surugamide B | 1444002-13-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: surugamide B
• 英文别名: Surugamide B；(3S,6R,9S,12R,15S,18R,21R,24S)-3-(4-aminobutyl)-21-benzyl-9,15,24-tris[(2S)-butan-2-yl]-12-methyl-18-(2-methylpropyl)-6-propan-2-yl-1,4,7,10,13,16,19,22-octazacyclotetracosane-2,5,8,11,14,17,20,23-octone
• CAS: 1444002-13-4
• 化学式: C₄₇H₇₉N₉O₈
• 分子量: 898.2
• InChiKey: IEWHPTFFMRBBPQ-NPSZZZSPSA-N

物化性质

• 沸点：
  1194.7±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.035±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.6
• 重原子数：
  64
• 可旋转键数：
  15
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.7
• 拓扑面积：
  259
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  surugamide B 在 盐酸 作用下， 以 水 为溶剂， 生成 D-丙氨酸 、 D-缬氨酸 、 D-亮氨酸 、 L-异亮氨酸 、 L-赖氨酸 、 D-苯丙氨酸
  参考文献：
  名称：

  Surugamides A–E, Cyclic Octapeptides with Four d-Amino Acid Residues, from a Marine Streptomyces sp.: LC–MS-Aided Inspection of Partial Hydrolysates for the Distinction of d- and l-Amino Acid Residues in the Sequence

  摘要：

  Surugamides A-E (1-5), cyclic octapeptides with four D-amino acid residues, were isolated from the broth of marine-derived Streptomyces sp. Their planar structures were determined by analyses of spectroscopic data, and the absolute configuration of constituent amino acid residues was determined by the Marfey's method. Differentiation of D-Ile and L-Ile in the sequence was established by chiral analysis of fragment peptides obtained from the partial hydrolysate, whose identification was conducted by LC-MS/MS.

  DOI：

  10.1021/jo400708u
• 作为产物：
  描述：

  在 三异丙基硅烷 、 三氟乙酸 作用下， 以 水 为溶剂， 以15.3 mg的产率得到surugamide B
  参考文献：
  名称：

  非核糖体肽Surugamide B的全合成和新的卸荷环化酶家族的鉴定。

  摘要：

  组织蛋白酶B抑制剂surugamide B（2）以及与结构相关的衍生物（A和C–E）先前已从海洋放线菌链霉菌sp。中分离出来。JAMM992。该生物合成基因出乎意料地是四个非核糖体肽合成酶（NRPS）基因簇的一部分，其中两个基因负责另外的线性十肽代孕酰胺F的生物合成。但是，生物合成后期需要的硫酯酶结构域Surugamide NRPS的任何模块结构中都不存在环肽Surugamides A–E。在此，我们报告了Surugamide B（2）通过在仿生位置进行大环化，不仅减轻了大内酰胺化过程中的Cα差向异构化，而且在18个步骤中有效提供了34％的收率中的2％。此外，利用生物合成前体模拟物进行的化学和酶学研究均表明，属于青霉素结合蛋白家族的独立酶SurE负责拴系的八肽中间体的大环化。

  DOI：

  10.1002/anie.201805541

文献信息

• The N-terminal substrate specificity of the SurE peptide cyclase
  作者：Asif Fazal、Jake Wheeler、Michael E. Webb、Ryan F. Seipke

  DOI：10.1039/d2ob01061e

  日期：——

  SurE is a standalone peptide cyclase essential for the production of surugamide antibiotics. Although SurE catalyses the cyclisation of varied nonribosomal peptides in vivo, its substrate specificity is poorly understood. To address this issue, an on-resin SurE cyclisation assay was developed and in combination with SNAC thioesters and kinetic measurements was used to define the chemical space of the

  SurE 是一种独立的肽环化酶，对于生产 surugamide 抗生素至关重要。尽管 SurE在体内催化各种非核糖体肽的环化，但对其底物特异性知之甚少。为了解决这个问题，开发了一种树脂上的 SurE 环化测定，并结合 SNAC 硫酯和动力学测量来定义 N 末端底物残基的化学空间。
• Streamlined Chemoenzymatic Synthesis of Cyclic Peptides by Non-ribosomal Peptide Cyclases
  作者：Masakazu Kobayashi、Kei Fujita、Kenichi Matsuda、Toshiyuki Wakimoto

  DOI：10.1021/jacs.2c11082

  日期：2023.2.15

  Macrocyclization improves the pharmaceutical properties of peptides; however, regio- and chemoselective intramolecular cyclizations remain challenging. Here we developed a streamlined chemoenzymatic approach to synthesize cyclic peptides by exploiting non-ribosomal peptide (NRP) cyclases. Linear peptides linked to the resin through a C-terminal diol ester functionality are synthesized on a solid support

  大环化改善多肽的药学性质；然而，区域和化学选择性分子内环化仍然具有挑战性。在这里，我们开发了一种简化的化学酶法，通过利用非核糖体肽 (NRP) 环化酶来合成环肽。通过C连接到树脂的线性肽- 末端二醇酯功能在固体支持物上合成，以规避离去基团在液相中安装到肽底物上，这通常会引发不希望的差向异构化。树脂结合肽的裂解产生了具有足够纯度的二醇酯，可以很容易地被 SurE（一种代表性的青霉素结合蛋白型硫酯酶（PBP 型 TE））以头对尾的方式环化。对同源野生型酶的探索以及合理的蛋白质工程已经拓宽了酶促大环内酰胺化的范围。这种方法将有可能加速 NRP 环化酶作为生物催化剂的开发。
• Surugamides A–E, Cyclic Octapeptides with Four <scp>d</scp>-Amino Acid Residues, from a Marine Streptomyces sp.: LC–MS-Aided Inspection of Partial Hydrolysates for the Distinction of <scp>d</scp>- and <scp>l</scp>-Amino Acid Residues in the Sequence
  作者：Kentaro Takada、Akihiro Ninomiya、Masato Naruse、Yi Sun、Masayuki Miyazaki、Yuichi Nogi、Shigeru Okada、Shigeki Matsunaga

  DOI：10.1021/jo400708u

  日期：2013.7.5

  Surugamides A-E (1-5), cyclic octapeptides with four D-amino acid residues, were isolated from the broth of marine-derived Streptomyces sp. Their planar structures were determined by analyses of spectroscopic data, and the absolute configuration of constituent amino acid residues was determined by the Marfey's method. Differentiation of D-Ile and L-Ile in the sequence was established by chiral analysis of fragment peptides obtained from the partial hydrolysate, whose identification was conducted by LC-MS/MS.
• Total Synthesis of the Nonribosomal Peptide Surugamide B and Identification of a New Offloading Cyclase Family
  作者：Takefumi Kuranaga、Kenichi Matsuda、Ayae Sano、Masakazu Kobayashi、Akihiro Ninomiya、Kentaro Takada、Shigeki Matsunaga、Toshiyuki Wakimoto

  DOI：10.1002/anie.201805541

  日期：2018.7.20

  required for the later stage of the biosynthesis of the cyclic peptides surugamides A–E is not present in any module architecture of the surugamide NRPSs. Herein, we report the first total synthesis of surugamide B (2) through the macrocyclization at the biomimetic position, which not only alleviated the Cα epimerization in the macrolactamization process, but also efficiently provided 2 in 34 % yield

  组织蛋白酶B抑制剂surugamide B（2）以及与结构相关的衍生物（A和C–E）先前已从海洋放线菌链霉菌sp。中分离出来。JAMM992。该生物合成基因出乎意料地是四个非核糖体肽合成酶（NRPS）基因簇的一部分，其中两个基因负责另外的线性十肽代孕酰胺F的生物合成。但是，生物合成后期需要的硫酯酶结构域Surugamide NRPS的任何模块结构中都不存在环肽Surugamides A–E。在此，我们报告了Surugamide B（2）通过在仿生位置进行大环化，不仅减轻了大内酰胺化过程中的Cα差向异构化，而且在18个步骤中有效提供了34％的收率中的2％。此外，利用生物合成前体模拟物进行的化学和酶学研究均表明，属于青霉素结合蛋白家族的独立酶SurE负责拴系的八肽中间体的大环化。