我们之前报道了结核分枝杆菌脱
硫生物素合成酶 ( Mt DTBS) 的有效
配体和
抑制剂,这是抗结核药物开发的一个有前景的靶点 (Schumann 等人, ACS Chem Biol . 2021, 16 , 2339–2347);在这里,首次描述了它们衍生的片段化合物的非常规起源。化合物1(9b-羟基-6b,7,8,9,9a,9b-六氢环戊[3,4]环丁[1,2- c ]色烯-6(6aH)-酮),通过计算机片段筛选鉴定,随后通过表面等离振子共振显示出具有剂量响应性结合(K D = 0.6 mM)。当1浸泡到Mt DTBS 晶体中时,
DAPA 底物结合口袋中显示出清晰的电子密度,但密度与1的结构不一致。在这里,我们表明,1的内酯在碱性条件下(包括晶体学浸泡的条件)
水解为
羧酸(2),随后
环丁烷环成分开环形成
环戊基乙酸(3)。直接用真实的3浸泡的晶体产生的电子密度与用假定的1浸泡的晶体的电子密度相