2'-deoxy-5'-O-pivaloylthymidine | 40733-25-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-deoxy-5'-O-pivaloylthymidine
• 英文别名: 5'-O-(trimethylacetyl)thymidine；5'-O-pivaloylthymidine；O^5'-(2,2-dimethyl-propionyl)-thymidine；5'-O-Trimethylacetyl-thymidin；Thymidine, 5'-(2,2-dimethylpropanoate)；[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl 2,2-dimethylpropanoate
• CAS: 40733-25-3
• 化学式: C₁₅H₂₂N₂O₆
• 分子量: 326.349
• InChiKey: BRNFAYVGWLKRPV-HBNTYKKESA-N

物化性质

• 密度：
  1.278±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-deoxy-5'-O-pivaloylthymidine 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 sodium methylate 、 sodium hydride 、 potassium carbonate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 丙酮 为溶剂， 25.0~56.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 33.5h， 生成 2'-deoxy-5'-O-phosphonomethylthymidine diethyl ester
  参考文献：
  名称：

  Krecmerova, Marcela; Hrebabecky, Hubert; Holy, Antonin, Collection of Czechoslovak Chemical Communications, 1990, vol. 55, # 10, p. 2521 - 2536

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  5'-O,N3-dipivaloylthymidine 在 水 作用下， 反应 0.25h， 以90%的产率得到2'-deoxy-5'-O-pivaloylthymidine
  参考文献：
  名称：

  A convenient protection for 4-oxopyrimidine moieties in nucleosides by the pivaloyl group

  摘要：

  对蒽酰基团作为胸腺嘧啶和尿嘧啶N3位置的保护的应用进行了研究。胸腺嘧啶的蒽酰化是一种非常快速的反应，在温和条件下进行，具有对糖或胸嘧啶基团的优异区域选择性，取决于使用的胺类。通过在不同实验条件下使用蒽酰氯处理未受保护的胸腺嘧啶，得到了几种蒽酰化胸腺嘧啶衍生物。评估了N3-蒽酰保护基在酸性和碱性条件下的稳定性，并找到了其选择性去除的条件。

  DOI：

  10.1135/cccc2009084

文献信息

• [EN] LINKAGE MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS<br/>[FR] COMPOSÉS OLIGOMÈRES MODIFIÉS PAR LIAISON
  申请人：IONIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2019245957A1

  公开（公告）日：2019-12-26

  The present invention provides gapped oligomeric compounds comprising from 1 to about 3 internucleoside linkages having one of formulas I to XVI. In certain embodiments, inclusion of from 1 to about 3 internucleoside linkages of one of formulas I to XVI, improves selectivity for a target RNA relative to an off target RNA. In certain embodiments, the improved selectivity also provides an improved toxicity profile. Certain such oligomeric compounds are useful for hybridizing to a complementary nucleic acid, including but not limited, to nucleic acids in a cell. In certain embodiments, hybridization results in modulation of the amount of activity or expression of the target nucleic acid in a cell.

  本发明提供了包含从1到大约3个核苷酸间连接的间隙寡聚合物化合物，其中所述核苷酸间连接具有I至XVI式中的一种。在某些实施例中，包含I至XVI式中的一种核苷酸间连接，可以提高与目标RNA相对于非靶RNA的选择性。在某些实施例中，提高的选择性还提供了改进的毒性概况。某些这样的寡聚合物化合物适用于与互补核酸杂交，包括但不限于细胞中的核酸。在某些实施例中，杂交导致细胞中目标核酸的活性或表达量的调节。
• Chiral Diaryliodonium Phosphate Enables Light Driven Diastereoselective α-C(sp³)–H Acetalization
  作者：Baihua Ye、Jie Zhao、Ke Zhao、Jeffrey M. McKenna、F. Dean Toste

  DOI：10.1021/jacs.8b05962

  日期：2018.7.5

  C(sp3)-H bond functionalization has emerged as a robust tool enabling rapid construction of molecular complexity from simple building blocks, and the development of asymmetric versions of this reaction creates a powerful methodology to access enantiopure sp3-rich materials. Herein, we report the stereoselective functionalization of C(sp3)-H bonds of cyclic ethers employing a photochemically active

  C(sp3)-H 键功能化已成为一种强大的工具，能够从简单的构建模块快速构建分子复杂性，并且该反应的不对称版本的开发创建了一种获得对映体纯 sp3 丰富材料的强大方法。在此，我们报道了使用光化学活性二芳基碘鎓盐与阴离子相转移催化剂组合对环醚的C(sp3)-H键进行立体选择性官能化。本文概述的合成策略允许使用醇亲核试剂对呋喃和吡喃的α-CH缩醛化进行区域化学和立体化学控制，从而提供控制立体外环缩醛碳的构型的能力。
• Chemical Synthesis, Crystal Structure and Enzymatic Evaluation of a Dinucleotide Spore Photoproduct Analogue Containing a Formacetal Linker
  作者：Gengjie Lin、Chun-Hsing Chen、Maren Pink、Jingzhi Pu、Lei Li

  DOI：10.1002/chem.201101821

  日期：2011.8.22

  composes the unique SP biochemistry. Despite the fact that the SP was discovered almost 50 years ago, its crystal structure is still unknown and the lack of structural information greatly hinders the study of SP biochemistry. Employing a formacetal linker and organic synthesis, we successfully prepared a dinucleotide SP isostere 5R‐CH2SP, which contains a neutral CH2 moiety between the two thymine residues

  孢子光产物 (SP) 是在细菌内生孢子中发现的唯一 DNA 光损伤产物。它通过金属酶孢子光产物裂解酶 (SPL) 进行光形成和修复，构成了独特的 SP 生物化学。尽管SP已在近50年前被发现，但其晶体结构仍然未知，结构信息的缺乏极大地阻碍了SP生物化学的研究。使用甲缩醛连接剂和有机合成，我们成功地制备了二核苷酸 SP 等排体 5 R -CH 2 SP，其中包含一个中性 CH 2两个胸腺嘧啶残基之间的部分而不是磷酸盐。中性连接子极大地促进了结晶过程，使我们能够在发现半个世纪后获得这种有趣的胸腺嘧啶二聚体的晶体结构。对该 5 R -CH 2 SP 化合物的进一步 ROESY 光谱、DFT 计算和酶促研究证明它具有与 5 R -SP 物种相似的特性，表明所揭示的结构真正反映了自然界中产生的 SP 的结构。
• Hydrolytic stability of nucleoside phosphotriesters derived from bis(hydroxymethyl)-1,3-dicarbonyl compounds and their congeners: towards a novel pro-drug strategy for antisense oligonucleotides
  作者：Mikko Ora、Esa Mäki、Päivi Poijärvi、Kari Neuvonen、Mikko Oivanen、Harri Lönnberg

  DOI：10.1039/b101754n

  日期：——

  (1b), 2,2-bis(cyano)-3-(4,4′-dimethoxytrityloxy)propyl (1c) or 2-acetyl-2-benzoyl-3-(4,4′-dimethoxytrityloxy)propyl (1d) protecting group have been prepared. Additionally were synthesized the O- and S-esterified phosphoromonothioate analogs of 1b. After removal of the dimethoxytrityl group under acidic conditions, each of the detritylated protecting groups is readily cleaved from the phosphate/thiophosphate

  已经制备了衍生自双（羟甲基）-1,3-二羰基化合物及其同类物的四个不同的核苷磷酸二酯保护基，并将其引入5'- O-新戊酰基胸苷3'-（2-甲氧基乙基）磷酸酯及其单硫代酸酯类似物。具有2,2-双（乙氧基羰基）-3-（4,4'-二甲氧基三苯甲基氧基）丙基（1a），2-氰基-2-甲氧基羰基-3-（4,4'-二甲氧基三苯甲基氧基）丙基（1b）的核苷磷酸三酯1,2,2-双（氰基）-3-（4,4'-二甲氧基三苯甲氧基）丙基（1c）或2-乙酰基-2-苯甲酰基-3-（4,4'-二甲氧基三苯甲氧基）丙基（1d）具有准备好了。另外合成了O-和S-酯化的单硫代磷酸酯类似物1b。在酸性条件下除去二甲氧基三苯甲基之后，每个去三苯甲基化的保护基很容易通过建议涉及碱催化的逆醛醇缩合反应并从形成的碳负离子中间体中消除磷酸二酯的反应而从磷酸酯/硫代磷酸酯部分裂解。 。通过HPLC在2-7的pH范围内研究了氢氧根离子催化的裂解动力学。在pH
• 4-Acetylthio-2,2-dimethyl-3-oxobutyl Group as an Esterase- and Thermo-Labile Protecting Group for Oligomeric Phosphodiesters
  作者：Anna Leisvuori、Harri Lönnberg、Mikko Ora

  DOI：10.1002/ejoc.201402412

  日期：2014.9

  (4-Acetylthio-2,2-dimethyl-3-oxobutyl)-protected oligomeric phosphodiesters 1 and 2 were synthesized and removal of the protecting groups in the presence and absence of hog liver esterase was followed at pH 7.5 and 37 °C. Phosphotriesters 1 and 2 were successfully converted into the desired fully deprotected phosphodiesters 3 and 4, respectively. Some cleavage of internucleosidic P–O bonds took place

  合成了 (4-乙酰硫基-2,2-二甲基-3-氧代丁基)-保护的寡聚磷酸二酯 1 和 2，并在 pH 7.5 和 37 °C 下在猪肝酯酶存在和不存在的情况下去除保护基团。磷酸三酯 1 和 2 分别成功转化为所需的完全脱保护的磷酸二酯 3 和 4。发生了一些核苷间 P-O 键的断裂，这降低了 3 和 4 的产率。保护基团的非酶促去除仅因分子上负电荷的积累而适度延迟。对于 1，第一和第二保护基团离开的半衰期分别为 7.8 和 10.7 小时，分别为 2、6.2 和 7.2 小时。4 天后，70% 的原料 1 和 2 转化为未保护的磷酸二酯。