N⁶-benzoyl-2',3'-O-methyleneadenosine | 139434-75-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N⁶-benzoyl-2',3'-O-methyleneadenosine
• 英文别名: N6-benzoyl-2',3'-O-methyleneadenosine；N-[9-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-(hydroxymethyl)-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 139434-75-6
• 化学式: C₁₈H₁₇N₅O₅
• 分子量: 383.363
• InChiKey: KPJDVNWVDGTCMV-XWXWGSFUSA-N

物化性质

• 密度：
  1.71±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.4
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁶-benzoyl-2',3'-O-methyleneadenosine 在 四氮唑 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 28.67h， 生成 Dimethyl-phosphoramidous acid (3aR,4R,6R,6aR)-6-(6-benzoylamino-purin-9-yl)-tetrahydro-furo[3,4-d][1,3]dioxol-4-ylmethyl ester (2R,3R,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-methoxy-2-methoxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl ester
  参考文献：
  名称：

  2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基2'，5'-二-O-甲基脲3'-基5'-O-甲基脲-3'（2'）-磷酸基的水解稳定性：对在生理条件下存在磷酸盐支链RNA的可行性的影响。

  摘要：

  2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基2'，5'-二-O-甲基缩醛-3'-基5'-O-甲基缩醛-3'（2'）-磷酸酯的水解反应（ 1a，b）之后是在宽pH范围内进行RP-HPLC，以评估在生理条件下发生磷酸盐分支的RNA的可行性。在pH <2时，在[H3O +]中一级分解，P-O5'键的断裂速度是P-O3'键的1.5倍。在这些条件下，该反应可能是由于2'-OH对磷酸三酯单阳离子的攻击而进行的。在从pH 2到5的相对较宽的范围内，水解是pH无关的，是指攻击的2'-OH快速初始去质子化，然后由普通酸催化离去的核苷离去。P-O5'键的断裂速度是P-O3'的3倍 键。在pH 6时，反应在[HO-]中变为一级，这与2'-氧阴离子对中性磷酸酯的攻击一致。产物的分布逐渐相反：在10 mmol L（-1）氢氧化钠水溶液中，P-O3'键的裂解比P-O5'的裂解作用高7.3倍。本研究的结果表明，在生理条件下裂解的半衰期仅为100

  DOI：

  10.1039/b500054h
• 作为产物：
  描述：

  苯甲酰氯 、 2',3'-O-methylidenadenosine 在 吡啶 、 三甲基氯硅烷 、 氨 作用下， 以 水 为溶剂， 以83%的产率得到N⁶-benzoyl-2',3'-O-methyleneadenosine
  参考文献：
  名称：

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯，糖O-烷基化三核苷3'，3'，5的水解'-单磷酸盐：对大核酶机制的影响。

  摘要：

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯（1）的水解反应，糖O-烷基化三核苷3'， 3'，5'-单磷酸酯，随后在宽pH范围内进行RP HPLC分析。在中性和弱酸性条件下，观察到的唯一反应是5'-连接核苷的O-C5'键的pH依赖性裂解。在更碱性的条件下，氢氧根离子的亲核攻击开始竞争。该反应是一级反应中[OH - ]，且在pH 10。每个3'-连接的核苷的主要被移位的2.9倍那样容易作为5'-连接的一个。为了确定β LG1的氢氧根离子催化水解的值，具有2'，3'- O-亚甲基腺苷（7）和2'，5'- di - O-甲基尿苷（4）的两个二酯（2a，b）被水解在碱性条件下。由于β LG用于此反应的值是已知的，Δ p ķ一个之间4和7可以计算。的β LG为水解1使用此信息，估计为-0.5。讨论了大核酶的部分反应机理和离去基团性质在核酶反应中的作用。

  DOI：

  10.1021/jo035094k

文献信息

• Hydrolysis of 2',3'-<i>O</i>-Methyleneadenosin-5'-yl Bis-5'-<i>O</i>-Methyluridin-3'-yl Phosphate:  The 2'-Hydroxy Group Stabilizes the Phosphorane Intermediate, Not the Departing 3'-Oxyanion, by Hydrogen Bonding
  作者：Tuomas Lönnberg、Jonna Korhonen

  DOI：10.1021/ja050325l

  日期：2005.6.1

  and cleavage of the P-O3' bond starts to predominate, accounting for 89% of the overall hydrolysis in 10 mmol L(-)(1) aqueous sodium hydroxide. Under alkaline conditions, the 2'-OH group facilitates the cleavage of 1 by a factor of 27 compared to the 2'-OMe counterpart, the influence on the P-O3' and P-O5' bond cleavage being equal. Accordingly, the 2'-hydroxy group stabilizes the phosphorane intermediate

  2',3'-O-亚甲基腺苷-5'-基双-5'-O-甲基尿苷-3'-基磷酸酯 (1a) 的水解反应已通过 RP HPLC 在很宽的 pH 范围内进行跟踪，以阐明其作用2'-OH 基团作为分子间氢键供体促进 1a 的裂解。在 pH < 2 时，1 的分解是水合氢离子浓度的一级分解，P-O5' 和 P-O3' 键同样快速地断裂。在从 pH 2 到 4 的较宽范围内，水解不依赖于 pH，P-O5' 键的裂解速度是 P-O3' 键的 1.6 倍。在 pH 值为 6 时，反应在氢氧根离子浓度中变为一级反应，并且 P-O3' 键的裂解开始占主导地位，占 10 mmol L(-)(1) 氢氧化钠水溶液中总水解的 89%。在碱性条件下，2' 与 2'-OMe 对应物相比，-OH 基团促进 1 的裂解 27 倍，对 P-O3' 和 P-O5' 键裂解的影响是相等的。因此，2'-羟基通过氢键稳定正膦中间体，而不是分离的3'-氧阴离子。
• Thio Effects on the Departure of the 3′-Linked Ribonucleoside from Diribonucleoside 3′,3′-Phosphorodithioate Diesters and Triribonucleoside 3′,3′,5′-Phosphoromonothioate Triesters: Implications for Ribozyme Catalysis
  作者：Tuomas Lönnberg、Mikko Ora、Sami Virtanen、Harri Lönnberg

  DOI：10.1002/chem.200601835

  日期：2007.5.25

  mixture of 3',3'- and 3',5'-diesters, and isomerized to 2',3',5'- and 2',2',5'-triesters. With phosphorodithioate diesters 2 a,b, hydroxide-ion-catalyzed cleavage of the P--O3' bond is the only reaction detected at pH >6, but under more acidic conditions desulfurization starts to compete with the cleavage. The 3',3'-diesters do not undergo isomerization. The hydroxide-ion-catalyzed cleavage reaction

  为机械解释大核酶的硫效应提供坚实的化学基础，已研究了三核糖核苷3'，3'，5'-单硫代磷酸三酯和二核糖核苷3'，3'-二硫代磷酸二酯的裂解。为阐明离去的3'-连接核苷的相邻羟基的作用，水解2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基双[5'-O-甲基尿素-3'-基]磷酸一硫代磷酸酯（将1a）与水解2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基5'-O-甲基尿素-3'-基2'，5'-二-O-甲基尿素-3'-进行了比较磷酸一硫代磷酸酯（1 b）和双[uridin-3'-yl]二硫代磷酸酯（2 a）水解为uridin-3'-yl 2'，5'-di-O-methyluridin-3'的水解 二硫代磷酸正酯（2 b）。在宽pH范围内通过RP HPLC跟踪反应。单硫代磷酸酯三酯1a，b经历两个竞争反应：将起始原料裂解为3'，3'-和3'，5'-二酯的混合物，并异构化为2'，3'，5'-和2 '，2'，5'-三酸酯。对于二硫代磷酸二酯2a，b，在pH>
• Phosphorane intermediate vs. leaving group stabilization by intramolecular hydrogen bonding in the cleavage of trinucleoside monophosphates: implications for understanding catalysis by the large ribozymes
  作者：Tuomas Lönnberg、Maarit Laine

  DOI：10.1039/b912042d

  日期：——

  Hydrolysis of 2′,3′-O-methyleneadenosin-5′-yl 5′-O-methyluridin-2′-yl 5′-O-methyl-2′-trifluoroacetamido-2′-deoxyuridin-3′-yl phosphate (1b) has been followed by HPLC over a wide pH range to study the effects of potential hydrogen bonding interactions of the 2′-trifluoroacetamido function on the rate and product distribution of the reaction. At pH < 2, decomposition of 1b (and its 3′,3′,5′-isomer 1a) is first-order in hydronium-ion concentration and cleavage of the P–O3′ bond of the 2′-trifluoroacetamido-modified nucleoside is slightly favored over cleavage of the P–O5′ bond. Between pH 2 and 4, the overall hydrolysis is pH-independent and the P–O3′ and P–O5′ bonds are cleaved at comparable rates. At pH 5, the reaction becomes first-order in hydroxide-ion concentration, with P–O3′ bond cleavage predominating. At 10 mmol L−1 aqueous sodium hydroxide, no P–O5′ bond cleavage is observed. Compared to the 2′-OH counterpart 2, a modest rate enhancement is observed over the entire pH range studied. The absence of P–O5′ fission under alkaline conditions suggests hydrogen bond stabilization of the departing 3′-oxyanion by the neighboring 2′-trifluoroacetamido function.

  2',3'-O-亚甲基腺苷-5'-基 5'-O-甲基尿苷-2'-基 5'-O-甲基-2'-三氟乙酰氨基-2'-脱氧尿苷-3'-基磷酸酯的水解 ( 1b) 在较宽的 pH 范围内采用 HPLC 进行跟踪，以研究 2'-三氟乙酰胺基官能团的潜在氢键相互作用对反应速率和产物分布的影响。在 pH < 2 时，1b（及其 3',3',5'-异构体 1a）的分解在水合氢离子浓度和 2'-三氟乙酰胺修饰核苷的 P–O3' 键裂解方面呈一级分解比 P-O5' 键的裂解稍微有利。在 pH 2 和 4 之间，整体水解与 pH 无关，并且 P-O3' 和 P-O5' 键以相当的速率裂解。在 pH 5 时，氢氧根离子浓度为一级反应，其中 P-O3′ 键断裂占主导地位。在 10 mmol L−1 氢氧化钠水溶液中，没有观察到 P–O5' 键断裂。与 2'-OH 对应物 2 相比，在研究的整个 pH 范围内观察到速率适度增强。碱性条件下不存在 P-O5' 裂变，表明离去的 3'-氧阴离子通过邻近的 2'-三氟乙酰胺基官能团实现氢键稳定。