ethyl (E)-3-(1-methyl-4-nitropyrrol-2-yl)prop-2-enoate | 373362-02-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机1,3-偶极化合物 - 烯丙基型1,3-偶极有机化合物
• 英文名称: ethyl (E)-3-(1-methyl-4-nitropyrrol-2-yl)prop-2-enoate
• CAS: 373362-02-8
• 化学式: C₁₀H₁₂N₂O₄
• 分子量: 224.216
• InChiKey: QJMZEVRTTTWUPH-SNAWJCMRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.2
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.3
• 拓扑面积：
  77
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  4

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  1-甲基-4-硝基吡咯-2-甲醛	1-methyl-4-nitro-1H-pyrrole-2-carboxaldehyde	18711-27-8	C6H6N2O3	154.125

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  ethyl (E)-3-(1-methyl-4-nitropyrrol-2-yl)prop-2-enoate 在 sodium tetrahydroborate 、 palladium on activated charcoal 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 1.66h， 生成 (E)-3-{4-[(4-Amino-1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)-amino]-1-methyl-1H-pyrrol-2-yl}-acrylic acid ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  吡咯/咪唑 CPI 偶联物的高效序列特异性 DNA 链间交联

  摘要：

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和

  DOI：

  10.1021/ja028459b
• 作为产物：
  描述：

  N-甲基-2-吡咯甲醛 在 硝酸 、 乙酸酐 、 sodium hydride 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 ethyl (E)-3-(1-methyl-4-nitropyrrol-2-yl)prop-2-enoate
  参考文献：
  名称：

  吡咯/咪唑 CPI 偶联物的高效序列特异性 DNA 链间交联

  摘要：

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和

  DOI：

  10.1021/ja028459b

文献信息

• Molecular Design of a Pyrrole–Imidazole Hairpin Polyamides for Effective DNA Alkylation
  作者：Toshikazu Bando、Akihiko Narita、Isao Saito、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1002/1521-3765(20021018)8:20<4781::aid-chem4781>3.0.co;2-j

  日期：2002.10.18

  clear contrast, the hairpin CPI conjugate 13, which differs from compound 1 in that it lacks one Py unit and possesses a vinyl linker, alkylated the A of 5'-AGTCAG-3' (site 3) efficiently at nanomolar concentrations. Alkylation by compound 14, which has a vinyl linker, occurred at the A of 5'-AGTCCA-3' (site 6) and at several minor alkylation sites, including mismatch alkylation at A of 5'-TCACAA-3'

  通过具有450个碱基对（bp）的高分辨率变性凝胶电泳，合成了新的发夹聚酰胺-CPI（CPI =环丙基吡咯并吲哚）化合物12-14，并且与先前制备的发夹聚酰胺化合物1相比，它们的DNA烷基化活性更高。 DNA片段并通过HPLC产物分析合成的十核苷酸。与我们先前的结果一致，化合物1的烷基化主要发生在序列5'-AGTCAG-3'（位点3）的G部分。但是，化合物12的化合物1的烷基化部分的结构被杜卡霉素A DU-86（CPI）的链段A取代的化合物12没有显示出任何DNA烷基化活性。与之形成鲜明对比的是，发夹CPI共轭物13与化合物1的不同之处在于，它缺少一个Py单元并具有乙烯基接头，将5'的A烷基化 -AGTCAG-3'（部位3）在纳摩尔浓度下有效。具有乙烯基连接基的化合物14的烷基化发生在5'-AGTCCA-3'的A（位点6）和几个次要的烷基化位点，包括5'-TCACAA-3'的A的错配烷基化（位点2）
• Specific alkylation of human telomere repeats by hairpin pyrrole-imidazole polyamide
  作者：Ryoko Takahashi、Toshikazu Bando、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1016/s0968-0896(03)00176-7

  日期：2003.6

  A novel hairpin polyamide-cyclopropapyrroloindole (CPI) conjugate PyImImIm-gamma-PyPyPyLDu86 (conjugate 11), which targets human telomere repeats d(TTAGGG)(n)/d(CCCTAA)(n), was synthesized. High resolution denaturing polyacrylamide gel electrophoresis using 44 bp DNA fragments and HPLC product analysis of a synthetic nonanucleotide demonstrated that conjugate 11 alkylates the target adenine in the

  合成了新型的发夹聚酰胺-环丙吡咯并吲哚（CPI）共轭PyImImIm-γ-PyPyPyLDu86（共轭11），其靶向人端粒重复d（TTAGGG）（n）/ d（CCCTAA）（n）。使用44 bp DNA片段的高分辨率变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和合成九核苷酸的HPLC产物分析表明，缀合物11将端粒重复序列中的目标腺嘌呤烷基化5'-CCCTAA-3'。使用一组39个癌细胞系对缀合物11的抗肿瘤活性进行了测试，结果表明，抑制50％生长所需的缀合物11的平均浓度为5.75 microM，优于pepleomycin和bleomycin，与ci​​splatin相当。
• Sequence-Specific DNA Interstrand Cross-Linking by Imidazole−Pyrrole CPI Conjugate
  作者：Toshikazu Bando、Hirokazu Iida、Isao Saito、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja003660c

  日期：2001.5.1
• NOVEL HAIRPIN POLYAMIDE
  申请人：Japan Science and Technology Agency

  公开号：EP1491534B1

  公开（公告）日：2009-08-05
• US7378237B2
  申请人：——

  公开号：US7378237B2

  公开（公告）日：2008-05-27