基于片段的先导发现被应用于tRNA-
鸟嘌呤转糖基化酶,一种修饰志贺菌的致病菌志贺氏菌中转录后tRNA的酶。TGT抑制作用可阻止志贺氏菌的毒力因子VirF的翻译,从而降低了致病性。一个发现的片段通过推回
天冬氨酸残基在preQ 1识别位点打开了一个瞬时子口袋。该步骤与其他
氨基酸的
重组有关,该
氨基酸通过复制preQ 1的体积在结构上转化邻近识别位点的环-识别口袋。我们合成了6-羧酰胺基,6-
肼基-和4-
胍基-
苯并咪唑类化合物,以靶向开放的囊袋,其中包括带有氢炔基的二氢-
咪唑并
喹唑啉,该载体指向瞬态囊袋并置换了保守的
水网。MD模拟和
水合位点分析表明
水置换有利于
配体结合。仅存在于细菌TGT中的半胱
氨酸残基充当瞬时子口袋的守门员。当口袋打开时,它就可用于在真细菌TGT中选择性共价附着亲电子
配体。