methyl 2-bromo-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-5-nitro-1H-benzimidazole-6-carboxylate | 1001242-28-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: methyl 2-bromo-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-5-nitro-1H-benzimidazole-6-carboxylate
• 英文别名: Methyl 2-bromo-3-(dimethylsulfamoyl)-6-nitrobenzimidazole-5-carboxylate
• CAS: 1001242-28-9
• 化学式: C₁₁H₁₁BrN₄O₆S
• 分子量: 407.202
• InChiKey: ONWOTZLBBGRBLR-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 熔点：
  131 °C
• 沸点：
  555.6±53.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.86±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.7
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  136
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 2-bromo-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-5-nitro-1H-benzimidazole-6-carboxylate 在 二甲基砜 、 氯甲脒盐酸盐 、 溶剂黄146 、 N,N-二异丙基乙胺 、 锌 作用下， 以 水 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 17.5h， 生成 2-{[2-(1-piperidinyl)ethyl]amino}-1,7-dihydro-8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one formic acid
  参考文献：
  名称：

  Beyond Affinity: Enthalpy–Entropy Factorization Unravels Complexity of a Flat Structure–Activity Relationship for Inhibition of a tRNA-Modifying Enzyme

  摘要：

  Lead optimization focuses on binding-affinity improvement. If a flat structure activity relationship is detected, usually optimization strategies are abolished as unattractive. Nonetheless, as affinity is composed of an enthalpic and entropic contribution, factorization of both can unravel the complexity of a flat, on first sight tedious SAR. In such cases, the binding free energy of different ligands can be rather similar, but it can factorize into enthalpy and entropy distinctly. We investigated the thermodynamic signature of two classes of lin-benzopurines binding to tRNA-guanine transglycosylase. While the differences are hardly visible in the free energy, they involve striking enthalpic and entropic changes. Analyzing thermodynamics along with structural features revealed that one ligand set binds to the protein without inducing significant changes compared to the apo structure; however, the second series provokes complex adaptation, leading to a conformation similar to the substrate-bound state. In the latter state, a cross-talk between two pockets is suggested.

  DOI：

  10.1021/jm5006868
• 作为产物：
  描述：

  methyl 1-[(dimethylamino)sulfonyl]-5-nitro-1H-benzimidazole-6-carboxylate 在 lithium hexamethyldisilazane 、 四溴化碳 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 生成 methyl 2-bromo-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-5-nitro-1H-benzimidazole-6-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  高亲和力的tRNA鸟嘌呤转糖基酶替代结构水簇的功能。

  摘要：

  tRNA修饰酶tRNA-鸟嘌呤转糖基酶（TGT）对于弗氏志贺氏菌（细菌性腹泻性志贺菌病的病原体）的致病机制至关重要。在这里，合成了一类新的合理设计的6-氨基咪唑并[4,5 - g ]喹唑啉-8（7 H）-one-（lin报道了基于TGT的苯并鸟嘌呤抑制剂。为了在核糖34的结合位点附近容纳一个小的疏水缝隙开口，在杂环支架的4位引入了2-氨基乙基取代基。为此，使用了由碘化，铃木交叉偶联，硼氢化，Mitsunobu反应和Gabriel合成组成的合成序列，提供了伯胺，该伯胺用作制备一系列衍生物的常用中间体。所得配体显示出非常低的抑制常数，低至K i = 2 n M。通过在位置4的取代基上连接的末端亲脂性基团与由Val45和Leu68形成的疏水缝隙的相互作用，可以显着提高抑制活性。同时，取代基中的仲铵中心取代了水分子簇，使催化残基Asp102和Asp280溶剂化，而不会降低结合亲和力。此外，据报道，合成中间体具有不寻常的3

  DOI：

  10.1002/chem.200901270

文献信息

• Occupying a flat subpocket in a tRNA-modifying enzyme with ordered or disordered side chains: Favorable or unfavorable for binding?
  作者：Manuel Neeb、Christoph Hohn、Frederik Rainer Ehrmann、Adrian Härtsch、Andreas Heine、François Diederich、Gerhard Klebe

  DOI：10.1016/j.bmc.2016.07.053

  日期：2016.10

  series of congeneric ligands inhibiting the tRNA-modifying enzyme TGT. Attached to the parent lin-benzoguanine scaffold, substituents in position 2 accommodate in a flat solvent-exposed pocket and exhibit varying degree of residual mobility. This is indicated in the crystal structures by enhanced B-factors, reduced occupancies, or distributions over split conformers. MD simulations of the complexes suggest

  就其结合性能而言，通常认为具有部分无序或增强的残留迁移率的小分子配体是不利的。考虑到热力学，无序或残余迁移率在熵上是有利的，并有助于吉布斯结合能。在本研究中，我们分析了一系列抑制tRNA修饰酶TGT的同类配体。附在亲林-苯并鸟嘌呤支架，位置2的取代基容纳在暴露于溶剂的平坦袋中，并显示出不同程度的残留迁移率。这在晶体结构中通过增强的B因子，减少的占有率或在分裂构象异构体上的分布来表明。配合物的MD模拟表明，在几个构象族上的散射更大。末端酸性基团的引入通过盐桥将取代基固定至Arg残基。总的来说，所有取代的衍生物都显示出相同的亲和力，即顺序和无序性都不是结合亲和力的决定性因素。额外的盐桥保持强烈的溶剂接触，因此不会增加亲和力。医师建议这种接触是暂时性的。
• Potent Inhibitors of tRNA-Guanine Transglycosylase, an Enzyme Linked to the Pathogenicity of theShigella Bacterium: Charge-Assisted Hydrogen Bonding
  作者：Simone R. Hörtner、Tina Ritschel、Bernhard Stengl、Christian Kramer、W. Bernd Schweizer、Björn Wagner、Manfred Kansy、Gerhard Klebe、François Diederich

  DOI：10.1002/anie.200702961

  日期：2007.11.5