(S)-2-amino-N-benzyl-3-(1H-indole-3-yl)propanamide | 125009-81-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: (S)-2-amino-N-benzyl-3-(1H-indole-3-yl)propanamide
• 英文别名: (S)-2-amino-N-benzyl-3-(1H-indol-3-yl)propanamide；Trp-NHCH₂C₆H₅；Trp-NHCH2Ph；(2S)-2-amino-N-benzyl-3-(1H-indol-3-yl)propanamide
• CAS: 125009-81-6
• 化学式: C₁₈H₁₉N₃O
• 分子量: 293.368
• InChiKey: LTLVOJXXQDFIPW-INIZCTEOSA-N

物化性质

• 沸点：
  600.3±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.230±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.1
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.17
• 拓扑面积：
  70.9
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  2

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-2-amino-N-benzyl-3-(1H-indole-3-yl)propanamide 在 三异丙基硅烷 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 (S)-2-amino-N-((S)-1-(benzylamino)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxopropan-2-yl)pent-4-enamide
  参考文献：
  名称：

  通过计算机设计和逐步生物学表征鉴定双重作用的 SARS-CoV-2 蛋白酶抑制剂

  摘要：

  从最近的 2019 年开始，由 SARS-CoV-2 病原体引起的 COVID-19 大流行导致了上个世纪最严重的健康-社会-经济灾难。尽管付出了巨大的科学努力，主要集中在疫苗的开发上，但有效且有效的抗 SARS-CoV-2 疗法的鉴定仍然是一个未满足的需求。Remdesivir 是一种从再利用运动中选出的抗埃博拉药物，是迄今为止唯一获准用于治疗感染的药物。尽管如此，世卫组织在 2020 年晚些时候建议不要将其用于 COVID-19。在本文中，我们描述了作为主要蛋白酶 (M pro ) 抑制剂的小型化合物库的计算机设计的逐步过程。通过对 M pro 的酶促测定筛选所有分子然后，使用 Vero 细胞病毒感染模型评估细胞活性。细胞筛选显示化合物29和34在无毒浓度（0.32 < EC 50  < 5.98 μM）下作为体外 SARS-CoV-2 复制抑制剂。为了使这些结果合理化，进行了额外的体外测定，重点关注木瓜蛋白酶样蛋白酶

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2021.113863
• 作为产物：
  描述：

  N-叔丁氧羰基-L-色氨酸 在 三异丙基硅烷 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 (S)-2-amino-N-benzyl-3-(1H-indole-3-yl)propanamide
  参考文献：
  名称：

  通过计算机设计和逐步生物学表征鉴定双重作用的 SARS-CoV-2 蛋白酶抑制剂

  摘要：

  从最近的 2019 年开始，由 SARS-CoV-2 病原体引起的 COVID-19 大流行导致了上个世纪最严重的健康-社会-经济灾难。尽管付出了巨大的科学努力，主要集中在疫苗的开发上，但有效且有效的抗 SARS-CoV-2 疗法的鉴定仍然是一个未满足的需求。Remdesivir 是一种从再利用运动中选出的抗埃博拉药物，是迄今为止唯一获准用于治疗感染的药物。尽管如此，世卫组织在 2020 年晚些时候建议不要将其用于 COVID-19。在本文中，我们描述了作为主要蛋白酶 (M pro ) 抑制剂的小型化合物库的计算机设计的逐步过程。通过对 M pro 的酶促测定筛选所有分子然后，使用 Vero 细胞病毒感染模型评估细胞活性。细胞筛选显示化合物29和34在无毒浓度（0.32 < EC 50  < 5.98 μM）下作为体外 SARS-CoV-2 复制抑制剂。为了使这些结果合理化，进行了额外的体外测定，重点关注木瓜蛋白酶样蛋白酶

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2021.113863

文献信息

• Virtual Screening of Peptide and Peptidomimetic Fragments Targeted to Inhibit Bacterial Dithiol Oxidase DsbA
  作者：Wilko Duprez、Prabhakar Bachu、Martin J. Stoermer、Stephanie Tay、Róisín M. McMahon、David P. Fairlie、Jennifer L. Martin

  DOI：10.1371/journal.pone.0133805

  日期：——

  Antibacterial drugs with novel scaffolds and new mechanisms of action are desperately needed to address the growing problem of antibiotic resistance. The periplasmic oxidative folding system in Gram-negative bacteria represents a possible target for anti-virulence antibacterials. By targeting virulence rather than viability, development of resistance and side effects (through killing host native microbiota) might be minimized. Here, we undertook the design of peptidomimetic inhibitors targeting the interaction between the two key enzymes of oxidative folding, DsbA and DsbB, with the ultimate goal of preventing virulence factor assembly. Structures of DsbB - or peptides - complexed with DsbA revealed key interactions with the DsbA active site cysteine, and with a hydrophobic groove adjacent to the active site. The present work aimed to discover peptidomimetics that target the hydrophobic groove to generate non-covalent DsbA inhibitors. The previously reported structure of a Proteus mirabilis DsbA active site cysteine mutant, in a non-covalent complex with the heptapeptide PWATCDS, was used as an in silico template for virtual screening of a peptidomimetic fragment library. The highest scoring fragment compound and nine derivatives were synthesized and evaluated for DsbA binding and inhibition. These experiments discovered peptidomimetic fragments with inhibitory activity at millimolar concentrations. Although only weakly potent relative to larger covalent peptide inhibitors that interact through the active site cysteine, these fragments offer new opportunities as templates to build non-covalent inhibitors. The results suggest that non-covalent peptidomimetics may need to interact with sites beyond the hydrophobic groove in order to produce potent DsbA inhibitors.

  迫切需要具有新型骨架和新作用机制的抗菌药物来解决日益严重的抗生素抗药性问题。革兰氏阴性菌中的周质氧化折叠系统代表了抗毒力抗菌药物可能的靶点。通过针对毒力而非生存能力，可能最大限度地减少耐药性的发展和副作用（通过杀死宿主的原生微生物群）。在此，我们进行了设计，旨在针对氧化折叠的两个关键酶DsbA和DsbB之间的相互作用，设计出肽模拟物抑制剂，最终目标是阻止毒力因子组装。DsbB或肽与DsbA复合物的结构揭示了与DsbA活性位点半胱氨酸以及活性位点附近的一个疏水性凹槽的关键相互作用。目前的工作目标是发现靶向疏水性凹槽的肽模拟物，以生成非共价DsbA抑制剂。先前报道的变形杆菌DsbA活性位点半胱氨酸突变体的结构，在非共价复合物中与七肽PWATCDS结合，被用作计算机模拟筛选肽模拟物片段库的模板。得分最高的片段化合物及其九个衍生物被合成，并评估其DsbA结合和抑制作用。这些实验发现了在毫摩尔浓度下具有抑制活性的肽模拟物片段。尽管相对于通过活性位点半胱氨酸相互作用的大分子共价肽抑制剂而言，这些片段的效力较弱，但它们提供了作为构建非共价抑制剂模板的新机会。结果表明，非共价肽模拟物可能需要与疏水性凹槽以外的位点相互作用，才能产生强效的DsbA抑制剂。
• NEW ANTIBODY DRUG CONJUGATES (ADCS) AND THE USE THEREOF
  申请人：SEATTLE GENETICS, INC.

  公开号：US20150023989A1

  公开（公告）日：2015-01-22

  The present application relates to new antibody drug conjugates (ADCs) of N,N dialkylauristatins directed against the target FGFR2, drug metabolites of said ADCs, a method for producing said ADCs, the use of said ADCs for the treatment and/or prevention of illnesses as well as the use of said ADCs for producing pharmaceuticals for the treatment and/or prevention of illnesses, particularly of hyperproliferative and/or angiogenic diseases such as carcinosis. Such treatments can be carried out as monotherapy or in combination with other pharmaceuticals or additional therapeutic measures.

  本申请涉及针对FGFR2靶点的新抗体药物结合物（ADCs），所述ADCs的药物代谢产物，生产所述ADCs的方法，利用所述ADCs治疗和/或预防疾病以及利用所述ADCs生产用于治疗和/或预防疾病的药物，特别是治疗高增殖和/或血管生成性疾病如癌症。这种治疗可以作为单药疗法进行，也可以与其他药物或额外的治疗措施结合使用。
• NOVEL BINDER-DRUG CONJUGATES (ADCs) AND USE OF SAME
  申请人：SEATTLE GENETICS, INC.

  公开号：US20150246136A1

  公开（公告）日：2015-09-03

  The present patent application relates to novel binder-drug conjugates (ADCs) of N,N-dialkylauristatins directed against the target epidermal growth factor receptor (EGFR, gene ID 1956), effective metabolites of these ADCs, methods for producing these ADCs, use of these ADCs for treatment and or prevention of diseases as well as the use of these ADCs to produce pharmaceutical drugs for treatment and/or prevention of diseases, in particular hyperproliferative and/or angiogenic diseases such as cancer, for example. Such treatments may be administered as monotherapy or in combination with other pharmaceutical drugs or other therapeutic measures.

  本专利申请涉及针对靶向表皮生长因子受体（EGFR，基因ID 1956）的新型结合物-药物共轭物（ADCs）N，N-二烷基月桂酰基蛋白酶抑制剂，这些ADCs的有效代谢物，生产这些ADCs的方法，利用这些ADCs治疗和/或预防疾病，以及利用这些ADCs生产用于治疗和/或预防疾病的药物，特别是治疗高增殖和/或血管生成性疾病，如癌症。这种治疗可以作为单药疗法或与其他药物或其他治疗措施联合使用。
• C ring may be dispensable for β-carboline: Design, synthesis, and bioactivities evaluation of tryptophan analog derivatives based on the biosynthesis of β-carboline alkaloids
  作者：Yuanqiong Huang、Yongxian Liu、Yuxiu Liu、Hongjian Song、Qingmin Wang

  DOI：10.1016/j.bmc.2015.08.016

  日期：2016.2

  According to our previous work and the latest research on the biosynthesis of β-carboline, and using the reverse thinking strategy, tryptophan, the biosynthesis precursor of β-carboline alkaloids, and their derivatives were synthesized, and their biological activities and structure–activity relationships were studied. This bioassay showed that these compounds exhibited good inhibitory activities against

  根据我们先前对β-咔啉生物合成的研究和最新研究，并采用逆向思维策略，合成了色氨酸，β-咔啉生物碱的生物合成前体及其衍生物，以及它们的生物活性和构效关系被研究了。这项生物测定结果表明，这些化合物对烟草花叶病毒（TMV）表现出良好的抑制活性。尤其是（S）-2-氨基-3-（1 H-吲哚-3-基）-N-辛基丙酰胺（4）（63.3±2.1％，67.1±1.9％，68.7±1.3％和64.5±3.1％， 500μg/ mL）在体外和体内均表现出最佳的抗病毒活性。化合物4选择该化合物用于野外试验和急性口服毒性试验，结果表明该化合物在野外具有良好的抗TMV活性，而急性口服毒性较低。我们还发现这些化合物显示出抗真菌活性和杀虫活性。
• Modulation of Reactivity in the Cavity of Liposomes Promotes the Formation of Peptide Bonds
  作者：Anna Grochmal、Luba Prout、Robert Makin-Taylor、Rafel Prohens、Salvador Tomas

  DOI：10.1021/jacs.5b06207

  日期：2015.9.30

  to form the dipeptide. By contrast, when the activated amino acid is found outside the liposome, hydrolysis is the prevalent reaction, showing that the cavity of the liposomes promotes the formation of peptide bonds. We attribute this result to the large lipid concentration in small compartments from the point of view of a membrane-impermeable molecule. Based on this result, we show how the outcome of

  在活细胞中，反应发生在膜结合区室中，通常是对环境变化的反应。了解这种区室化如何影响反应将有助于我们在分子水平上获得对生物体的最佳理解，同时，将提供关于简单区室化系统行为的重要线索，例如细胞的益生元前体和细胞- 受启发的人工系统。在这项工作中，我们表明被困在脂质体腔中的反应性构建块（一种活化的氨基酸衍生物）受到保护免于水解，并与另一种具有膜渗透性且在溶液中游离的构建块几乎定量地反应，以形成二肽。相比之下，当在脂质体外发现活化的氨基酸时，水解是普遍的反应，表明脂质体的空腔促进了肽键的形成。从膜不可渗透分子的角度来看，我们将此结果归因于小隔室中的大脂质浓度。基于这一结果，我们展示了如何将反应结果预测为隔室大小的函数。考虑了这些结果对细胞隔室中生物分子行为、非生物发生和人工细胞启发系统设计的影响。