[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-5-thiophen-2-ylpyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate | 1176747-61-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-5-thiophen-2-ylpyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 1176747-61-7
• 化学式: C₁₃H₁₇N₂O₁₅P₃S
• 分子量: 566.27
• InChiKey: IWVKYAOPIKSGFH-UGKPPGOTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.8
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  287
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-5-thiophen-2-ylpyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate 、 胞苷-5’-三磷酸 、 5’-三磷酸腺苷 、 Guanosine 5'-triphosphate 在 T₇ RNA polymerase 、 亚精胺 、 乙二胺四乙酸 、 3'-ATT ATG CTG AGT GAT ATC GCG GCA CGT-5' 、 5'-TAA TAC GAC TCA CTA TAG-3' 、 三羟甲基氨基甲烷盐酸盐 、 sodium chloride 、 magnesium chloride 、 1,4-二巯基-2,3-丁二醇 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 12.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  发射性嘧啶核糖核苷酸的酶促掺入

  摘要：

  发射：T7 RNA 聚合酶结合一系列噻吩修饰的三磷酸尿苷 (UTP) 类似物来生成发射 RNA 转录本。标记实验表明，该酶经常在掺入位置暂停，当掺入确实发生时，T7 RNA 聚合酶无法延长修饰的寡核苷酸并产生中止的转录本。TP=三磷酸盐。

  DOI：

  10.1002/asia.200800370
• 作为产物：
  描述：

  5-(thiophen-2-yl)uridine 在 磷酸三甲酯 、 三氯氧磷 、 三正丁胺 、 tri-n-butylamine pyrophosphate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.08h， 生成 [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-5-thiophen-2-ylpyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
  参考文献：
  名称：

  非天然荧光核苷酸的转录及其在氧化石墨烯中用于简单直接检测miRNA的应用

  摘要：

  在这项研究中，我们合成了两个不同大小的荧光RNA核苷酸rUthioTP和rUpyrTP，并使用T7 RNA聚合酶检查了它们的转录能力。较小的rUthioTP可以掺入并延伸以产生相应的RNA序列，但rUpyrTP不能。然后，我们将此含rUthioTP的荧光转录系统与氧化石墨烯（GO）结合使用，以高灵敏度和选择性检测miRNA 146a。转录的RNA产物和GO的这种组合是用于检测miRNA 146a的简单原位探测系统—既省时又更具成本效益。

  DOI：

  10.1002/bkcs.11549