃糖基]胸腺嘧啶（12）。讨论了这种化合物在反义应用中的效用，作为延伸，12 被转化为 1-[2,3-二脱氧-3-C-(羟甲基)-δ-D-赤式戊呋喃糖基]胸腺嘧啶（14），这是一种有效的抗病毒和抗肿瘤药物。

  DOI：

  10.1055/s-1994-25664

文献信息

• Modified oligonucleotides
  申请人：ISIS Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US05808023A1

  公开（公告）日：1998-09-15

  Novel compounds that mimic and/or modulate the activity of wild-type nucleic acids are provided. The novel compounds have modified internucleoside linkages which preferably replace naturally-occurring phosphodiester-5'-methylene linkages with four atom linking groups. Preferred linkages have structures such as, for example, CH.sub.2 --R.sub.A --NR.sub.1 --CH.sub.2, CH.sub.2 --NR.sub.1 --R.sub.A --CH.sub.2, R.sub.A --NR.sub.1 --CH.sub.2 --CH.sub.2, CH.sub.2 --CH.sub.2 --NR.sub.1 --R.sub.A, CH.sub.2 --CH.sub.2 --R.sub.A --NR.sub.1, or NR.sub.1 --R.sub.A --CH.sub.2 --CH.sub.2 where R.sub.A is O or NR.sub.2. These linkages are prepared from appropriately functionalized nucleosides and oligonucleotides.

  提供模拟和/或调节野生型核酸活性的新化合物。这些新化合物具有修改的核苷酸间连接，最好用四原子连接基固定取代自然发生的磷酸二酯-5'-亚甲基连接。首选连接具有结构，例如，CH.sub.2 --R.sub.A --NR.sub.1 --CH.sub.2，CH.sub.2 --NR.sub.1 --R.sub.A --CH.sub.2，R.sub.A --NR.sub.1 --CH.sub.2 --CH.sub.2，CH.sub.2 --CH.sub.2 --NR.sub.1 --R.sub.A，CH.sub.2 --CH.sub.2 --R.sub.A --NR.sub.1，或NR.sub.1 --R.sub.A --CH.sub.2 --CH.sub.2，其中R.sub.A为O或NR.sub.2。这些连接是从适当功能化的核苷酸和寡核苷酸制备的。
• Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof
  申请人：Isis Pharmaceuticals

  公开号：US05386023A1

  公开（公告）日：1995-01-31

  Methods for preparing oligonucleotide analogs which have improved nuclease resistance and improved cellular uptake are provided. In preferred embodiments, the methods involve reductive coupling of 3'- and 4'-substituted or 4'- and 3'-substituted nucleosidic synthons.

  提供了一种制备具有改善核酸酶抗性和细胞摄取能力的寡核苷酸类似物的方法。在优选实施例中，该方法涉及3'-和4'-取代或4'-和3'-取代核苷合成子的还原偶联。
• The Utilization of Secondary Phosphine Oxide Synthons for the Preparation of Novel Tertiary Phosphine Oxide Modified DNA
  作者：Stephen P. Collingwood、Roger J. Taylor

  DOI：10.1055/s-1998-1632

  日期：1998.3

  Novel tertiary phosphine oxides are described which act as masked secondary phosphine oxides. The protection of the reactive P-H bond allows generation of a carbanion alpha to phosphorus and subsequent alkylation with an oxetane. The free P-H can then be liberated with anhydrous acid. This functionality can then be further alkylated to generate novel tertiary phosphine oxide backbone modified DNA.

  新型叔腾氧化物被描述为隐匿的仲腾氧化物。对活性P-H键的保护使得能够在磷的α位生成碳负离子，随后与氧杂环丁烷进行烷基化。然后可以通过无水酸释放自由的P-H。这一功能性可以进一步烷基化，以生成修饰了新型叔腾氧化物骨架的DNA。
• Dinucleoside Monophosphate Analogues Containing Disulfide Linkages
  作者：Emma M. Witch、Richard Cosstick

  DOI：10.1016/s0040-4039(97)01542-6

  日期：1997.9

  two dinucleoside monophosphate analogues is described in which the 3′-O-P-O-5′ phosphodiester linkage is replaced by either an isosteric 3′-C-S-S-5′ or a shorter 3′-S-S-5′ linkage. In both cases the -S-S- bond was formed through a disulfide exchange reaction using an activated S-nucleosidyl S-aryl disulfide and a suitably protected derivative of 5′-thiothymidine. © 1997 Elsevier Science Ltd.

  描述了两种二核苷单磷酸酯类似物的合成，其中3'-OPO-5'磷酸二酯键被等排3'-CSS-5'或更短的3'-SS-5'键取代。在这两种情况下，-SS-键都是通过二硫化物交换反应，使用活化的S-核苷基S-芳基二硫化物和适当保护的5'-硫代胸腺嘧啶核苷衍生物形成的。©1997爱思唯尔科学有限公司。
• Synthesis and Hybridisation Properties of Phosphonamidate Ester Modified Nucleic Acid
  作者：Robin A. Fairhurst、Stephen P. Collingwood、David Lambert、Roger J. Taylor

  DOI：10.1055/s-2001-12328

  日期：——

  The replacement of the two backbone oxygen atoms of the phosphodiester linkage of DNA with carbon and nitrogen in the form of a phosphonamidate ester linkage, in both possible regioisomeric forms, is described. An alkylation reaction with the 3′-C-P-N-5′ methyl phosphoamidate regioisomer yielded the corresponding N-methylated analogues. For each example separation into individual phosphonamidate ester diastereoisomers was performed prior to incorporation into oligonucleotides. The effect upon duplex stability for DNA oligonucleotides containing each of these modifications with complimentary RNA is reported.

  本文介绍了用碳和氮以膦酰胺酯连接的形式取代 DNA 磷酸二酯连接的两个骨架氧原子的两种可能的异构体形式。与 3′-C-P-N-5′甲基膦酰酰胺异构体的烷基化反应产生了相应的 N-甲基化类似物。在将每个实例掺入寡核苷酸之前，先将其分离成单个膦酰酰胺酯非对映异构体。报告了含有这些修饰的 DNA 寡核苷酸与互补 RNA 对双链稳定性的影响。