6-(2',3',4',5'-tetra-O-tert-butyl(dimethyl)silyl-D-ribitylamino)-2,4-dimethoxy-5-nitropyrimidine | 669088-29-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机1,3-偶极化合物 - 烯丙基型1,3-偶极有机化合物
• 英文名称: 6-(2',3',4',5'-tetra-O-tert-butyl(dimethyl)silyl-D-ribitylamino)-2,4-dimethoxy-5-nitropyrimidine
• 英文别名: 2,6-dimethoxy-5-nitro-N-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrakis(tert-butyldimethylsilyloxy)pentyl)pyrimidine-4-amine；2,6-dimethoxy-5-nitro-N-[(2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrakis[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy]pentyl]pyrimidin-4-amine
• CAS: 669088-29-3
• 化学式: C₃₅H₇₄N₄O₈Si₄
• 分子量: 791.337
• InChiKey: LDFPBJLJFXNONE-REUBFRLUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  10.01
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.89
• 拓扑面积：
  139
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-(2',3',4',5'-tetra-O-tert-butyl(dimethyl)silyl-D-ribitylamino)-2,4-dimethoxy-5-nitropyrimidine 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 potassium carbonate 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 20.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 144.0h， 生成 8-(2',3',4',5'-tetrakis-(tert-butyldimethylsilyl)-D-ribityl)-5,6,7,8-tetrahydro-5-(5'-iodopentyl)-2,4-dimethoxy-6,7-dioxopteridine
  参考文献：
  名称：

  设计，合成和生化评价1,5,6,7-Tetrahydro-6,7-dioxo-9-d-Ribitylaminolumazines带有烷基磷酸取代基作为Lumazine合酶和核黄素合酶的抑制剂。

  摘要：

  核黄素合酶和核黄素合酶催化核黄素的生物合成的最后两个步骤，核黄素是一种参与电子传输的重要代谢产物。为了获得这两种酶的结构探针和抑制剂，合成了两个带有烷基磷酸酯取代基的核苷二嗪二酮。合成涉及以保护形式生成核糖基侧链，磷酸盐侧链和鲁嗪系统，然后同时除去三种不同类型的保护基。该产物被设计为鲁嗪合酶的中间类似物抑制剂，该抑制剂将与其磷酸盐结合位点以及其鲁嗪结合位点结合。发现这两种化合物都是枯草芽孢杆菌lumazine合酶的有效抑制剂以及大肠杆菌核黄素合酶。两种化合物之一结合的分子模型为这些化合物如何有效抑制两种酶提供了结构性解释。在不含磷酸盐的缓冲液中，发现抑制剂的磷酸酯部分，以积极地促进其结合到结核分枝杆菌lumazine合酶，产生具有非常有效的抑制剂ķ我在低纳摩尔范围内的值。发现二恶唑嗪系统中相对于嘌呤三酮系统中的额外羰基对其与大肠杆菌核黄素合酶的结合起了积极作用。

  DOI：

  10.1021/jo051332v
• 作为产物：
  描述：

  6-氯-2,4-甲氧基嘧啶 在 咪唑 、 硫酸 、 硝酸 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 98.5h， 生成 6-(2',3',4',5'-tetra-O-tert-butyl(dimethyl)silyl-D-ribitylamino)-2,4-dimethoxy-5-nitropyrimidine
  参考文献：
  名称：

  设计，合成和评估9-d-Ribitylamino-1,3,7,9-tetrahydro-2,6,8-嘌呤三酮带有磷酸烷基酯和α，α-二氟膦酸酯取代基作为核黄素合酶和Lumazine合酶的抑制剂

  摘要：

  Lumazine合酶和核黄素合酶催化核黄素的生物合成中的最后两个步骤，核黄素是电子传输过程中必需的代谢产物。为了获得这两种酶的结构探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂，合成了一系列带有烷基磷酸酯和α，α-二氟膦酸酯取代基的核嘌呤嘌呤三酮。由于嘌呤三酮环系统和核糖基羟基可被烷基化，因此在进行所需的烷基化反应之前，合成需要以保护形式生成这两个部分。这些物质被设计为会与其磷酸结合位点结合的鲁那嗪合酶的中间类似物抑制剂。发现所有化合物都是这两种化合物的有效抑制剂。枯草芽孢杆菌lumazine合酶以及大肠杆菌核黄素合酶。3-（1,3,7,9-四氢-9- d -ribityl-2,6,8-三氧嘌呤-7-基）丙烷1-磷酸结合的分子模型为这些化合物的结构提供了结构解释能够有效抑制两种酶。有趣的是，与母体嘌呤三酮相比，这些新化合物的酶动力学出乎意料地证明了磷酸酯和膦酸酯取代基对结合起了负面作用。这些对l

  DOI：

  10.1021/jo030278k

文献信息

• <i>O</i>-Nucleoside, <i>S</i>-Nucleoside, and <i>N</i>-Nucleoside Probes of Lumazine Synthase and Riboflavin Synthase
  作者：Arindam Talukdar、Yujie Zhao、Wei Lv、Adelbert Bacher、Boris Illarionov、Markus Fischer、Mark Cushman

  DOI：10.1021/jo3010364

  日期：2012.7.20

  nitro groups, alkenes, and halogens. The target compounds were tested as inhibitors of lumazine synthase and riboflavin synthase obtained from a variety of microorganisms. In general, the S-nucleosides and N-nucleosides were more potent than the corresponding O-nucleosides as lumazine synthase and riboflavin synthase inhibitors, while the C-nucleosides were the least potent. A series of molecular dynamics

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。
• Design, Synthesis, and Evaluation of 9-<scp>d</scp>-Ribitylamino-1,3,7,9-tetrahydro-2,6,8-purinetriones Bearing Alkyl Phosphate and α,α-Difluorophosphonate Substituents as Inhibitors of Riboflavin Synthase and Lumazine Synthase
  作者：Mark Cushman、Thota Sambaiah、Guangyi Jin、Boris Illarionov、Markus Fischer、Adelbert Bacher

  DOI：10.1021/jo030278k

  日期：2004.2.1

  consistent with the observed increase in Km of the 3,4-dihydroxybutanone-4-phosphate substrate from 5.2 μM in Tris buffer or from 6.7 μM in MOPS buffer to 50 μM in phosphate buffer when tested on Bacillus subtilis lumazine synthase. However, when tested in Tris buffer vs Mycobacterium tuberculosis lumazine synthase, three of the phosphate inhibitors displayed inhibition constants in the 4−5 nM range

  Lumazine合酶和核黄素合酶催化核黄素的生物合成中的最后两个步骤，核黄素是电子传输过程中必需的代谢产物。为了获得这两种酶的结构探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂，合成了一系列带有烷基磷酸酯和α，α-二氟膦酸酯取代基的核嘌呤嘌呤三酮。由于嘌呤三酮环系统和核糖基羟基可被烷基化，因此在进行所需的烷基化反应之前，合成需要以保护形式生成这两个部分。这些物质被设计为会与其磷酸结合位点结合的鲁那嗪合酶的中间类似物抑制剂。发现所有化合物都是这两种化合物的有效抑制剂。枯草芽孢杆菌lumazine合酶以及大肠杆菌核黄素合酶。3-（1,3,7,9-四氢-9- d -ribityl-2,6,8-三氧嘌呤-7-基）丙烷1-磷酸结合的分子模型为这些化合物的结构提供了结构解释能够有效抑制两种酶。有趣的是，与母体嘌呤三酮相比，这些新化合物的酶动力学出乎意料地证明了磷酸酯和膦酸酯取代基对结合起了负面作用。这些对l
• Design, Synthesis, and Biochemical Evaluation of 1,5,6,7-Tetrahydro-6,7-dioxo-9-<scp>d</scp>-Ribitylaminolumazines Bearing Alkyl Phosphate Substituents as Inhibitors of Lumazine Synthase and Riboflavin Synthase
  作者：Mark Cushman、Guangyi Jin、Boris Illarionov、Markus Fischer、Rudolf Ladenstein、Adelbert Bacher

  DOI：10.1021/jo051332v

  日期：2005.9.1

  biosynthesis of riboflavin, an essential metabolite that is involved in electron transport, are catalyzed by lumazine synthase and riboflavin synthase. To obtain structural probes and inhibitors of these two enzymes, two ribityllumazinediones bearing alkyl phosphate substituents were synthesized. The synthesis involved the generation of the ribityl side chain, the phosphate side chain, and the lumazine system

  核黄素合酶和核黄素合酶催化核黄素的生物合成的最后两个步骤，核黄素是一种参与电子传输的重要代谢产物。为了获得这两种酶的结构探针和抑制剂，合成了两个带有烷基磷酸酯取代基的核苷二嗪二酮。合成涉及以保护形式生成核糖基侧链，磷酸盐侧链和鲁嗪系统，然后同时除去三种不同类型的保护基。该产物被设计为鲁嗪合酶的中间类似物抑制剂，该抑制剂将与其磷酸盐结合位点以及其鲁嗪结合位点结合。发现这两种化合物都是枯草芽孢杆菌lumazine合酶的有效抑制剂以及大肠杆菌核黄素合酶。两种化合物之一结合的分子模型为这些化合物如何有效抑制两种酶提供了结构性解释。在不含磷酸盐的缓冲液中，发现抑制剂的磷酸酯部分，以积极地促进其结合到结核分枝杆菌lumazine合酶，产生具有非常有效的抑制剂ķ我在低纳摩尔范围内的值。发现二恶唑嗪系统中相对于嘌呤三酮系统中的额外羰基对其与大肠杆菌核黄素合酶的结合起了积极作用。