RNA 是一个主要的药物靶点,但调节 RNA 功能的小分子的设计仍然是一个巨大的挑战。在这种情况下,研究了一系列结构同源的“聚酰胺
氨基酸”(P
AA)作为 HIV-1 反式激活反应(TAR)RNA
配体。一项广泛的热力学研究揭示了焓-熵补偿现象的发生,导致所有 P
AA 的 TAR 亲和力非常接近。然而,根据它们的结构,它们的结合模式和它们与 TAt 片段竞争的能力有很大不同。令人惊讶的是,与 TAR 形成松散复合物的 P
AA 比形成紧密复合物的 P
AA 更强,热变性研究表明松散复合物比紧密复合物更稳定。这可能与圆二色性实验揭示的松散和紧密
配体诱导不同的 RNA 构象变化有关,尽管核磁共振 (NMR) 实验表明 TAR 结合位点在所有情况下都是相同的。最后,一些松散的 P
AA 也显示出对 HIV 感染细胞的有希望的抑制活性。总之,这些结果有助于更好地理解 RNA 相互作用模式,这对于设计相关 RNA