(1aR,1bS,4aS,5aR)-1a-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-3-methoxy-hexahydro-2-oxa-cyclopropa[a]pentalen-4a-ol | 440114-91-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1aR,1bS,4aS,5aR)-1a-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-3-methoxy-hexahydro-2-oxa-cyclopropa[a]pentalen-4a-ol
• 英文别名: (1S,2R,4R,6S)-2-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-8-methoxy-9-oxatricyclo[4.3.0.02,4]nonan-6-ol
• CAS: 440114-91-0
• 化学式: C₁₅H₂₈O₄Si
• 分子量: 300.47
• InChiKey: DSFBBJBVZQWXKD-GMRBNDCZSA-N

物化性质

• 沸点：
  340.8±42.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.09±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.66
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  47.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1aR,1bS,4aS,5aR)-1a-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-3-methoxy-hexahydro-2-oxa-cyclopropa[a]pentalen-4a-ol 在 吡啶 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 sodium nitrite 作用下， 以 四氢呋喃 、 二甲基亚砜 、 乙腈 为溶剂， 反应 31.5h， 生成 (5'R)-N²-isobutyryl-9-[5'-O-(4,4'-dimethoxytriphenyl)methyl-2'-deoxy-3'-C,5'-C-[(5'-C,6'-C-methano)ethano]-β-D-ribofuranosyl]guanine
  参考文献：
  名称：

  三环 DNA 的 Watson-Crick 碱基配对特性

  摘要：

  三环-DNA 属于构象受限的寡脱氧核苷酸类似物家族。它在结构上与 DNA 的不同之处在于核苷中心 C(3') 和 C(5') 之间的额外亚乙基桥，环丙烷单元融合到该亚乙基桥上以进一步增强结构刚性。描述了迄今为止未知的包含碱基胞嘧啶和鸟嘌呤的三环脱氧核苷以及相应的亚磷酰胺结构单元的合成，以及通过 X 射线分析对α-和β-三环脱氧核苷代表的结构描述。所有四种碱基的三环脱氧核苷结构单元都用于合成完全修饰的混合碱基寡核苷酸。他们的 Watson-Crick 配对特性与互补的 DNA、RNA、并通过紫外熔解曲线、CD 光谱和分子模型对其进行了研究。发现三环 DNA 是一种非常稳定的 Watson-Crick 碱基配对系统。十聚体 tcd(pcgtgacagtt) 和 tcd(paactgtcacg) 的 UV 熔解曲线分析表明热稳定性增加，高达 DeltaT(m)/mod。= +1.2 摄氏度（具有互补

  DOI：

  10.1021/ja025569+
• 作为产物：
  描述：

  (1S,3RS,5S)-5-hydroxy-3-methoxy-2-oxabicyclo[3.3.0]octan-8-one 在 zinc-silver couple 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 反应 6.75h， 生成 (1aR,1bS,4aS,5aR)-1a-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-3-methoxy-hexahydro-2-oxa-cyclopropa[a]pentalen-4a-ol
  参考文献：
  名称：

  在糖磷酸骨架“ Tricyclo-DNA”中具有限制性构象灵活性的核酸类似物。部分1的制备[（5' - [R，6' - [R）-2'-脱氧-3'，5'-亚乙基-5'，6'-甲基- β-d-D-呋喃核糖基]胸腺嘧啶和腺嘌呤，和用于寡核苷酸合成的相应亚磷酰胺†

  摘要：

  描述了用于寡核苷酸合成的三环-脱氧核苷类似物1和2以及相应的氰乙基亚磷酰胺结构单元16和21的合成。这些三环脱氧核苷类似物与新近引入的双环脱氧核苷的区别在于，一个附加的环丙烷单元连接到后者的中心C（5'）和C（6'）（参见图1），因此代表该环的另一个成员。一类具有约束构象灵活性的核苷类似物。三环脱氧核苷的合成通过非对映选择性卡宾除了对映异构纯的甲硅烷基烯醇任一实现8 / 9和一个Vorbrüggen三环碳水化合物单元的缩合10 / 11与在原位全硅烷化胸腺嘧啶和Ñ 6苯甲酰基腺嘌呤。叔OHC（5'）的选择性三苯甲基化和OHC（3'）的1和2的膦酰化得到相应的亚磷酰胺16和21。通过1 H-NMR-NOE光谱学证实了新引入的环丙烷环的“ exo ”-构型。核苷类似物1和14（2和19的C（1'）处的α-D和β-D构型，分别通过1 H-NMR-NOE光谱和NOESY进行分配。建模研究β-d-异

  DOI：

  10.1002/hlca.19970800812

文献信息

• Compounds and oligomeric compounds comprising novel nucleobases
  申请人：——

  公开号：US20040033973A1

  公开（公告）日：2004-02-19

  The present invention relates to nucleoside compositions comprising novel nucleobases and oligomeric compounds comprising at least one such nucleoside. These oligomeric compounds typically have enhanced binding affinity properties compared to oligomeric compounds without the modification. The oligomeric compounds are useful, for example, for investigative and therapeutic purposes.

  本发明涉及包含新型核碱基的核苷酸组合物以及包含至少一种此类核苷酸的寡聚合物化合物。这些寡聚合物化合物通常具有比没有这种修饰的寡聚合物化合物更强的结合亲和性能。这些寡聚合物化合物可用于调查和治疗等用途。
• [EN] TRICYCLO-DNA NUCLEOSIDE PRECURSORS AND PROCESSES FOR PREPARING THE SAME<br/>[FR] PRÉCURSEURS NUCLÉOSIDIQUES TRICYCLO-ADN ET PROCÉDÉS DE PRÉPARATION ASSOCIÉS
  申请人：SYNTHENA AG

  公开号：WO2019142135A1

  公开（公告）日：2019-07-25

  The present invention relates to a process for preparing tc-DNA nucleoside precursors, the resulting tc-DNA nucleosides, and oligonucleotides comprising such tc-DNA nucleosides. In an embodiment of the invention, the process includes use of a carbene precursor. In an embodiment, the invention includes processes for preparing a tc-DNA nucleoside precursor of Formula (I), Formula (II), Formula (III), Formula (IV), Formula (V) or Formula (VI).

  本发明涉及一种制备tc-DNA核苷前体的过程，所得的tc-DNA核苷，以及包含这种tc-DNA核苷的寡核苷酸。在本发明的一个实施例中，该过程包括使用碳烯前体。在一种实施例中，该发明包括制备公式(I)、公式(II)、公式(III)、公式(IV)、公式(V)或公式(VI)的tc-DNA核苷前体的过程。
• [EN] TRICYCLIC NUCLEOSIDES AND OLIGOMERIC COMPOUNDS PREPARED THEREFROM<br/>[FR] NUCLÉOSIDES TRICYCLIQUES ET COMPOSÉS OLIGOMÈRES PRÉPARÉS À PARTIR DE CEUX-CI
  申请人：UNIVERSITÄT BERN

  公开号：WO2014140348A1

  公开（公告）日：2014-09-18

  The present invention provides fluorine substituted tricyclic nucleosides of formula (I) wherein: the substituents are as defined in the claims. The present invention further provides oligomeric compounds prepared therefrom. Incorporation of one or more of the tricyclic nucleosides into an oligomeric compound enhances one or more properties of the oligomeric compound. Such oligomeric compounds can also be included in double stranded compositions.

  本发明提供了式（I）的氟取代三环核苷，其中：取代基如权利要求中所定义。本发明还提供了由此制备的寡聚化合物。将一种或多种三环核苷并入寡聚化合物中，可以增强该寡聚化合物的一个或多个性质。这种寡聚化合物也可以包含在双链组合物中。
• Synthesis and Pairing Properties of α-Tricyclo-DNA
  作者：Simon P. Scheidegger、Christian J. Leumann

  DOI：10.1002/chem.200600597

  日期：2006.10.25

  base-pairing properties with complementary parallel and antiparallel oriented DNA and RNA were studied by UV-melting analysis and CD spectroscopy. We found that alpha-tc-DNA binds preferentially to parallel nucleic acid complements through Watson-Crick duplex formation, with a preference for RNA over DNA. In comparison with natural DNA, alpha-tc-DNA shows equal to enhanced affinity to RNA and also pairs to antiparallel

  我们描述了从已知的相应的α-tc-核苷开始的覆盖所有四个天然碱基的α-三环-DNA（α-tc-DNA）的亚磷酰胺结构单元的合成。这些构件用于制备代表高嘌呤，高嘧啶和嘌呤/嘧啶混合碱基序列的三个α-tc-寡核苷酸10聚体。通过紫外熔融分析和CD光谱研究了具有互补的平行和反平行取向的DNA和RNA的碱基配对特性。我们发现，α-tc-DNA优先通过Watson-Crick双链体形成与平行核酸补体结合，相对于DNA而言，RNA优先。与天然DNA相比，α-tc-DNA与RNA的亲和力增强，并且与反平行DNA或RNA互补序列成对存在，尽管亲和力要低得多。在混合碱基序列中，这些反平行双链体是反向的Watson-Crick类型，而在高嘌呤/高嘧啶序列中，观察到Hoogsteen和/或反向Hoogsteen配对。还观察到两个α-tc-寡核苷酸的反平行双链体形成，尽管该双链体的热稳定性出奇地低。在α-DNA，
• 2′-Fluorination of Tricyclo-DNA Controls Furanose Conformation and Increases RNA Affinity
  作者：Alena Istrate、Michal Medvecky、Christian J. Leumann

  DOI：10.1021/acs.orglett.5b00662

  日期：2015.4.17

  The synthesis of 2'-fluoro tricyclo-DNA pyrimidine nucleosides with fluorine in the ribo-configuration and their incorporation into oligodeoxynucleotides was accomplished. Unlike the parent tc-T nucleoside, the 2'F-RNA-tc-T unit occurs in the 2'-exo conformation in the crystal. Specifically, F-RNA-tc-T was found to stabilize duplexes with RNA by +2 to +4 degrees C in T-m/mod. F-RNA-tc-nucleosides mix well with the DNA backbone and thus open up possibilities of using shorter and mixed-(DNA/tc-DNA) backbone oligonucleotides for therapeutic applications.