21-[(3aS,4S,6aR)-六氢-2-氧代-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基]-17-氧代-4,7,10,13-四氧杂-16-氮杂二十一烷酸 | 721431-18-1

• 物质功能分类: 有机原料 - 羧酸类化合物及衍生物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 生物素及其衍生物
• 中文名称: 21-[(3aS,4S,6aR)-六氢-2-氧代-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基]-17-氧代-4,7,10,13-四氧杂-16-氮杂二十一烷酸
• 中文别名: 15-[D-(+)-生物素氨基]-4,7,10,13-四氧杂十五烷酸
• 英文名称: 17-oxo-21-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-4,7,10,13-tetraoxa-16-azahenicosan-1-oic acid
• 英文别名: Biotin-PEG4-Acid；3-[2-[2-[2-[2-[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propanoic acid
• CAS: 721431-18-1
• 化学式: C₂₁H₃₇N₃O₈S
• 分子量: 491.606
• InChiKey: GYOXFFWLRKVJJX-ZWOKBUDYSA-N

物化性质

• 沸点：
  784.8±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.211±0.06 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  溶于水、DMSO、DMF

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.86
• 拓扑面积：
  170
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  9

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  氮杂二苯并环辛炔胺 、 21-[(3aS,4S,6aR)-六氢-2-氧代-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基]-17-氧代-4,7,10,13-四氧杂-16-氮杂二十一烷酸 在 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 3.25h， 以87%的产率得到DBCO-PEG4-生物素
  参考文献：
  名称：

  Surface Functionalization Using Catalyst-Free Azide−Alkyne Cycloaddition

  摘要：

  The utility of catalyst-free azide-alkyne [3 + 2] cycloaddition for the immobilization of a variety of molecules onto a solid surface and microbeads was demonstrated. In this process, the surfaces are derivatized with aza-dibenzocyclooctyne (ADIBO) for the immobilization of azide-tagged substrates via a copper-free click reaction. Alternatively, ADIBO-conjugated molecules are anchored to the azide-derivatized surface. Both immobilization techniques work well in aqueous solutions and show excellent kinetics under ambient conditions. We report an efficient synthesis of aza-dibenzocyclooctyne (ADIBO), thus far the most reactive cyclooctyne in cycloaddition to azides. We also describe convenient methods for the conjugation of ADIBO with a variety of molecules directly or via a PEG linker.

  DOI：

  10.1021/bc100306u
• 作为产物：
  描述：

  2-[2-[2-[2-(2-叔丁氧羰基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙胺 在 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 21-[(3aS,4S,6aR)-六氢-2-氧代-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-基]-17-氧代-4,7,10,13-四氧杂-16-氮杂二十一烷酸
  参考文献：
  名称：

  光亲和探针揭示了哈氏内酯抑制癌细胞迁移的潜在靶点

  摘要：

  Harringtonolide ( HO , 1 ) 是一种从三尖杉属 harringtonia中分离出来的具有生物活性的二萜类托酮，具有抗增殖活性。迄今为止，尚无报道阐明其抗癌机制。在此，我们报告了HO衍生探针（10、11和12 ）的合成，以确定HO的可能靶标。因此，应用来自H2O（化合物12）的新型光亲和炔烃标记探针显示H2O与活化 C 激酶 1 (RACK1) 受体之间的直接结合。此外，何可以抑制上皮-间质转化 (EMT) 过程并抑制 A375 细胞中 FAK/Src/STAT3 信号通路的激活。这项研究为H2O作为一种有效的抗肿瘤剂提供了基础，该抗肿瘤剂靶向 RACK1 以抑制癌细胞迁移。

  DOI：

  10.1021/acsmedchemlett.1c00625

文献信息

• [EN] THERAPEUTIC COMPOUNDS AND USES THEREOF<br/>[FR] COMPOSÉS THÉRAPEUTIQUES ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：GENENTECH INC

  公开号：WO2016123391A1

  公开（公告）日：2016-08-04

  The present invention relates to compounds of formula (I): and to salts thereof, wherein R1-R6 have any of the values defined in the specification, and compositions and uses thereof. The compounds are useful as inhibitors of TAF1. Also included are pharmaceutical compositions comprising a compound of formula (I) or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and methods of using such compounds and salts in the treatment of various TAF1-mediated disorders.

  本发明涉及式(I)的化合物及其盐，其中R1-R6具有规范中定义的任何值，以及其组合物和用途。这些化合物可用作TAF1的抑制剂。还包括包含式(I)的化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，以及在治疗各种TAF1介导的疾病中使用这些化合物和盐的方法。
• [EN] SUBSTITUTED PYRROLOPYRDINES AS INHIBITORS OF BROMODOMAIN<br/>[FR] PYRROLOPYRIDINES SUBSTITUÉES UTILISÉES EN TANT QU'INHIBITEURS DE BROMODOMAINES
  申请人：GENENTECH INC

  公开号：WO2016077378A1

  公开（公告）日：2016-05-19

  The present invention relates to compounds of formula (I) and to salts thereof, wherein R1, R2, and Q have any of the values defined in the specification, and compositions and uses thereof. The compounds are useful as inhibitors of bromodomains. Also included are pharmaceutical compositions comprising a compound of formula (I) or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and methods of using such compounds and salts in the treatment of various bromodomain-mediated disorders.

  本发明涉及式(I)的化合物及其盐，其中R1、R2和Q具有规范中定义的任何值，以及其组合物和用途。这些化合物可用作溴结构域的抑制剂。还包括包含式(I)的化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，以及在治疗各种溴结构域介导的疾病中使用这些化合物和盐的方法。
• [EN] BROMODOMAIN INHIBITORS AND USES THEREOF<br/>[FR] INHIBITEURS DE BROMODOMAINES ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：GENENTECH INC

  公开号：WO2016077375A1

  公开（公告）日：2016-05-19

  The present invention relates to compounds of formula (I): [INSERT FORMULA (1)] and to salts thereof, wherein R1, R2, Rc, and Rd have any of the values defined in the specification, and compositions and uses thereof. The compounds are useful as inhibitors of bromodomains. Also included are pharmaceutical compositions comprising a compound of formula (I) or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and methods of using such compounds and salts in the treatment of various bromodomain-mediated disorders.

  本发明涉及式(I)的化合物：[插入式(1)]及其盐，其中R1、R2、Rc和Rd具有规范中定义的任何值，以及其组合物和用途。这些化合物可用作溴结构域的抑制剂。还包括包含式(I)的化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，以及在治疗各种溴结构域介导的疾病中使用这些化合物和盐的方法。
• Structure Guided Design and Kinetic Analysis of Highly Potent Benzimidazole Inhibitors Targeting the PDEδ Prenyl Binding Site
  作者：Gunther Zimmermann、Carsten Schultz-Fademrecht、Philipp Küchler、Sandip Murarka、Shehab Ismail、Gemma Triola、Peter Nussbaumer、Alfred Wittinghofer、Herbert Waldmann

  DOI：10.1021/jm500632s

  日期：2014.6.26

  organization of K-Ras is controlled by the prenyl binding protein PDEδ, which enhances Ras diffusion in the cytosol. Inhibition of the Ras–PDEδ interaction by small molecules impairs Ras localization and signaling. Here we describe in detail the identification and structure guided development of Ras–PDEδ inhibitors targeting the farnesyl binding pocket of PDEδ with nanomolar affinity. We report kinetic

  K-Ras是最常见的信号转导人类致癌基因之一。Ras信号传导活性需要GTPase的正确细胞定位。K-Ras的空间组织受到异戊二烯结合蛋白PDEδ的控制，异戊二烯结合蛋白PDEδ增强Ras在细胞质中的扩散。小分子抑制Ras–PDEδ相互作用会削弱Ras的定位和信号传导。在这里，我们详细描述了靶向Ras–PDEδ抑制剂的鉴定和结构指导的开发，该抑制剂靶向具有纳摩尔摩尔亲和力的PDEδ的法呢基结合袋。我们报道了表征最有效的小分子配体与PDEδ结合的动力学数据，并证明了它们与细胞裂解液中的内源PDEδ结合。
• Diving into the Water: Inducible Binding Conformations for BRD4, TAF1(2), BRD9, and CECR2 Bromodomains
  作者：Terry D. Crawford、Vickie Tsui、E. Megan Flynn、Shumei Wang、Alexander M. Taylor、Alexandre Côté、James E. Audia、Maureen H. Beresini、Daniel J. Burdick、Richard Cummings、Les A. Dakin、Martin Duplessis、Andrew C. Good、Michael C. Hewitt、Hon-Ren Huang、Hariharan Jayaram、James R. Kiefer、Ying Jiang、Jeremy Murray、Christopher G. Nasveschuk、Eneida Pardo、Florence Poy、F. Anthony Romero、Yong Tang、Jian Wang、Zhaowu Xu、Laura E. Zawadzke、Xiaoyu Zhu、Brian K. Albrecht、Steven R. Magnuson、Steve Bellon、Andrea G. Cochran

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.6b00264

  日期：2016.6.9

  The biological role played by non-BET bromodomains remains poorly understood, and it is therefore imperative to identify potent and highly selective inhibitors to effectively explore the biology of individual bromodomain proteins. A ligand-efficient nonselective bromodomain inhibitor was identified from a 6-methyl pyrrolopyridone fragment. Small hydrophobic substituents replacing the N-methyl group

  非BET溴结构域所起的生物学作用仍然知之甚少，因此必须确定有效的高选择性抑制剂来有效地探索单个溴结构域蛋白的生物学特性。从6-甲基吡咯并吡啶酮片段鉴定出配体有效的非选择性溴结构域抑制剂。较小的疏水取代基取代N-甲基被设计成指向保守的溴结构域水袋，然后观察到两个不同的结合构象。如BRD4（1）和TAF1（2）中所述，取代基要么直接置换并重新排列了保守的溶剂网络，要么如BRD9和CECR2中所示，诱导了一条与亲脂性架子相邻的狭窄疏水通道。对于单个溴结构域，不同取代基的偏爱为选择性BRD9，CECR2和TAF1（2）抑制剂的未来铅优化工作提供了有用的选择性处理方法。