4-((5-aminopentyl)(hydroxy)amino)-4-oxobutanoic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: 4-((5-aminopentyl)(hydroxy)amino)-4-oxobutanoic acid
• 英文别名: N-(3-carboxypropanoyl)-N-hydroxycadaverine zwitterion；4-[5-azaniumylpentyl(hydroxy)amino]-4-oxobutanoate
• 化学式: C₉H₁₈N₂O₄
• 分子量: 218.253
• InChiKey: VUXMGAKZQBQIAH-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.5
• 重原子数：
  15
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.78
• 拓扑面积：
  104
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-((5-aminopentyl)(hydroxy)amino)-4-oxobutanoic acid 在 dimerization macrocyclisation type C synthetase BibC^C 、 5’-三磷酸腺苷 、 magnesium chloride 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 1,12-二羟基-1,6,12,17-四氮杂环二十二烷-2,5,13,16-四酮
  参考文献：
  名称：

  一种酶可以全部构建：环大小的工程铁载体抑制了弧菌的成群运动

  摘要：

  细菌通过产生铁载体来竞争铁离子，一些微生物通过清除竞争对手的铁载体来进行盗版。希瓦氏菌藻类的大环异羟肟酸酯铁载体阿瓦铁蛋白通过逃避这种海盗行为而抑制了溶藻弧菌的蜂拥而至。Avaroferrin以及相关的腐菌素和比卡伯丁由类似IucC的合成酶AvbD，PubC和BibC C产生。在这里，我们已经确定它们不仅能够合成其天然产物而且还能够合成其他铁载体。通过合成前体利用这种宽松的底物特异性，可生成15个不同的环大小工程化大环，范围从18至28元环，表明酶具有前所未有的生物合成灵活性。通过藻类前体定向生物合成可以大量获得其中的两种新型铁载体。两者均抑制了弧菌的蜂群运动，并且与阿瓦铁蛋白相似，最活跃的一种表现出异二聚体结构。我们的结果证明了微小的结构变化对生物活性的影响，这可能会触发铁载体多样性的演变。

  DOI：

  10.1021/acschembio.8b00084
• 作为产物：
  描述：

  4-[benzyloxy-[5-(benzyloxycarbonylamino)pentyl] amino]-4-oxo-butanoic acid 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 乙酸乙酯 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 7.0h， 以95%的产率得到4-((5-aminopentyl)(hydroxy)amino)-4-oxobutanoic acid
  参考文献：
  名称：

  正电子和反铁（III）或镓（III）去铁敏胺E和使用金属模板合成的内羟基肟酸单体制备的扩环类似物

  摘要：

  一种金属模板合成（MTS）方法用于preorganize正向内-hydroxamic酸单体4 - [（5-氨基戊基）（羟基）氨基] -4-氧代丁酸（用于在约铁（III）-PBH）肽偶联后，金属/配体比率为1：3，可为-[Fe（DFOE）]（铁氧胺E）提供铁（III）铁载体。取代为-PBH与反向（逆）异羟肟酸类似物3-（6-氨基- ñ -hydroxyhexanamido）丙酸（RET -PBH）布置RET - [Fe（上DFOE）]（RET -ferrioxamine E）。作为异构体，对- [Fe（上DFOE）]和RET - [Fe（上DFOE）〕得到相同质谱信号（[M + H+ ] +，米/ Ž计算值654.3，米/ Ž OBS 654.3），但为- [Fe（上DFOE）〕洗脱以更极性窗口（吨- [R = 23.44分钟）比保留- [Fe（上DFOE）]（吨R = 28.13分钟）在C

  DOI：

  10.1021/acs.inorgchem.5b00141

文献信息

• Engineering a cleavable disulfide bond into a natural product siderophore using precursor-directed biosynthesis
  作者：Tomas Richardson-Sanchez、Rachel Codd

  DOI：10.1039/c8cc04981e

  日期：——

  An analogue of the bacterial siderophore desferrioxamine B (DFOB) containing a disulfide motif in the backbone was produced from Streptomyces pilosus cultures supplemented with cystamine.

  在添加半胱氨酸的情况下，从链霉菌培养物中产生了一种含有二硫桥的细菌铁载体去铁胺B（DFOB）的类似物。
• [EN] HYDROXAMIC ACID-BASED COMPOUNDS<br/>[FR] COMPOSÉS À BASE D'ACIDE HYDROXAMIQUE
  申请人：UNIV SYDNEY

  公开号：WO2017096430A1

  公开（公告）日：2017-06-15

  The present invention relates to hydroxamic acid-based compounds, their intermediates, preparation and uses. The compounds are useful in imaging, particularly for the imaging of tumours and cancer, and especially for the imaging of prostate cancer. The present invention also relates to compositions including the compounds, and to methods of imaging cells, in vitro biopsy samples and/or patients using the compounds.

  本发明涉及基于羟羧胺酸的化合物，它们的中间体，制备和用途。这些化合物在成像方面很有用，特别是用于肿瘤和癌症的成像，尤其是用于前列腺癌的成像。本发明还涉及包括这些化合物的组合物，以及使用这些化合物成像细胞、体外活检样本和/或患者的方法。
• Octadentate Zirconium(IV)-Loaded Macrocycles with Varied Stoichiometry Assembled From Hydroxamic Acid Monomers using Metal-Templated Synthesis
  作者：William Tieu、Tulip Lifa、Andrew Katsifis、Rachel Codd

  DOI：10.1021/acs.inorgchem.7b00362

  日期：2017.3.20

  The reaction between Zr(IV) and the forward endo-hydroxamic acid monomer 4-[(5-aminopentyl)(hydroxy)amino]-4-oxobutanoic acid (for-PBH) in a 1:4 stoichiometry in the presence of diphenylphosphoryl azide and triethylamine gave the octadentate Zr(IV)-loaded tetrameric hydroxamic acid macrocycle for-[Zr(DFOT1)] ([M + H]+ calc 887.3, obs 887.2). In this metal-templated synthesis (MTS) approach, the coordination

  锆（IV）和正向之间的反应内[（5-氨基戊基）（羟基）氨基] -4-氧代丁酸（ - -hydroxamic酸单体4为4的化学计量在二苯基磷的存在：在一个1 -PBH）和三乙胺，得到的Zr octadentate（IV）四聚物-loaded异羟肟酸的大环为- [锆（DFOT 1）]（[M + H] +计算值887.3，887.2 OBS）。在这种金属模板合成（MTS）方法中，Zr（IV）的配位偏好指示了在肽偶联条件下闭环之前，围绕金属离子的-PBH配体的四个富氧双齿的预组织。更换为带有5-[（（5-氨基戊基）（羟基）氨基] -5-氧戊酸（-PPH）的-PBH （在单体的二羧酸区域含有一个额外的亚甲基）得到类似的Zr（IV）-加载的大环化合物为- [锆（PPDFOT 1）]（[M + H] +计算值943.4，OBS 943.1）。第二，在从所述液体色谱良好分辨峰为-PPh MTS系统的特征还在于，与[M
• Bisucaberin biosynthesis: an adenylating domain of the BibC multi-enzyme catalyzes cyclodimerization of N-hydroxy-N-succinylcadaverine
  作者：Nadia Kadi、Lijiang Song、Gregory L. Challis

  DOI：10.1039/b813029a

  日期：——

  The bisucaberin biosynthetic gene cluster has been identified in Vibrio salmonicida and a domain from within the BibC multienzyme encoded by the cluster has been shown to catalyse ATP-dependent dimerisation and macrocyclisation of N-hydroxy-N-succinylcadaverine to form bisucaberin.

  在沙门氏菌中发现了双缩氨酸生物合成基因簇，该基因簇编码的 BibC 多酶内的一个结构域被证明可催化依赖 ATP 的 N-hydroxy-N-succinylcadaverine 二聚化和大环化，形成双缩氨酸。
• Reverse Biosynthesis: Generating Combinatorial Pools of Drug Leads from Enzyme-Mediated Fragmentation of Natural Products
  作者：Tomas Richardson-Sanchez、William Tieu、Rachel Codd

  DOI：10.1002/cbic.201600636

  日期：2017.2.16

  desferrioxamine B (1) gave a pool of catabolites; subsequent derivatisation yielded a 5‐lipoxygenase inhibitor. This top‐down approach to generate new drug leads from a natural product, “reverse biosynthesis”, provides a new perspective on natural products as a resource for drug discovery.

  建设性破坏：天然产物去铁草胺B（1）的酶介导裂解产生大量的分解代谢产物。随后的衍生化产生了5-脂氧合酶抑制剂。这种从天然产物“逆向生物合成”产生新药线索的自上而下的方法为将天然产物作为发现药物的资源提供了新的视角。