N-methyl-4-(N-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)-2-(carboxamidopropyl-3-dimethylamino)pyrrole | 128484-11-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 唑类
• 英文名称: N-methyl-4-(N-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)-2-(carboxamidopropyl-3-dimethylamino)pyrrole
• 英文别名: 1-methyl-4-(1-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)-2-(3-dimethyl(aminopropyl)aminocarbonyl)pyrrole；N-[5-[3-(dimethylamino)propylcarbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]-1-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamide
• CAS: 128484-11-7
• 化学式: C₁₆H₂₃N₇O₄
• 分子量: 377.403
• InChiKey: NIGGVFGWNAWBEL-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-methyl-4-(N-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)-2-(carboxamidopropyl-3-dimethylamino)pyrrole 在 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 4-Amino-1-methyl-1H-imidazole-2-carboxylic acid [5-(3-dimethylamino-propylcarbamoyl)-1-methyl-1H-pyrrol-3-yl]-amide
  参考文献：
  名称：

  N-末端修饰的 Hx-酰胺对 DNA 结合亲和力、序列特异性、细胞摄取和基因表达的影响

  摘要：

  设计并合成了五个 X-HxIP（Hx-酰胺）6a-e，其中N端对茴香基部分进行了修饰，目的是优化 DNA 结合、提高细胞摄取/核渗透和增强对拓扑异构酶 IIα ( TOP2A ) 基因表达。修饰包括氟苯基和其他具有不同分子形状、大小和极性的杂环。像他们的母体化合物HxIP 3，所有五个X HxIP类似物优先结合到它们的同源序列5'-TACGAT-3'，其被发现嵌入在5'侧翼反转CCAAT盒-2（ICB2）站点中TOP2A基因启动子，并抑制蛋白质复合物结合。有趣的是，与原型化合物 HxIP 3相比，4-吡啶基类似物6a对目标 DNA 序列表现出更大的结合亲和力，并在体外以较低的浓度消除蛋白质：ICB2 相互作用。与未修饰的 HxIP 3 相比，类似物6b-e显示出改进的 DNA 序列特异性，但降低了对同源序列的结合亲和力，其中聚酰胺6b和6e是最具序列选择性的。然而，与3和6b不同，6a无法

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2021.128158
• 作为产物：
  描述：

  N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-nitro-1H-pyrrole-2-carboxamide 在 10% palladium on active carbon 氢气 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 17.0h， 生成 N-methyl-4-(N-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)-2-(carboxamidopropyl-3-dimethylamino)pyrrole
  参考文献：
  名称：

  吡咯/咪唑 CPI 偶联物的高效序列特异性 DNA 链间交联

  摘要：

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和

  DOI：

  10.1021/ja028459b

文献信息

• Synthesis of nitrated oligo-N-methylpyrrole carboxamide derivatives and their photochemical DNA cleaving activities
  作者：Eiji Nishiwaki、Hideaki Lee、Toyomi Matsumoto、Kouhei Toyooka、Hiromu Sakurai、Masayuki Shibuya

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)88790-0

  日期：1990.1

  Synthesis of various nitrated oligo-N-methylpyrrolecarboxamide derivatives and their DNA cleaving activities under UV-A irradiation were described.

  描述了各种硝化的寡聚-N-甲基吡咯甲酰胺衍生物的合成及其在UV-A辐照下的DNA裂解活性。
• Recognition in the Minor Groove of DNA at 5'-(A,T)GCGC(A,T)-3' by a Four Ring Tripeptide Dimer. Reversal of the Specificity of the Natural Product Distamycin
  作者：Milan Mrksich、Peter B. Dervan

  DOI：10.1021/ja00117a002

  日期：1995.3

  The tripeptide ImPImP containing alternating imidazole and pyrrole carboxamides specifically binds the designated six base pair site 5'-d(A,T)GCGC(A,T)-3' in the minor groove of DNA. Quantitative footprint titration experiments demonstrate that ImPImP binds the sites 5'-AGCGCT-3' and 5'-TGCGCA-3' with apparent first order binding affinities of 3.8 x 10^5 M^(-1) and 3.6 x 10^5 M^(-1), respectively (25

  含有交替咪唑和吡咯甲酰胺的三肽 ImPImP 特异性结合 DNA 小沟中指定的六碱基对位点 5'-d(A,T)GCGC(A,T)-3'。定量足迹滴定实验表明 ImPImP 以 3.8 x 10^5 M^(-1) 和 3.6 x 10^5 M 的明显一级结合亲和力结合位点 5'-AGCGCT-3' 和 5'-TGCGCA-3' ^(-1)，分别为（25 mM tris 醋酸盐，10 mM NaCl，pH 7.0 和 22 °C）。ImPImP-EDTA 的亲和裂解实验。Fe 显示 5'-(A,T)GCGC(A,T)-3' 位点两侧的切割相等，与小沟中四个环肽的并排反平行排列一致，这种逆转倾向于结合纯 A、T 序列的天然产物远霉素的特异性强调了 2 的效用：1 肽-DNA 模型，用于设计用于 DNA 小沟中序列特异性识别的配体。通过将这些肽扩展到四个环系统，定义了 2:1 肽-DNA 复合物结合
• Design, synthesis, and DNA binding characteristics of a group of orthogonally positioned diamino, N-formamido, pyrrole- and imidazole-containing polyamides
  作者：Sameer Chavda、Balaji Babu、Pravin Patil、Adam Plaunt、Amanda Ferguson、Megan Lee、Samuel Tzou、Robert Sjoholm、Toni Rice、Hilary Mackay、Joseph Ramos、Shuo Wang、Shicai Lin、Konstantinos Kiakos、W. David Wilson、John A. Hartley、Moses Lee

  DOI：10.1016/j.bmc.2013.04.001

  日期：2013.7

  solubility and enhanced binding affinity, whilst retaining DNA minor groove and sequence specificity compared to their monoamino/monocationic counterparts. The synthesis and DNA binding properties of the following diamino PAs: f-IPI (3a), f-IPP (4), f-PIP (5), and f-PPP (6) are described. P denotes the site where a 1-propylamino group is attached to the N1-position of the heterocycle. Binding of the diamino

  与单氨基/单阳离子对应物相比，正交定位的二氨基/双阳离子聚酰胺 (PA) 具有良好的水溶性和增强的结合亲和力，同时保留了 DNA 小沟和序列特异性。描述了以下二氨基 PA 的合成和 DNA 结合特性：fI P I ( 3a )、fI P P ( 4 )、f -P IP ( 5 ) 和 fP P P ( 6 )。磷表示1-丙基氨基连接到杂环的N1-位的位点。通过 DNase I 足迹、热变性、圆二色滴定、生物传感器表面等离子体共振 (SPR) 和等温滴定量热法 (ITC) 研究评估二氨基 PA 与 DNA 的结合。根据 SPR 研究，与单氨基类似物 f- 相比，fI P I ( 3a ) 结合更强烈 ( K eq  = 2.4 × 10 8  M -1 ) 并且与其同源序列 5'-ACGCGT-3' 具有相当的序列选择性IPI ( 1 )。fI P I ( 3a的结合) 到 5'-ACGCGT-3'
• Electrochemically active ligand for sequence-specific detection of double-stranded nucleic acid molecule
  申请人：Sekine Mitsuo

  公开号：US20070172826A1

  公开（公告）日：2007-07-26

  The purpose of the present invention is to provide a compound that specifically binds to the base sequence of a double-stranded nucleic acid molecule. The compound can reduce the electrochemical signal/noise ratio (S/N) in electrochemical detection, and as a result, the detection sensitivity (precision) will be greatly improved so as to enable the determination of an ultratrace amount of nucleic acid molecule. The present invention relates to a ferrocene compound represented by the following general formula (I): wherein “A” represents a divalent ferrocene-containing linker or ferrocene-1,1′-yl, R 2 represents a hydrogen atom or alkyl; “n” and “m” represent any natural numbers; and “V” and “X” represent the pyrrole-imidazole-polyamide (PIPA); to a ligand consisting of said ferrocene compound for sequence-specific detection of double-stranded nucleic acid molecules; to a method for electrochemical detection of double-stranded nucleic acid molecules 8 with the use of said ligand; and to an apparatus or device for the electrochemical detection with the use of said ligand.

  本发明的目的是提供一种能够特异性结合双链核酸分子碱基序列的化合物。该化合物可降低电化学检测中的信号/噪声比（S/N），从而大大提高检测灵敏度（精度），使得能够确定极微量的核酸分子。本发明涉及一种由下述通式（I）表示的二茂铁化合物：其中“A”表示含二茂铁的二价连接基或二茂铁-1,1'-基，R2表示氢原子或烷基；“n”和“m”表示任意自然数；“V”和“X”表示吡咯-咪唑-多肽（PIPA）；以及利用该化合物制备的配体，用于序列特异性检测双链核酸分子、利用该配体进行电化学检测双链核酸分子的方法，以及利用该配体进行电化学检测的装置或设备。
• ELECTROCHEMICALLY ACTIVE LIGAND FOR SEQUENCE-SPECIFIC DETECTION OF DOUBLE-STRANDED NUCLEIC ACID MOLECULE
  申请人：Japan Science and Technology Agency

  公开号：EP1719777A1

  公开（公告）日：2006-11-08

  The purpose of the present invention is to provide a compound that specifically binds to the base sequence of a double-stranded nucleic acid molecule. The compound can reduce the electrochemical signal/noise ratio (S/N) in electrochemical detection, and as a result, the detection sensitivity (precision) will be greatly improved so as to enable the determination of an ultratrace amount of nucleic acid molecule. The present invention relates to a ferrocene compound represented by the following general formula (I): wherein "A" represents a divalent ferrocene-containing linker or ferrocene-1, 1'-yl, R2 represents a hydrogen atom or alkyl; "n" and "m" represent any natural numbers; and "V" and "X" represent the pyrrole-imidazole-polyamide (PIPA); to a ligand consisting of said ferrocene compound for sequence-specific detection of double-stranded nucleic acid molecules; to a method for electrochemical detection of double-stranded nucleic acid molecules 8 with the use of said ligand; and to an apparatus or device for the electrochemical detection with the use of said ligand.

  本发明的目的是提供一种能与双链核酸分子的碱基序列特异性结合的化合物。该化合物可以降低电化学检测中的电化学信噪比（S/N），从而大大提高检测灵敏度（精度），从而可以测定超微量的核酸分子。本发明涉及由以下通式（I）代表的二茂铁化合物： 其中 "A "代表含二茂铁的二价连接体或二茂铁-1，1'-基，R2代表氢原子或烷基；"n "和 "m "代表任何自然数；"V "和 "X "代表吡咯-咪唑-聚酰胺（PIPA）；由所述二茂铁化合物组成的用于序列特异性检测双链核酸分子的配体；使用所述配体对双链核酸分子进行电化学检测的方法；以及使用所述配体进行电化学检测的装置或设备。