substantial contribution of this side chain (∼10%) for the explanation of pIC50s was dependent on stereochemistry and the chemical structure of the ligand adapted to the S2 pocket of the protease. Thus, starting from a substrate mimic inhibitor, a design for a central scaffold for a low molecular weight inhibitor was evaluated to develop a further potent inhibitor. © 2015 Wiley Periodicals, Inc. Biopolymers (Pept
设计针对严重急性呼吸系统综合症(
SARS)胰凝乳
蛋白酶样
蛋白酶(3CL pro)的
抑制剂是对抗
SARS的潜在重要方法。我们已经通过基于结构的药物设计开发了几种合成
抑制剂。在本报告中,基于我们以前的工作,我们揭示了
SARS 3CL pro的两种晶体结构与两种新
抑制剂的复合作用。这些结构与六个晶体结构相结合,这些晶体结构与我们报道的一系列相关
配体复合在一起,得到了共同分析。对于这八种复合物,通过COMBINE方法分析了
抑制剂结合的结构基础,该方法是针对蛋白质-
配体复合物进行优化的
化学计量分析。分析显示,前两个潜在变量的累计贡献率为r2 = 0.971。有趣的是,使用每个复合物的第二个潜在变量的得分与Met 49的侧链重原子与
SARS-3CL pro完整晶体结构的均方根偏差(RMS = 0.77)紧密相关(r = 0.77)。 S 2口袋。该侧链对解释pIC 50 s的实质贡献(约10%)取决于立体
化学和适应S