5-trifluoroacetamidopentyl β-LacNAc | 928161-02-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 5-trifluoroacetamidopentyl β-LacNAc
• 英文别名: N-[5-[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-4-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-5-[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxyoxan-2-yl]oxypentyl]-2,2,2-trifluoroacetamide
• CAS: 928161-02-8
• 化学式: C₂₁H₃₅F₃N₂O₁₂
• 分子量: 564.51
• InChiKey: NFOIMBQEWPNQSB-IIPQWQSDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.7
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.9
• 拓扑面积：
  217
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-trifluoroacetamidopentyl β-LacNAc 在 sodium carbonate 、 sodium hydroxide 作用下， 以 丙酮 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 5-(5'-dimetylaminonaphthalene-1'-sulfonylamino)pentyl β-LacNAc
  参考文献：
  名称：

  Molecular Design of Fluorescent Labeled Glycosides as Acceptor Substrates for Sialyltransferases

  摘要：

  一系列带有终端N-乙酰乳糖胺（LacNAc）序列的二糖、四糖和六糖的丹酰标记糖苷被合成为α2,6-和α2,3-唾液酸转移酶的受体底物。作为替代设计，通过用烷基链替换LacNAc或乳糖单元，开发了一种带有长间隔链接糖的丹酰标记LacNAc糖苷。此外，我们设计了一种丹酰标记的双抗体LacNAc糖苷，作为N-linked寡糖的模拟物，例如非唾液酸α1-酸性糖蛋白。采用荧光HPLC方法确定了合成的丹酰标记糖苷在唾液酸转移酶转移反应中的动力学参数。对于携带终端LacNAc序列的受体底物，其在不同长度糖链中的催化效率（V_max/K_m）呈现出依赖于糖链长度的下降趋势。此外，在测试的受体底物中，丹酰标记的双抗体LacNAc糖苷对α2,6-和α2,3-唾液酸转移酶显示出最有利的K_m值。

  DOI：

  10.1271/bbb.100505

文献信息

• Molecular Design of Fluorescent Labeled Glycosides as Acceptor Substrates for Sialyltransferases
  作者：Makoto OGATA、Takakiyo OBARA、Yasushi CHUMA、Takeomi MURATA、Enoch Y. PARK、Taichi USUI

  DOI：10.1271/bbb.100505

  日期：2010.11.23

  A series of dansyl-labeled glycosides with di-, tetra-, and hexasaccharides carrying the terminal N-acetyllactosamine (LacNAc) sequence were synthesized as acceptor substrates for α2,6- and α2,3-sialyltransferases. As an alternative design, dansyl-labeled LacNAc glycoside carrying a long-spacer linked glycan was engineered by replacement of the LacNAc or lactose units with an alkyl chain. In addition, we designed a dansyl-labeled bi-antennary LacNAc glycoside as an N-linked oligosaccharide mimetic, such as asialo-α1-acid glycoprotein. The kinetic parameters for the transfer reaction of synthesized dansyl-labeled glycosides by sialyltransferases were determined by the fluorescent HPLC method. The catalytic efficiencies (V  max/K  m) of acceptor substrates carrying the terminal LacNAc sequence with various length glycans in the array for α2,6- and α2,3-sialyltransferases decreased in a glycan length-dependent manner. Furthermore, of the acceptor substrates tested, dansyl-labeled bi-antennary LacNAc glycoside displayed the most favorable K  m value for α2,6- and α2,3-sialyltransferases.

  一系列带有终端N-乙酰乳糖胺（LacNAc）序列的二糖、四糖和六糖的丹酰标记糖苷被合成为α2,6-和α2,3-唾液酸转移酶的受体底物。作为替代设计，通过用烷基链替换LacNAc或乳糖单元，开发了一种带有长间隔链接糖的丹酰标记LacNAc糖苷。此外，我们设计了一种丹酰标记的双抗体LacNAc糖苷，作为N-linked寡糖的模拟物，例如非唾液酸α1-酸性糖蛋白。采用荧光HPLC方法确定了合成的丹酰标记糖苷在唾液酸转移酶转移反应中的动力学参数。对于携带终端LacNAc序列的受体底物，其在不同长度糖链中的催化效率（V_max/K_m）呈现出依赖于糖链长度的下降趋势。此外，在测试的受体底物中，丹酰标记的双抗体LacNAc糖苷对α2,6-和α2,3-唾液酸转移酶显示出最有利的K_m值。