| 1354932-67-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• CAS: 1354932-67-4
• 化学式: C₃₁H₃₁N₂O*I
• 分子量: 574.504
• InChiKey: TYTHZXUURRZNQG-UHFFFAOYSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  35.0
• 可旋转键数：
  0.0
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  15.48
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  2.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  在 Dowex 1x2-200 ion-exchange resin (chloride) 作用下， 生成
  参考文献：
  名称：

  Efficient reverse click labeling of azide oligonucleotides with multiple alkynyl Cy-Dyes applied to the synthesis of HyBeacon probes for genetic analysis

  摘要：

  A convenient method of oligonucleotide labeling using click chemistry has been developed. A 2'-mesyloxyethyl ribothymidine phosphoramidite monomer was incorporated into DNA at several loci during solid phase oligonucleotide synthesis and converted to 2'-azidoethyl ribothymidine in high yield on the synthesis resin. The resultant azide oligonucleotides were doubly and triply labeled with alkynemodified cyanine dyes and their biophysical properties were studied. The influence of the dye structures and method of labeling on the fluorescence properties of the DNA probes is discussed and compared with a standard labeling method using active esters of Cy-Dyes. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.tet.2011.11.041
• 作为产物：
  描述：

  在 吡啶 、 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 硫酸 、 四丁基氟化铵 、 乙酸酐 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 氯仿 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 40.41h， 生成
  参考文献：
  名称：

  A highly fluorescent DNA toolkit: synthesis and properties of oligonucleotides containing new Cy3, Cy5 and Cy3B monomers

  摘要：

  Cy3B是一种极其明亮和稳定的荧光染料，只能在合成后与核酸连接。这严重限制了它在基因组学、生物学和纳米技术领域的应用。我们优化了Cy3B的合成，首次生产出多种Cy3B单体，可用于固相寡核苷酸合成。这个分子工具包包括将Cy3B与脱氧核糖、胸腺嘧啶的5位及六炏基连接的磷酰胺单体，以及Cy3B与脱氧核糖连接的寡核苷酸合成树脂。这些单体已被用来在寡核苷酸中内部和两端引入单个和多个Cy3B单元。Cy3B Taqman探针、Scorpions和HyBeacons被合成并成功用于突变检测，此外还合成了一种双Cy3B分子信标，发现其优于对应的Cy3B/DABCYL信标。通过乙炔连接子将Cy3、Cy3B和Cy5连接到胸苷的5位，实现了寡核苷酸FRET系统的合成。染料与核苷酸碱基之间的刚性连接子最小化了染料–染料和染料–DNA的相互作用，减少了荧光猝灭。这些试剂为Cy3B的未来应用开辟了新的方向，包括更灵敏的单分子和细胞成像研究。

  DOI：

  10.1093/nar/gks303