N-[9-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-[bis(dimethylamino)phosphanyloxymethyl]-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]purin-6-yl]benzamide | 1053636-18-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N-[9-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-[bis(dimethylamino)phosphanyloxymethyl]-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 1053636-18-2
• 化学式: C₂₂H₂₈N₇O₅P
• 分子量: 501.482
• InChiKey: DDMKTCUBHLCBRM-UVLLPENVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.9
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[9-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-[bis(dimethylamino)phosphanyloxymethyl]-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]purin-6-yl]benzamide 在 四氮唑 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 49.0h， 生成 [(3aR,4R,6R,6aR)-4-(6-benzamidopurin-9-yl)-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methyl [(2R,3R,4R,5R)-4-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-5-(methoxymethyl)oxolan-3-yl] [(2R,3R,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-methoxy-2-(methoxymethyl)oxolan-3-yl] phosphite
  参考文献：
  名称：

  2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基2'，5'-二-O-甲基脲3'-基5'-O-甲基脲-3'（2'）-磷酸基的水解稳定性：对在生理条件下存在磷酸盐支链RNA的可行性的影响。

  摘要：

  2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基2'，5'-二-O-甲基缩醛-3'-基5'-O-甲基缩醛-3'（2'）-磷酸酯的水解反应（ 1a，b）之后是在宽pH范围内进行RP-HPLC，以评估在生理条件下发生磷酸盐分支的RNA的可行性。在pH <2时，在[H3O +]中一级分解，P-O5'键的断裂速度是P-O3'键的1.5倍。在这些条件下，该反应可能是由于2'-OH对磷酸三酯单阳离子的攻击而进行的。在从pH 2到5的相对较宽的范围内，水解是pH无关的，是指攻击的2'-OH快速初始去质子化，然后由普通酸催化离去的核苷离去。P-O5'键的断裂速度是P-O3'的3倍 键。在pH 6时，反应在[HO-]中变为一级，这与2'-氧阴离子对中性磷酸酯的攻击一致。产物的分布逐渐相反：在10 mmol L（-1）氢氧化钠水溶液中，P-O3'键的裂解比P-O5'的裂解作用高7.3倍。本研究的结果表明，在生理条件下裂解的半衰期仅为100

  DOI：

  10.1039/b500054h
• 作为产物：
  描述：

  三(二甲胺基)膦 、 N⁶-benzoyl-2',3'-O-methyleneadenosine 在 四氮唑 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 3.67h， 生成 N-[9-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-[bis(dimethylamino)phosphanyloxymethyl]-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]purin-6-yl]benzamide
  参考文献：
  名称：

  2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基2'，5'-二-O-甲基脲3'-基5'-O-甲基脲-3'（2'）-磷酸基的水解稳定性：对在生理条件下存在磷酸盐支链RNA的可行性的影响。

  摘要：

  2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基2'，5'-二-O-甲基缩醛-3'-基5'-O-甲基缩醛-3'（2'）-磷酸酯的水解反应（ 1a，b）之后是在宽pH范围内进行RP-HPLC，以评估在生理条件下发生磷酸盐分支的RNA的可行性。在pH <2时，在[H3O +]中一级分解，P-O5'键的断裂速度是P-O3'键的1.5倍。在这些条件下，该反应可能是由于2'-OH对磷酸三酯单阳离子的攻击而进行的。在从pH 2到5的相对较宽的范围内，水解是pH无关的，是指攻击的2'-OH快速初始去质子化，然后由普通酸催化离去的核苷离去。P-O5'键的断裂速度是P-O3'的3倍 键。在pH 6时，反应在[HO-]中变为一级，这与2'-氧阴离子对中性磷酸酯的攻击一致。产物的分布逐渐相反：在10 mmol L（-1）氢氧化钠水溶液中，P-O3'键的裂解比P-O5'的裂解作用高7.3倍。本研究的结果表明，在生理条件下裂解的半衰期仅为100

  DOI：

  10.1039/b500054h

文献信息

• Hydrolysis of 2',3'-<i>O</i>-Methyleneadenosin-5'-yl Bis-5'-<i>O</i>-Methyluridin-3'-yl Phosphate:  The 2'-Hydroxy Group Stabilizes the Phosphorane Intermediate, Not the Departing 3'-Oxyanion, by Hydrogen Bonding
  作者：Tuomas Lönnberg、Jonna Korhonen

  DOI：10.1021/ja050325l

  日期：2005.6.1

  and cleavage of the P-O3' bond starts to predominate, accounting for 89% of the overall hydrolysis in 10 mmol L(-)(1) aqueous sodium hydroxide. Under alkaline conditions, the 2'-OH group facilitates the cleavage of 1 by a factor of 27 compared to the 2'-OMe counterpart, the influence on the P-O3' and P-O5' bond cleavage being equal. Accordingly, the 2'-hydroxy group stabilizes the phosphorane intermediate

  2',3'-O-亚甲基腺苷-5'-基双-5'-O-甲基尿苷-3'-基磷酸酯 (1a) 的水解反应已通过 RP HPLC 在很宽的 pH 范围内进行跟踪，以阐明其作用2'-OH 基团作为分子间氢键供体促进 1a 的裂解。在 pH < 2 时，1 的分解是水合氢离子浓度的一级分解，P-O5' 和 P-O3' 键同样快速地断裂。在从 pH 2 到 4 的较宽范围内，水解不依赖于 pH，P-O5' 键的裂解速度是 P-O3' 键的 1.6 倍。在 pH 值为 6 时，反应在氢氧根离子浓度中变为一级反应，并且 P-O3' 键的裂解开始占主导地位，占 10 mmol L(-)(1) 氢氧化钠水溶液中总水解的 89%。在碱性条件下，2' 与 2'-OMe 对应物相比，-OH 基团促进 1 的裂解 27 倍，对 P-O3' 和 P-O5' 键裂解的影响是相等的。因此，2'-羟基通过氢键稳定正膦中间体，而不是分离的3'-氧阴离子。
• Phosphorane intermediate vs. leaving group stabilization by intramolecular hydrogen bonding in the cleavage of trinucleoside monophosphates: implications for understanding catalysis by the large ribozymes
  作者：Tuomas Lönnberg、Maarit Laine

  DOI：10.1039/b912042d

  日期：——

  Hydrolysis of 2′,3′-O-methyleneadenosin-5′-yl 5′-O-methyluridin-2′-yl 5′-O-methyl-2′-trifluoroacetamido-2′-deoxyuridin-3′-yl phosphate (1b) has been followed by HPLC over a wide pH range to study the effects of potential hydrogen bonding interactions of the 2′-trifluoroacetamido function on the rate and product distribution of the reaction. At pH < 2, decomposition of 1b (and its 3′,3′,5′-isomer 1a) is first-order in hydronium-ion concentration and cleavage of the P–O3′ bond of the 2′-trifluoroacetamido-modified nucleoside is slightly favored over cleavage of the P–O5′ bond. Between pH 2 and 4, the overall hydrolysis is pH-independent and the P–O3′ and P–O5′ bonds are cleaved at comparable rates. At pH 5, the reaction becomes first-order in hydroxide-ion concentration, with P–O3′ bond cleavage predominating. At 10 mmol L−1 aqueous sodium hydroxide, no P–O5′ bond cleavage is observed. Compared to the 2′-OH counterpart 2, a modest rate enhancement is observed over the entire pH range studied. The absence of P–O5′ fission under alkaline conditions suggests hydrogen bond stabilization of the departing 3′-oxyanion by the neighboring 2′-trifluoroacetamido function.

  2',3'-O-亚甲基腺苷-5'-基 5'-O-甲基尿苷-2'-基 5'-O-甲基-2'-三氟乙酰氨基-2'-脱氧尿苷-3'-基磷酸酯的水解 ( 1b) 在较宽的 pH 范围内采用 HPLC 进行跟踪，以研究 2'-三氟乙酰胺基官能团的潜在氢键相互作用对反应速率和产物分布的影响。在 pH < 2 时，1b（及其 3',3',5'-异构体 1a）的分解在水合氢离子浓度和 2'-三氟乙酰胺修饰核苷的 P–O3' 键裂解方面呈一级分解比 P-O5' 键的裂解稍微有利。在 pH 2 和 4 之间，整体水解与 pH 无关，并且 P-O3' 和 P-O5' 键以相当的速率裂解。在 pH 5 时，氢氧根离子浓度为一级反应，其中 P-O3′ 键断裂占主导地位。在 10 mmol L−1 氢氧化钠水溶液中，没有观察到 P–O5' 键断裂。与 2'-OH 对应物 2 相比，在研究的整个 pH 范围内观察到速率适度增强。碱性条件下不存在 P-O5' 裂变，表明离去的 3'-氧阴离子通过邻近的 2'-三氟乙酰胺基官能团实现氢键稳定。
• Hydrolytic stability of 2′,3′-O-methyleneadenos-5′-yl 2′,5′-di-O-methylurid-3′-yl 5′-O-methylurid-3′(2′)-yl phosphate: implications to feasibility of existence of phosphate-branched RNA under physiological conditions
  作者：Tuomas Lönnberg、Johanna Kiiski、Satu Mikkola

  DOI：10.1039/b500054h

  日期：——

  b) have been followed by RP-HPLC over a wide pH range to evaluate the feasibility of occurrence of phosphate-branched RNA under physiological conditions. At pH <2, where the decomposition of is first order in [H3O+], the P-O5' bond is cleaved 1.5 times as rapidly as the P-O3' bond. Under these conditions, the reaction probably proceeds by an attack of the 2'-OH on the phosphotriester monocation. Over

  2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基2'，5'-二-O-甲基缩醛-3'-基5'-O-甲基缩醛-3'（2'）-磷酸酯的水解反应（ 1a，b）之后是在宽pH范围内进行RP-HPLC，以评估在生理条件下发生磷酸盐分支的RNA的可行性。在pH <2时，在[H3O +]中一级分解，P-O5'键的断裂速度是P-O3'键的1.5倍。在这些条件下，该反应可能是由于2'-OH对磷酸三酯单阳离子的攻击而进行的。在从pH 2到5的相对较宽的范围内，水解是pH无关的，是指攻击的2'-OH快速初始去质子化，然后由普通酸催化离去的核苷离去。P-O5'键的断裂速度是P-O3'的3倍 键。在pH 6时，反应在[HO-]中变为一级，这与2'-氧阴离子对中性磷酸酯的攻击一致。产物的分布逐渐相反：在10 mmol L（-1）氢氧化钠水溶液中，P-O3'键的裂解比P-O5'的裂解作用高7.3倍。本研究的结果表明，在生理条件下裂解的半衰期仅为100