(1R,5R,7R,8S)-8-hydroxy-5-hydroxymethyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane | 939017-18-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1R,5R,7R,8S)-8-hydroxy-5-hydroxymethyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
• 英文别名: 1-[(1R,5R,7R,8S)-8-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-6-oxa-2-azabicyclo[3.2.1]octan-7-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 939017-18-2
• 化学式: C₁₂H₁₇N₃O₅
• 分子量: 283.284
• InChiKey: HWANXAPJXCIMIH-UJYYTQATSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.7
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,5R,7R,8S)-8-hydroxy-5-hydroxymethyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 生成 8-(2-(cyanoethoxy(diisopropylamino)-phosphinoxy))-5-(4,4'-dimethoxy-trityloxymethyl)-2-trifluoroacetyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977
• 作为产物：
  描述：

  (1R,5R,7R,8S)-5-benzyloxymethyl-8-benzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane 在 palladium hydroxide - carbon ammonium formate 、 三氯化硼 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 15.0h， 以60%的产率得到(1R,5R,7R,8S)-8-hydroxy-5-hydroxymethyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977

文献信息

• WO2007/145593
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——
• Conformationally Constrained 2‘-<i>N</i>,4‘-<i>C</i>-Ethylene-Bridged Thymidine (Aza-ENA-T):  Synthesis, Structure, Physical, and Biochemical Studies of Aza-ENA-T-Modified Oligonucleotides
  作者：Oommen P. Varghese、Jharna Barman、Wimal Pathmasiri、Oleksandr Plashkevych、Dmytro Honcharenko、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/ja0634977

  日期：2006.11.1

  l-4'-cyanomethylene 11 to give a pair of 3',5'-bis-OBn-protected diastereomerically pure aza-ENA-Ts (12a and 12b) with the fused piperidino skeleton in the chair conformation, whereas the pentofuranosyl moiety is locked in the North-type conformation (7 degrees < P < 27 degrees, 44 degrees < phi m < 52 degrees). The origin of the chirality of two diastereomerically pure aza-ENA-Ts was found to be due

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸