[(2R,3S,5R)-5-(4-氨基-5-碘-2-氧代嘧啶-1-基)-3-羟基四氢呋喃-2-基]甲基(羟基-膦酰氧基磷酰)磷酸氢酯 | 31747-59-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 中文名称: [(2R,3S,5R)-5-(4-氨基-5-碘-2-氧代嘧啶-1-基)-3-羟基四氢呋喃-2-基]甲基(羟基-膦酰氧基磷酰)磷酸氢酯
• 英文名称: 5-iodo-2'-deoxycytidine 5'-O-triphosphate
• 英文别名: IdCTP；[[(2R,3S,5R)-5-(4-amino-5-iodo-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 31747-59-8
• 化学式: C₉H₁₅IN₃O₁₃P₃
• 分子量: 593.056
• InChiKey: OOMLBPVHGFQCCL-RRKCRQDMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.8
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  248
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  13

安全信息

• 危险品标志：
  T
• 危险类别码：
  R23/24/25,R36/37/38
• 安全说明：
  S22,S26,S36,S45

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2R,3S,5R)-5-(4-氨基-5-碘-2-氧代嘧啶-1-基)-3-羟基四氢呋喃-2-基]甲基(羟基-膦酰氧基磷酰)磷酸氢酯 在 ammonium acetate 、 trisodium tris(3-sulfophenyl)phosphine 、 palladium diacetate 、 caesium carbonate 、 溶剂黄146 、 苯胺 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 21.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  dra修饰的核苷酸的合成及其在DNA上的聚合酶掺入以用于氧化还原标记

  摘要：

  5-（5-甲酰噻吩-2-基）胞嘧啶，7-（5-甲酰噻吩-2-基）-7-脱氮杂腺苷2'-脱氧核糖核苷及其5'- O将三磷酸酯（dNTP）转化为2,4-二硝基苯hydr或硝基苯并呋喃基。polymer修饰的dNTPs通过聚合酶催化的引物延伸（PEX）酶促地掺入了DNA中。direct连接的dNTPs的这种直接掺入与醛修饰的dNTPs先前报道的掺入，DNA上合成后posts的掺和进行了比较，表明直接掺入可用于掺入更多的units单元，但是，更清洁的PEX产品是通过醛的掺入并随后与肼反应。对硝基芳基aryl连接的核苷和DNA的电化学行为进行了广泛的研究，证实了,、硝基芳基和苯并呋喃氮烷基团在DNA的氧化还原标记中的潜在用途。

  DOI：

  10.1002/cplu.201200056
• 作为产物：
  描述：

  5-碘-2'-脱氧胞苷 在 2-氯-1,3,2-苯并二氧磷杂环己烷-4-酮 、 三正丁胺 、 碘 、 三丁基焦磷酸铵 作用下， 以 吡啶 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.25h， 生成 [(2R,3S,5R)-5-(4-氨基-5-碘-2-氧代嘧啶-1-基)-3-羟基四氢呋喃-2-基]甲基(羟基-膦酰氧基磷酰)磷酸氢酯
  参考文献：
  名称：

  利用底物混杂性开发基于活性的 TET 家族酶探针

  摘要：

  10-11 易位 (TET) 酶催化基因组 DNA 中 5-甲基胞嘧啶的重复氧化。由于追踪复杂 DNA 底物内反应性的挑战，探测 TET 活性的化学工具有限，尽管这些酶在表观遗传调控中发挥着至关重要的作用。在此，基于相关 Fe(II)/α-酮戊二酸依赖性双加氧酶的先例，我们证明 TET 酶可以通过非自然的 5 位修饰混杂地作用于胞嘧啶碱基。 DNA 中 5-乙烯基胞嘧啶 (vC) 的氧化导致主要形成 5-甲酰甲基胞嘧啶产物，该产物可被有效标记以提供 TET 活性的终点读数。此外，与 5-乙炔基胞嘧啶 (eyC) 的反应会形成高能烯酮中间体，即使在总细胞裂解液的复杂环境中，该中间体也可以选择性地捕获任何活性 TET 同工型作为共价酶-DNA 复合物。因此，利用底物混杂性提供了一种新的、必要的方法来直接跟踪体外或体内的 TET 活性。

  DOI：

  10.1021/jacs.8b04722

文献信息

• Alkylsulfanylphenyl Derivatives of Cytosine and 7-Deazaadenine Nucleosides, Nucleotides and Nucleoside Triphosphates: Synthesis, Polymerase Incorporation to DNA and Electrochemical Study
  作者：Hana Macíčková-Cahová、Radek Pohl、Petra Horáková、Luděk Havran、Jan Špaček、Miroslav Fojta、Michal Hocek

  DOI：10.1002/chem.201003496

  日期：2011.5.16

  halogenated nucleosides, nucleotides and nucleoside triphosphates derived from 5‐iodocytosine and 7‐iodo‐7‐deazaadenine with methyl‐, benzyl‐ and tritylsufanylphenylboronic acids gave the corresponding alkylsulfanylphenyl derivatives of nucleosides and nucleotides. The modified nucleoside triphosphates were incorporated into DNA by primer extension by using Vent(exo‐) polymerase. The electrochemical behaviour

  来自5-碘代胞嘧啶和7-碘代-7-脱氮杂腺嘌呤的卤代核苷，核苷酸和三磷酸核苷的Suzuki-Miyaura水溶液与甲基，苄基和三苯甲基磺酰基苯基硼酸的交叉偶联反应得到了相应的核苷和核苷酸烷基硫烷基苯基衍生物。使用Vent（exo-）聚合酶通过引物延伸将修饰的三磷酸核苷掺入DNA中。烷基硫烷基苯基核苷的电化学行为表明在电极上形成致密层。修饰的核苷酸和结合了苄基或三苯硫基硫烷基苯基的DNA在[Co（NH 3）6 ] 3+中产生信号铵缓冲液，归因于Brdička催化反应，具体取决于所施加的负电位。在这种介质中反复进行恒流计时电位扫描，发现其Brdička催化反应增强，这表明在该条件下，烷基硫烷基衍生物脱保护为游离硫醇。
• [EN] LIPIDIC COMPOUNDS COMPRISING AT LEAST ONE TERMINAL RADICAL OF FORMULA -NH-CX-A OR -NH-CX-NH-A, COMPOSITIONS CONTAINING THEM AND USES THEREOF<br/>[FR] COMPOSÉS LIPIDIQUES COMPRENANT AU MOINS UN RADICAL TERMINAL DE FORMULE -NH-CX-A OU -NH-CX-NH-A, COMPOSITIONS LES CONTENANT ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：SANOFI PASTEUR

  公开号：WO2022013443A1

  公开（公告）日：2022-01-20

  The disclosure relates to novel lipidic compounds, lipid nanoparticles (LNPs) containing thereof, and the use of the lipidic compounds or the LNPs for the delivery of nucleic acid. The lipidic compounds as disclosed herein comprise at least one terminal radical of formula (I): *-NH-CX-(NH)n-A (I) wherein: - *- represents a single bond linking said radical of formula (I), directly or not, to to one C10 to C55 lipophilic or hydrophobic tail-group; - n is 0 or 1; - X is an oxygen or sulfur atom, and - A represents an optionally substituted 5- or 6-membered unsaturated heterocyclic radical or 5- or 6-membered heteroaromatic ring radical, both containing at least one nitrogen atom; or one of the pharmaceutically acceptable salts of said radical of formula (I); and with said compound that is in all the possible racemic, enantiomeric and diastereoisomeric isomer forms.

  该披露涉及新型脂质化合物，含有该脂质化合物的脂质纳米颗粒（LNPs），以及利用该脂质化合物或LNPs用于传递核酸。所述的脂质化合物至少包括一个式（I）的末端基团：*-NH-CX-(NH)n-A（I）其中：- *-代表连接所述式（I）的基团的单键，直接或间接地，连接到一个C10至C55的亲脂性或疏水性尾基团；- n为0或1；- X为氧或硫原子，- A代表一个可选择地取代的含有至少一个氮原子的5-或6-成员不饱和杂环基团或5-或6-成员杂芳环基团；或所述的式（I）基团的药学上可接受的盐之一；以及与所述化合物一起，以所有可能的外消旋、对映异构体和顺反异构体形式存在。
• Phosphine-Free Stille-Migita Chemistry for the Mild and Orthogonal Modification of DNA and RNA
  作者：André Krause、Alexander Hertl、Fabian Muttach、Andres Jäschke

  DOI：10.1002/chem.201404843

  日期：2014.12.8

  An optimized catalyst system of [Pd2(dba)3] and AsPh3 efficiently catalyzes the Stille reaction between a diverse set of functionalized stannanes and halogenated mono‐, di‐ and oligonucleotides. The methodology allows for the facile conjugation of short and long nucleic acid molecules with moieties that are not compatible with conventional chemical or enzymatic synthesis, among them acid‐, base‐, or

  优化的[Pd 2（dba）3 ]和AsPh 3催化剂体系可有效催化各种功能化的锡烷与卤化的单，二和寡核苷酸之间的Stille反应。该方法允许将短和长核酸分子与不兼容常规化学或酶促合成的部分轻松偶联，其中酸，碱或氟化物不敏感的保护基，发荧光和难于合成的具有挑战性的部分接近定量的收益率。值得注意的是，甚至叠氮化物也可以直接引入寡核苷酸和（脱氧）核苷三磷酸中，从而直接进入“可点击的”核酸。
• Phenothiazine-linked nucleosides and nucleotides for redox labelling of DNA
  作者：Anna Simonova、Luděk Havran、Radek Pohl、Miroslav Fojta、Michal Hocek

  DOI：10.1039/c7ob01439b

  日期：——

  Nucleosides and 2′-deoxyribonucleoside triphosphates (dNTPs) bearing phenothiazine (PT) attached to a nucleobase (cytosine or 7-deazaadenine) either directly or through an acetylene linker were prepared through Suzuki or Sonogashira cross-coupling and triphosphorylation, and were studied as building blocks for polymerase construction of modified DNA. The directly PT-substituted dNTPs were better substrates

  通过Suzuki或Sonogashira交叉偶联和三磷酸化反应制备直接或通过乙炔连接基连接吩噻嗪（PT）的吩噻嗪（PT）的核苷和2'-脱氧核糖核苷三磷酸（dNTPs），并作为建筑进行研究修饰的DNA的聚合酶构建的功能块。直接PT取代的dNTPs是比炔烃连接的dNTPs更好的聚合酶底物，但它们均被用于通过引物延伸，切口酶扩增，PCR或末端脱氧核苷酸转移酶进行3'-尾标记的DNA的酶促合成中。吩噻嗪用作核苷和DNA的可氧化氧化还原标记（在电极上产生两个分析上有用的氧化信号），还与先前开发的苯并呋喃烷或硝基苯基标记正交组合用于DNA碱基的氧化还原编码。因此，标题PT连接的dNTPs是核苷酸组合中有用的添加物，用于酶促合成氧化还原标记的DNA进行电化学分析。
• [EN] CLEAVABLE LIPIDIC COMPOUNDS, COMPOSITIONS CONTAINING THEREOF, AND USES THEREOF<br/>[FR] COMPOSÉS LIPIDIQUES CLIVABLES, COMPOSITIONS LES CONTENANT ET UTILISATIONS ASSOCIÉES
  申请人：SANOFI PASTEUR

  公开号：WO2022013439A1

  公开（公告）日：2022-01-20

  The disclosure relates to novel lipidic compounds, method of manufacturing lipid nanoparticles (LNPs) containing thereof, lipid nanoparticles (LNPs) containing thereof, and the use of the LNPs for the delivery of nucleic acid. The lipidic compounds as disclosed herein is a cleavable lipidic compound comprising at least one terminal radical of formula (I): Y-(CHR)n-Z-(CHR')p-Q * (I) wherein: - * is the end linked, directly or not, to one C10 to C55 lipophilic or hydrophobic tail-group; - Y is a radical selected in the group consisting of methyl, methoxy, trifluoromethyl, imidazolyl, or is one hydrogen; - Z is a radical -NH-CH2-CO-O-** or a radical -CR''(NH2)-CO-O-** with ** that is the end closest to Q and R'' that is selected in the group consisting of hydrogen, methyl radical and trifluoromethyl radical; - Q is a radical -NH-CH2-CO-O-*** or a radical -CR''(NH2)-CO-O-*** with R'' selected in the group consisting of hydrogen, methyl radical and trifluoromethyl radical and *** that is the end linked, directly or not, to said lipophilic or hydrophobic tail-group; - R et R' are, independently one from the other, one hydrogen, one methyl radical or one trifluoromethyl radical; - n et p are independently one from the other 0, 1 or 2; or one of its pharmaceutically acceptable salts and with said compound being in all the possible racemic, enantiomeric and diastereoisomeric isomer forms.

  该披露涉及新型脂质化合物，制造含有脂质纳米颗粒（LNPs）的方法，含有脂质纳米颗粒（LNPs），以及将LNPs用于传递核酸。所述的脂质化合物是一种可切割的脂质化合物，包括至少一个式（I）的末端基团：Y-(CHR)n-Z-(CHR')p-Q *（I）其中：- *是末端连接的，直接或间接连接到一个C10至C55的亲脂性或疏水性尾基团；- Y是在甲基，甲氧基，三氟甲基，咪唑基中选择的基团，或是一个氢原子；- Z是一个基团-NH-CH2-CO-O-**或一个基团-CR''(NH2)-CO-O-**，其中**是最接近Q的末端，R''在氢原子，甲基基团和三氟甲基基团中选择；- Q是一个基团-NH- -CO-O-***或一个基团-CR''(NH2)-CO-O-***，其中R''在氢原子，甲基基团和三氟甲基基团中选择，***是直接或间接连接到所述亲脂性或疏水性尾基团的末端；- R和R'是彼此独立的氢原子，甲基基团或三氟甲基基团；- n和p是彼此独立的0、1或2；或其药用可接受的盐，所述化合物以所有可能的外消旋、对映异构体和顄对映异构体形式存在。