thymidine 5'-(2,6-deoxy-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate) | 388610-24-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: thymidine 5'-(2,6-deoxy-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate)
• 英文别名: thymidine diphosphate-L-olivose；TDP 2-deoxy-β-L-rhamnose；TDP-β-L-olivose；dTDP-L-olivose；[(2R,4S,5R,6S)-4,5-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl] [hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] hydrogen phosphate
• CAS: 388610-24-0
• 化学式: C₁₆H₂₆N₂O₁₄P₂
• 分子量: 532.335
• InChiKey: GLUZBIYLBPDBPE-LITXJTQSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.8
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  231
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  thymidine 5'-(2,6-deoxy-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate) 、 去甲糖胺基万古霉素 在 glycosyltransferase GtfD 作用下， 生成
  参考文献：
  名称：

  糖肽糖基转移酶合成效用的系统研究

  摘要：

  参与细菌次级代谢产物生物合成的糖基转移酶可用于生成生物活性天然产物的糖修饰类似物。一些糖基转移酶具有宽松的底物特异性，并且已经假定滥交是该类的一个特征。作为探索这些酶合成效用计划的一部分，我们使用纯化的酶和化学合成的 TDP β- 分析了将类似的 2-脱氧-L-糖连接到万古霉素型糖肽苷元的糖基转移酶的底物选择性。 2-脱氧-L-糖类似物。我们表明，虽然这些糖肽糖基转移酶中的一些是混杂的，但其他糖肽糖基转移酶只能容忍它们将处理的底物的微小修改。例如，糖基转移酶 GtfC 和 GtfD，分别将 4-epi-L-vancosamine 和 L-vancosamine 转移到万古霉素假糖苷和氯定向素 B 的葡萄糖单元的 C-2，显示出适度放松的供体底物特异性对其天然苷元的糖基化。相比之下，GtfA，一种将 4-epi-L-vancosamine 连接到苄基位置的转移酶，仅利用与其天然 TDP 糖底

  DOI：

  10.1021/ja052945s
• 作为产物：
  描述：

  2-deoxy-3,4-di-O-acetyl-L-rhamnopyranose 在 草酰氯 、 3 A molecular sieve 、 水 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 N,N-二甲基甲酰胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 thymidine 5'-(2,6-deoxy-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate)
  参考文献：
  名称：

  糖肽糖基转移酶合成效用的系统研究

  摘要：

  参与细菌次级代谢产物生物合成的糖基转移酶可用于生成生物活性天然产物的糖修饰类似物。一些糖基转移酶具有宽松的底物特异性，并且已经假定滥交是该类的一个特征。作为探索这些酶合成效用计划的一部分，我们使用纯化的酶和化学合成的 TDP β- 分析了将类似的 2-脱氧-L-糖连接到万古霉素型糖肽苷元的糖基转移酶的底物选择性。 2-脱氧-L-糖类似物。我们表明，虽然这些糖肽糖基转移酶中的一些是混杂的，但其他糖肽糖基转移酶只能容忍它们将处理的底物的微小修改。例如，糖基转移酶 GtfC 和 GtfD，分别将 4-epi-L-vancosamine 和 L-vancosamine 转移到万古霉素假糖苷和氯定向素 B 的葡萄糖单元的 C-2，显示出适度放松的供体底物特异性对其天然苷元的糖基化。相比之下，GtfA，一种将 4-epi-L-vancosamine 连接到苄基位置的转移酶，仅利用与其天然 TDP 糖底

  DOI：

  10.1021/ja052945s

文献信息

• Deciphering the Biosynthesis of TDP-β-<scp>l</scp>-oleandrose in Avermectin
  作者：Yue Tang、Min Wang、Hua Qin、Xiangxiang An、Zhengyan Guo、Guoliang Zhu、Lixin Zhang、Yihua Chen

  DOI：10.1021/acs.jnatprod.0c00902

  日期：2020.10.23

  Avermectin (AVM) refers to eight macrolides containing a common l-oleandrosyl disaccharide chain indispensable to their antiparasitic bioactivities. We delineated the biosynthetic pathway of TDP-β-l-oleandrose (1), the sugar donor of AVM, by characterizing AveBVIII, AveBV, and AveBVII as TDP-sugar 3-ketoreductase, 5-epimerase, and 3-O-methyltransferase, respectively. On the basis of this pathway, we

  Avermectin (AVM) 是指八种大环内酯类化合物，含有对其抗寄生虫生物活性必不可少的常见l-夹竹桃基二糖链。我们划定TDP-β的生物合成途径-l -oleandrose（1），AVM的糖供体，通过表征AveBVIII，AveBV和AveBVII作为TDP-糖-3-酮还原酶，5差向异构酶，和3- Ò -methyltransferase，分别。在这个途径的基础上，我们成功重组的生物合成1的大肠杆菌。我们的工作完成了AVM的生物合成途径，为进一步的研究奠定了坚实的基础。
• Target-specific identification and characterization of the putative gene cluster for brasilinolide biosynthesis revealing the mechanistic insights and combinatorial synthetic utility of 2-deoxy-<scp>l</scp>-fucose biosynthetic enzymes
  作者：Hsien-Tai Chiu、Chien-Pao Weng、Yu-Chin Lin、Kuan-Hung Chen

  DOI：10.1039/c5ob02292d

  日期：——

  mechanisms of NbrCDEF enzymes were further characterized by systematic mix-and-match experiments. The enzymes were revealed to display remarkable substrate and partner promiscuity, leading to the establishment of in vitro hybrid deoxysugar biosynthetic pathways throughout an in situ one-pot (iSOP) method. This study represents the first demonstration of TDP-2dF biosynthesis at the enzyme and molecular levels

  表现出强大的免疫抑制和抗真菌活性且毒性极低的油菜素内酯在结构上具有与I型聚酮化合物（PK-1）大内酯相连的异常修饰的2-脱氧-L-岩藻糖（2dF）的结构特征。从致病性生产者诺卡氏菌（Nocardia brasiliensis IFM-0406）上，通过靶标特异性简并引物鉴定出一个210 kb的基因组片段，并随后进行了测序，揭示了一个巨大的nbr基因簇，该簇具有TDP-2dF生物合成所需的基因（nbrCDEF）和那些用于PK-1的生物合成，修饰和调节。结果表明，nbr的遗传和结构域排列PK-1合成酶与巴西内酯的PK-1结构共线性一致。随后的nbrCDEF在大肠杆菌中的异源表达完成了TDP-2dF生物合成的体外重建。通过系统的混合和匹配实验进一步表征了NbrCDEF酶的催化功能和机理。揭示了这些酶显示出显着的底物和伴侣混杂性，从而导致在整个原位建立了体外杂交脱氧糖生物合成途径一锅法（iSOP）