6-羧基-X-罗丹明 N-琥珀酯 | 216699-36-4

• 物质功能分类: 生物化工 - 生化试剂 - 荧光成像
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并吡喃
• 中文名称: 6-羧基-X-罗丹明 N-琥珀酯
• 中文别名: 6-羧基-X-罗丹明琥珀酰亚胺酯；6-羧基-X-罗丹明N-琥珀酯
• 英文名称: 6-carboxy-X-rhodamine N-succinimidyl ester
• 英文别名: ROX-NHS ester；ROX；ROX NHS ester；4-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxycarbonyl-2-(3-oxa-23-aza-9-azoniaheptacyclo[17.7.1.15,9.02,17.04,15.023,27.013,28]octacosa-1(27),2(17),4,9(28),13,15,18-heptaen-16-yl)benzoate
• CAS: 216699-36-4
• 化学式: C₃₇H₃₃N₃O₇
• 分子量: 631.685
• InChiKey: KWADUASJUMATIK-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 溶解度：
  在DMF中可溶

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.9
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  9.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  8

安全信息

• 危险品标志：
  Xi
• 安全说明：
  S26,S36
• 危险类别码：
  R36/37/38
• WGK Germany：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-羧基-X-罗丹明 N-琥珀酯 在 4-二甲氨基吡啶 、 碳酸氢钠 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Hydroxymethyl linkers for labeling nucleotides

  摘要：

  本发明提供了用于确定核苷酸序列中核酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、装置和系统，例如使用由合成测序方法获得的数据。本发明的方法包括纠正在核苷酸测序过程中遇到的一个或多个现象，例如使用合成测序方法。这些现象包括但不限于序列引导、序列滞后、光谱串扰以及由照明和/或滤光片响应变化引起的噪声。

  公开号：

  US09322050B2
• 作为产物：
  描述：

  7-(t-butyldimethylsilyloxy)-1,2,3,4-tetrahydroquinoline 在 吡啶 、 氢氟酸 作用下， 以 水 、 1,2-二氯乙烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 20.0h， 生成 6-羧基-X-罗丹明 N-琥珀酯 、 、
  参考文献：
  名称：

  用于活细胞标记的羟基化荧光染料：合成，光谱和超分辨率STED。

  摘要：

  制备了最大吸收在530-640 nm范围内的羟化罗丹明，卡比吡咯胺，硅基和锗烷若丹明，并将其用于活细胞的特异性标记。直接和高产率地进入菌种和硅黄原酮可以耐受受保护的杂原子的存在，并且可以考虑合成各种甲硅烷基和菌种荧光素以及-rhodols。在刺激发射耗尽（STED）荧光显微镜中的应用揭示了波形蛋白-HaloTag融合蛋白和天然微管蛋白的一色和二色成像分辨率为50-75 nm。建立的结构-性质关系允许使用简单的加成方案预测若丹明，碳，硅和锗酸若丹明的新类似物的光谱性质和螺内酯/两性离子平衡的位置。

  DOI：

  10.1002/chem.201701216

文献信息

• [EN] NUCLEOTIDE DERIVATIVES AND METHODS OF USE THEREOF<br/>[FR] DÉRIVÉS NUCLÉOTIDIQUES ET LEURS MÉTHODES D'UTILISATION
  申请人：UNIV COLUMBIA

  公开号：WO2017205336A1

  公开（公告）日：2017-11-30

  Disclosed herein, inter alia, are compounds, compositions, and methods of thereof in the sequencing a nucleic acid.

  本公开的内容包括化合物、组合物以及在核酸测序中的方法。
• Resonance Energy Transfer-Amplifying Fluorescence Quenching at the Surface of Silica Nanoparticles toward Ultrasensitive Detection of TNT
  作者：Daming Gao、Zhenyang Wang、Bianhua Liu、Lin Ni、Minghong Wu、Zhongping Zhang

  DOI：10.1021/ac8014356

  日期：2008.11.15

  This paper reports a resonance energy transfer-amplifying fluorescence quenching at the surface of silica nanoparticles for the ultrasensitive detection of 2,4,6-trinitrotoluene (TNT) in solution and vapor environments. Fluorescence dye and organic amine were covalently modified onto the surface of silica nanoparticles to form a hybrid monolayer of dye fluorophores and amine ligands. The fluorescent silica particles can specifically bind TNT species by the charge-transfer complexing interaction between electron-rich amine ligands and electron-deficient aromatic rings. The resultant TNT−amine complexes bound at the silica surface can strongly suppress the fluorescence emission of the chosen dye by the fluorescence resonance energy transfer (FRET) from dye donor to the irradiative TNT−amine acceptor through intermolecular polar−polar interactions at spatial proximity. The quenching efficiency of the hybrid nanoparticles with TNT is greatly amplified by at least 10-fold that of the corresponding pure dye. The nanoparticle-assembled arrays on silicon wafer can sensitively detect down to ∼1 nM TNT with the use of only 10 μL of solution (∼2 pg TNT) and several ppb of TNT vapor in air. The simple FRET-based nanoparticle sensors reported here exhibit a high and stable fluorescence brightness, strong analyte affinity, and good assembly flexibility and can thus find many applications in the detection of ultratrace analytes.

  本文报道了二氧化硅纳米颗粒表面的共振能量转移放大荧光猝灭，用于溶液和蒸汽环境中 2,4,6-三硝基甲苯 (TNT) 的超灵敏检测。荧光染料和有机胺被共价修饰到二氧化硅纳米颗粒的表面，形成染料荧光团和胺配体的混合单层。荧光二氧化硅颗粒可以通过富电子胺配体和缺电子芳环之间的电荷转移络合相互作用特异性结合TNT物质。由此产生的 TNT-胺复合物结合在二氧化硅表面，可以通过空间邻近的分子间极性相互作用，通过从染料供体到辐射性 TNT-胺受体的荧光共振能量转移（FRET），强烈抑制所选染料的荧光发射。与 TNT 混合的纳米颗粒的猝灭效率比相应的纯染料大大提高了至少 10 倍。硅晶片上的纳米粒子组装阵列只需使用 10 μL 溶液（∼2 pg TNT）和空气中数 ppb 的 TNT 蒸气即可灵敏地检测低至 ∼1 nM TNT。本文报道的简单的基于 FRET 的纳米颗粒传感器表现出高且稳定的荧光亮度、强分析物亲和力和良好的组装灵活性，因此可以在超痕量分析物的检测中找到许多应用。
• Cucurbit[7]uril-conjugated dyes as live cell imaging probes: investigation on their cellular uptake and excretion pathways
  作者：Meng Li、Ara Lee、Sungwan Kim、Annadka Shrinidhi、Kyeng Min Park、Kimoon Kim

  DOI：10.1039/c9ob00356h

  日期：——

  The potential of cucurbit[7]uril derivatives as live cell imaging probes is demonstrated by investigating the intracellular uptake and excretion of dye-conjugated cucurbit[7]uril derivatives.

  通过研究染料共轭的西瓜环[7]葫芦衍生物的细胞内摄取和排泄，证明了西瓜环[7]葫芦衍生物作为活细胞成像探针的潜力。
• [EN] SYNTHESIS OF FOUR COLOR 3'-O-ALLYL MODIFIED PHOTOCLEAVABLE FLUORESCENT NUCLEOTIDES AND RELATED METHODS<br/>[FR] SYNTHESE DE NUCLEOTIDES FLUORESCENTS PHOTOCLIVABLES A MODIFICATION 3'-O-ALLYL EN QUADRICHROMIE ET PROCEDES ASSOCIES
  申请人：UNIV COLUMBIA

  公开号：WO2007053702A3

  公开（公告）日：2008-01-24
• [EN] METHOD OF SEQUENCING L-POLYNUCLEOTIDE<br/>[FR] PROCÉDÉ DE SÉQUENÇAGE DE L-POLYNUCLÉOTIDE
  申请人：[en]DXOME INC.

  公开号：WO2023183345A2

  公开（公告）日：2023-09-28

  The present disclosure provides a novel method of amplifying and sequencing L-form polynucleotide. Further provided include L-form nucleotides and D-form enzymes that can be used in the method. The method of making the L-form nucleotides and D-form enzymes are also provided.