2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine | 54925-66-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine
• 英文别名: 2',5'-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine；TBDMS(-2)[TBDMS(-5)]Ribf(b)-uracil-1-yl；1-[(2R,3R,4R,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 54925-66-5
• 化学式: C₂₁H₄₀N₂O₆Si₂
• 分子量: 472.729
• InChiKey: GPAGYSAEKUFMJG-VDHUWJSZSA-N

物化性质

• 密度：
  1.10±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.21
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine 在 1,3-丙二醇 环己烯 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 尿嘧啶核苷
  参考文献：
  名称：

  使用催化转移氢化从碳水化合物中除去TBDMS保护基

  摘要：

  催化转移氢化为从伯羟基和仲羟基裂解TBDMS醚提供了一种简便的方法。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(91)80850-6
• 作为产物：
  描述：

  2',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-ketouridine 在 硼烷四氢呋喃络合物 、 (S)-2-甲基-CBS-恶唑硼烷 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 3.5h， 以42%的产率得到2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine
  参考文献：
  名称：

  使用 Corey-Bakshi-Shibata 催化剂通过非对映选择性还原实际合成木糖和阿拉伯呋喃糖苷前体

  摘要：

  摘要 Corey-Bakshi-Shibata (CBS) 催化剂提供了一种有效的机制来减少酮并获得所需的对映纯醇。在此，报道了 C-2' 和 C-3'-酮基呋喃核糖苷衍生物以大于 95% 的非对映体过量非对映选择性还原为相应的阿拉伯糖苷和呋喃木糖苷。还描述了与叠氮基团的立体定向取代以及前药阿糖胞苷和阿糖腺苷的合成。报道的策略提供了卓越的非对映选择性、更短的反应时间，并避免了涉及非手性还原剂的类似方案所需的冷却。图形概要

  DOI：

  10.1080/15257770.2017.1414240

文献信息

• Stereochemical Elucidation and Total Synthesis of Dihydropacidamycin D, a Semisynthetic Pacidamycin
  作者：Constantine G. Boojamra、Rémy C. Lemoine、Julie C. Lee、Roger Léger、Karin A. Stein、Nicole G. Vernier、Angela Magon、Olga Lomovskaya、Patrick K. Martin、Suzanne Chamberland、May D. Lee、Scott J. Hecker、Ving J. Lee

  DOI：10.1021/ja003292c

  日期：2001.2.1

  that of the natural products. Elucidation of stereochemistry in the pacidamycins has been completed through a campaign of natural product degradation experiments in combination with the total synthesis of the lowest-molecular weight dihydropacidamycin, dihydropacidamycin D. The stereochemical identities of the tryptophan and two alanine residues contained in pacidamycin D have been shown to be of the

  已显示太平洋霉素的 C(4') 环外烯烃的氢化作用产生一系列半合成化合物，即二氢太平洋霉素，其抗菌活性类似于天然产物。通过天然产物降解实验以及最低分子量二氢太平洋霉素 D 的全合成，已经完成了太平洋霉素中立体化学的阐明。 太平洋霉素 D 中包含的色氨酸和两个丙氨酸残基的立体化学身份已经确定显示为天然 (S) 构型，而该系列抗生素中所含的独特 3-甲基氨基-2-氨基丁酸已显示为 (2S,3S) 构型。最后，通过氢化 C(4')-C(5'
• Synthesis and antibacterial activity of 5′-tetrachlorophthalimido and 5′-azido 5′-deoxyribonucleosides
  作者：Robert Van Ostrand、Casey Jacobsen、Alicia Delahunty、Carley Stringer、Ryan Noorbehesht、Haidi Ahmed、Ahmed M. Awad

  DOI：10.1080/15257770.2016.1250906

  日期：2017.3.4

  ABSTRACT Reported is an efficient synthesis of adenyl and uridyl 5′-tetrachlorophthalimido-5′-deoxyribonucleosides, and guanylyl 5′-azido-5′-deoxyribonucleosides, which are useful in solid-phase synthesis of phosphoramidate and ribonucleic guanidine oligonucleotides. Replacement of 5′-hydroxyl with tetrachlorophthalimido group was performed via Mitsunobu reaction for adenosine and uridine. An alternative

  摘要 报道了腺苷和尿苷基 5'-四氯邻苯二甲酰亚胺-5'-脱氧核糖核苷和鸟苷酰 5'-叠氮基-5'-脱氧核糖核苷的有效合成，可用于固相合成氨基磷酸酯和核糖核胍寡核苷酸。通过腺苷和尿苷的光信反应，用四氯邻苯二甲酰亚胺基团取代 5'-羟基。另一种方法用于鸟苷，用叠氮基取代 5'-羟基。将所得化合物转化为 5'-氨基-5'-脱氧核糖核苷用于寡核苷酸合成。合成中间体被测试为针对六种细菌菌株的抗微生物剂。所有含有 2',3'-O-异丙基保护基团的类似物均显示出对脑膜炎奈瑟菌的抗菌活性，
• Synthesis and evaluation of squaramide and thiosquaramide inhibitors of the DNA repair enzyme SNM1A
  作者：Mark Berney、William Doherty、Werner Theodor Jauslin、Manav T Manoj、Eva-Maria Dürr、Joanna Francelle McGouran

  DOI：10.1016/j.bmc.2021.116369

  日期：2021.9

  of developing SNM1A inhibitors, but the full potential of this enzyme as a drug target has yet to be explored. Herein, the synthesis of a family of squaramide- and thiosquaramide-bearing nucleoside derivatives and their evaluation as SNM1A inhibitors is reported. A gel electrophoresis assay was used to identify nucleoside derivatives bearing an N-hydroxysquaramide or squaric acid moiety at the 3’-position

  SNM1A 是一种锌依赖性核酸酶，参与从 DNA 中去除链间交联损伤。抑制链间交联修复酶如 SNM1A 是提高交联化疗药物疗效的有前途的策略。最初的研究已经证明了开发 SNM1A 抑制剂的可行性，但这种酶作为药物靶点的全部潜力还有待探索。在此，报道了带有方酸酰胺和硫代方酰胺的核苷衍生物家族的合成及其作为 SNM1A 抑制剂的评价。凝胶电泳分析用于鉴定在 3'-位带有N-羟基方酸酰胺或方酸部分的核苷衍生物，以及带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物，作为候选 SNM1A 抑制剂。定量IC50测定表明，带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物是最有效的抑制剂，其次是带有 3'-方酸的胸苷衍生物。进行紫外-可见滴定以评估（硫代）方酸酰胺与锌离子的结合，从而使抑制效力的顺序合理化。研究了活性抑制剂的膜渗透性，其中几种化合物显示出未来体内应用的前景。
• A low-temperature, photoinduced thiol–ene click reaction: a mild and efficient method for the synthesis of sugar-modified nucleosides
  作者：Miklós Bege、Ilona Bereczki、Mihály Herczeg、Máté Kicsák、Dániel Eszenyi、Pál Herczegh、Anikó Borbás

  DOI：10.1039/c7ob02184d

  日期：——

  Sugar-modified nucleosides are prime synthetic targets in anticancer and antiviral drug development. Radical mediated thiol–ene coupling was applied for the first time on nucleoside enofuranoside derivatives to produce a broad range of thio-substituted D-ribo, -arabino, -xylo and L-lyxo configured pyrimidine nucleosides. In contrast to the analogous reactions of simple sugar exomethylenes, surprisingly

  糖修饰的核苷是抗癌和抗病毒药物开发中的主要合成靶标。自由基介导的硫醇-烯耦合施加首次上核苷enofuranoside衍生物，以产生宽范围的硫取代d -核糖， -阿糖， -低聚木糖和大号- L-来苏构型的嘧啶核苷。与简单的糖外亚甲基的类似反应相反，令人惊讶的是，在各种引发方法的标准条件下，核苷烯烃的氢硫醇化显示出低至中等的产率和非常低的立体选择性。优化反应条件后，我们发现冷却反应混合物对转化率和立体选择性均具有显着的有益作用，并且紫外光引发的C 2' -，C 3'-和C 2的氢硫醇化反应在-80°C时，核苷的4'-异亚甲基衍生物的产率高至高，并且在大多数情况下，其非对映异构选择性极好。在温度之外，溶剂，核苷上的保护基以及在某些情况下硫醇的构型也影响添加的立体化学结果。异常大号- L-来苏非对映选择性当加入1-硫代β-观察d -gluco-和半乳糖衍生物到Ç 4'，5'-尿苷不饱和归因于之间的空间位失配d
• New catalysts and procedures for the dimethoxytritylation and selective silylation of ribonucleosides
  作者：Gholam H. Hakimelahi、Zbigniew A. Proba、Kelvin K. Ogilvie

  DOI：10.1139/v82-165

  日期：1982.5.1

  Procedures have been developed for the selective formation of (a) 2′,5′-silylated ribonucleosides and (b) 3′,5′-silylated ribonucleosides. These procedures also permit the selective silylation at either the 2′- or 3′-position of dimethoxytritylated ribonucleosides. The procedures involve nitrate or perchlorate ion catalysis for selective reaction at 2′-positions and a combination of silver ion and DABCO or 4-nitropyridine N-oxide for selective reaction at the 3′-position. During the course of this work a general and rapid procedure was developed for the preparation and isolation of the 5′-dimethoxytrityl derivatives of the four common ribonucleosides. Silver ion was found to have a marked effect on dimethoxytritylation reactions.

  已开发出用于选择性形成2′,5′-硅烷基化核糖核苷和3′,5′-硅烷基化核糖核苷的程序。这些程序还允许在二甲氧基三苯甲基化核糖核苷的2′-或3′-位置进行选择性硅烷基化。这些程序涉及硝酸盐或高氯酸盐离子催化，用于在2′-位置进行选择性反应，以及银离子和DABCO或4-硝基吡啶-N-氧化物的组合，用于在3′-位置进行选择性反应。在这项工作过程中，开发了一种用于制备和分离四种常见核糖核苷的5′-二甲氧基三苯甲基衍生物的通用和快速程序。发现银离子对二甲氧基三苯甲基化反应有显着影响。