pentasaccharide corresponding to the S. flexneri Y O-polysaccharide and the octapeptide mimic, MDWNMHAA. Both chimeric molecules consist of a rhamnose trisaccharide linked through an alpha- or beta-thioglycosidic linkage to a MDW moiety in which the W unit has been modified. We predicted that omission of the NMHAA moiety would obviate the bound water molecules that provided complementarity with the antibody-combining
设计了两种对应于弗氏志贺氏菌Y O-
多糖的糖肽嵌合体及其
肽模拟物,以试图通过相对于O-
多糖的原始八
肽模拟物增加结合熵来改善结合亲和力。该设计基于单克隆
抗体SYA / J6的X射线晶体结构及其相关
配体,对应于弗氏链球菌Y O
多糖的五糖和八
肽模拟物MDWN
MHAA的复合物。两个嵌合分子均由
鼠李糖三糖组成,
鼠李糖三糖通过α-或β-
硫糖苷键连接至其中W单元已被修饰的MDW部分。我们预测,省略N
MHAA部分将消除与
抗体结合位点互补的结合
水分子,以及由于在肽的C-末端施加α-转角而导致的构象限制。然后使用程序自动停靠3.0将糖肽对接至SYA / J6的活性位点,并对其结构进行优化。在每种情况下获得的最佳模型表明,具有α-或β-
硫糖苷键的嵌合分子可能是
抗体的合理替代
配体。我们在这里报告使用溶液和固相策略合成α-糖肽。免疫
化学表征表明,不幸的是,α-糖肽没有抑制SYA / J6与弗氏链球菌Y脂
多糖的结合。