8-aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine | 17318-21-7

• 物质功能分类: 生物化工 - 核酸类
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡唑并嘧啶类
• 英文名称: 8-aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: 8-aza-7-deaza-2’-deoxyadenosine；7-deaza-8-aza-2'-deoxyadenosine；8-Aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine (4-amino-1-(beta-d-2-deoxyribofuranosyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidine；(2R,3S,5R)-5-(4-aminopyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol
• CAS: 17318-21-7
• 化学式: C₁₀H₁₃N₅O₃
• 分子量: 251.245
• InChiKey: GQDCTRKQKKYCHJ-XLPZGREQSA-N

物化性质

• 熔点：
  245 °C
• 沸点：
  599.3±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.91±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.8
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  8-aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine 在 sodium hydroxide 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 sodium acetate buffer 、 溶剂黄146 、 sodium nitrite 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 71.0h， 生成 7-deaza-2,8-diaza-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  Pyrazolo[3,4-d][1,2,3]triazine DNA:  Synthesis and Base Pairing of 7-Deaza-2,8-diaza-2‘-deoxyadenosine

  摘要：

  7-Deaza-2,8-diaza-2'-deoxyadenosine (4) was synthesized from 8-aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine (1) via the 1,N-6-etheno derivative 5. Ring opening with sodium hydroxide followed by ring closure in the presence of sodium nitrite formed the tricyclic intermediate 5 from which the transiently introduced "etheno" moiety was removed with NBS. Compound 4 was converted to the phosphoramidite 11, which was employed in solid-phase oligonucleotide synthesis. Base pairing studies on 4, incorporated in a 12-mer duplex, showed that this adenine nucleoside analogue forms a strong base pair with dG but not with dT. This novel base pair is as stable as that of the canonical dA-dT pair. As a result of the absence of nitrogen-7 compound 4 is expected to form a face to face base pair with dG.

  DOI：

  10.1021/jo040150i
• 作为产物：
  描述：

  1-Α-氯-3,5-二-O-对甲苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖 在 氢氧化钾 、 氨 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 17.5h， 生成 8-aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  8-aza-7-deazaadenine和7-deazaguanine：核苷和寡核苷酸（在8位连接有核碱基）的合成和性质。

  摘要：

  8-aza-7-deazaadenine（吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-胺）N8-（2'-脱氧核糖核苷）（2）和7-deazaguanine（吡咯并[3,4-d]嘧啶-合成2-氨基-（3H）-4-一个）C8-（2'-脱氧核糖核苷）（4），并利用亚磷酰胺化学将其掺入寡核苷酸中。带有化合物2的寡核苷酸能够与四种标准DNA成分形成碱基对，而没有明显的结构区分。通过脱氧从相应的核糖核苷获得核苷4。包含化合物4的寡核苷酸显示出与2'-脱氧异鸟苷类似的碱基配对特性。

  DOI：

  10.1081/ncn-100002334

文献信息

• Synthesis of 2-Deoxy-β-D-ribonucleosides and 2,3-Dideoxy-β-D-pentofuranosides on Immobilized Bacterial Cells
  作者：Ivan Votruba、Antonín Holý、Hana Dvořáková、Jaroslav Günter、Dana Hocková、Hubert Hřebabecký、Tomas Cihlar、Milena Masojídková

  DOI：10.1135/cccc19942303

  日期：——

  Alginate gel-entrapped cells of auxotrophic thymine-dependent strain of E. coli catalyze the transfer of 2-deoxy-D-ribofuranosyl moiety of 2'-deoxyuridine to purine and pyrimidine bases as well as their aza and deaza analogs. All experiments invariably gave β-anomers; in most cases, the reaction was regiospecific, affording N⁹-isomers in the purine and N¹-isomers in the pyrimidine series. Also a 2,3-dideoxynucleoside can serve as donor of the glycosyl moiety. The acceptor activity of purine bases depends only little on substitution, the only condition being the presence of N⁷-nitrogen atom. On the other hand, in the pyrimidine series the activity is limited to only a narrow choice of mostly short 5-alkyl and 5-halogeno uracil derivatives. Heterocyclic bases containing amino groups are deaminated; this can be avoided by conversion of the base to the corresponding N-dimethylaminomethylene derivative which is then ammonolyzed. The method was verified by isolation of 9-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl) derivatives of adenine, guanine, 2-chloroadenine, 6-methylpurine, 8-azaadenine, 8-azaguanine, 1-deazaadenine, 3-deazaadenine, 1-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl) derivatives of 5-ethyluracil, 5-fluorouracil, and 9-(2,3-dideoxy-β-D-pentofuranosyl)hypoxanthine, 9-(2,3-dideoxy-β-D-pentofuranosyl)-6-methylpurine, and other nucleosides.

  藻酸盐凝胶包埋的辅助胸腺嘧啶依赖菌株大肠杆菌细胞催化2'-脱氧尿嘧啶的2-脱氧-D-核糖呋喃基团转移到嘌呤和嘧啶碱基以及它们的氮杂和去氮类似物。所有实验都不可避免地产生β-异构体；在大多数情况下，反应是区域特异性的，产生嘌呤中的N⁹-异构体和嘧啶系列中的N¹-异构体。此外，2,3-二脱氧核苷酸可以作为糖基团的供体。嘌呤碱基的受体活性仅在取代上有少许影响，唯一的条件是存在N⁷-氮原子。另一方面，在嘧啶系列中，活性仅限于大多数短链5-烷基和5-卤代尿嘧啶衍生物的狭窄选择。含氨基的杂环碱基会发生脱氨作用；可以通过将碱基转化为相应的N-二甲氨基甲烯基衍生物来避免这种情况，然后进行氨解作用。该方法通过分离腺嘌呤、鸟嘌呤、2-氯腺嘌呤、6-甲基嘌呤、8-氮杂腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤、1-去氮腺嘌呤、3-去氮腺嘌呤的9-(2-脱氧-β-D-核糖呋喃基)衍生物，5-乙基尿嘧啶、5-氟尿嘧啶的1-(2-脱氧-β-D-核糖呋喃基)衍生物，以及9-(2,3-二脱氧-β-D-戊呋喃基)缺氧嘌呤、9-(2,3-二脱氧-β-D-戊呋喃基)-6-甲基嘌呤和其他核苷酸的验证。
• Chemical Morphing of DNA Containing Four Noncanonical Bases
  作者：Elena Eremeeva、Michail Abramov、Lia Margamuljana、Jef Rozenski、Valerie Pezo、Philippe Marlière、Piet Herdewijn

  DOI：10.1002/anie.201601529

  日期：2016.6.20

  The ability of alternative nucleic acids, in which all four nucleobases are substituted, to replicate in vitro and to serve as genetic templates in vivo was evaluated. A nucleotide triphosphate set of 5‐chloro‐2′‐deoxyuridine, 7‐deaza‐2′‐deoxyadenosine, 5‐fluoro‐2′‐deoxycytidine, and 7‐deaza‐2′deoxyguanosine successfully underwent polymerase chain reaction (PCR) amplification using templates of different

  评估了替代核酸（其中所有四个核碱基均被取代）在体外复制并在体内用作遗传模板的能力。使用5-氯-2'-脱氧尿苷，7-脱氮-2'-脱氧腺苷，5-氟-2'-脱氧胞苷和7-脱氮-2'脱氧鸟苷的三磷酸核苷酸组成功地通过聚合酶链反应（PCR）扩增不同长度（57或525mer）的模板和Taq或Vent（exo-）DNA聚合酶作为催化剂。此外，使用这些完全取代的核苷酸通过PCR产生了编码二氢叶酸还原酶的完全变形基因，并被证明可以转化并赋予甲氧苄啶对大肠杆菌的抗性。这些结果表明完全修饰的模板可以被细菌复制机制准确读取，并提供了一个长的完全修饰的DNA分子在体内起作用的第一个例子。
• Enzymatic Synthesis of 2′-Deoxy-β-d-ribonucleosides of 8-Azapurines and 8-Aza-7-deazapurines
  作者：Igor Mikhailopulo、Vladimir Stepchenko、Frank Seela、Roman Esipov、Anatoly Miroshnikov、Yuri Sokolov

  DOI：10.1055/s-0031-1290679

  日期：2012.6

  2′-deoxyguanosine, 2′-deoxycytidine, 2′-deoxyuridine, and 2′-deoxythymidine as 2-deoxy- d -ribofuranose donors and recombinant E. coli purine nucleoside phosphorylase (PNP) as biocatalyst, and (ii) one-pot synthesis from 2-deoxy- d -ribose and nucleobases employing recombinant E. coli ribokinase (RK), phosphopentomutase (PPM) and PNP as biocatalysts. Good substrate activity was observed for all bases studied

  已经研究了 8-氮杂嘌呤和 8-氮杂-7-脱氮嘌呤 2'-脱氧核糖核苷的酶促合成。已使用两种方法：(i) 使用 2'-脱氧鸟苷、2'-脱氧胞苷、2'-脱氧尿苷和 2'-脱氧胸苷作为 2-脱氧-d-呋喃核糖供体和重组大肠杆菌嘌呤核苷磷酸化酶 (PNP) 的转糖基化) 作为生物催化剂，以及 (ii) 使用重组大肠杆菌核糖激酶 (RK)、磷酸戊糖变位酶 (PPM) 和 PNP 作为生物催化剂，从 2-脱氧-d-核糖和核碱基一锅法合成。除了 2-amino-8-aza-6-chloro-7-deazapurine 外，所有研究的碱基都观察到了良好的底物活性，由于碱基的溶解度非常低和 C6 的部分替代，它以中等产率提供了所需的 N 9-核苷-氯原子并与羟基形成核苷。E. Ser90 Oγ 的参与。
• Revisiting Pyrazolo[3,4-<i>d</i>]pyrimidine Nucleosides as Anti-<i>Trypanosoma cruzi</i> and Antileishmanial Agents
  作者：Jakob Bouton、Ludmila Ferreira de Almeida Fiuza、Camila Cardoso Santos、Maria Angela Mazzarella、Maria de Nazaré Correia Soeiro、Louis Maes、Izet Karalic、Guy Caljon、Serge Van Calenbergh

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c00135

  日期：2021.4.8

  for new drug discovery. As both kinetoplastid parasites are incapable of de novo purine synthesis, they depend on purine salvage pathways that allow them to acquire and process purines from the host to meet their demands. Purine nucleoside analogues therefore constitute a logical source of potential antiparasitic agents. Earlier optimization efforts of the natural product tubercidin (7-deazaadenosine)

  恰加斯病和内脏利什曼病是导致世界各地众多死亡的两种被忽视的热带病。对于这两种方法，目前的治疗方法都远远不够，导致对新药发现的持续需求。由于两种运动质体寄生虫均无法进行嘌呤从头合成，因此它们依赖于嘌呤挽救途径，从而使它们能够从宿主处获取和加工嘌呤来满足其需求。因此，嘌呤核苷类似物构成潜在抗寄生虫剂的逻辑来源。天然产物结核菌素（7-脱氮杂腺苷）的早期优化工作涉及对核碱基7位和呋喃核糖3'位的修饰，从而产生了具有强效抗布鲁氏锥虫和抗克鲁氏锥虫的类似物活动。在这项工作中，我们报告了3'-和7-修饰的吡唑并[3,4- d ]嘧啶核苷的设计和合成，并评估了它们作为抗克氏锥虫和抗疟药的潜力。选择了一种化合物在急性恰加斯病小鼠模型中进行体内评估。
• 8-Aza-7-deazaadenineN8- andN8-(?-D-2?-Deoxyribofuranosides): Building blocks for automated DNA synthesis and properties of oligodeoxyribonucleotides
  作者：Frank Seela、Klaus Kaiser

  DOI：10.1002/hlca.19880710723

  日期：1988.11.2

  synthesized. Benzoylation of 2 or 3, followed by 4,4′-dimethoxytritylation and subsequent phosphitylation yielded the methyl or the cyanoethyl phosphoramidites 8a,b and 9. They were employed in automated. DNA synthesis. Alternating oligomers containing 2 or 3 showed increase dTm values compared to those with dA, in particular 12 with an unusual N2-glycosylic bond. The palindromic oligomers 18-22 containing

  具有交替的8-氮杂-7-脱氮-2'-脱氧腺苷的寡核苷酸（= C 7 Ž 8甲d 2）和dT的残基（参见图11，14和16），或4-氨基吡唑并[3,4- d ]嘧啶Ñ 2 - （β-d -2'- deoxyribofuranoside）（= C 7 ž 8 A' d 1）; （3）和dT的残基（见12）已经制备通过使用P（III）的化学固相合成，另外，从d（CTGGATCCAG）衍生的但含有回文低聚物2或3，而不是DA（见18 - 22）已合成。2或3的苯甲酰化，然后进行4,4'-二甲氧基三苯甲基化和随后的磷酸化，得到甲基或氰基乙基亚磷酰胺8a，b和9。他们受雇于自动化。DNA合成。含有2或3个交替低聚物的dT m值比带有DA的低聚物，特别是12个具有异常的N 2-糖基键的dT m值增加。回文低聚物18 - 22含2或3 代替在酶识别侧之外的DA降低了水解速率，在d（GATC）内的取代消除了磷酸二酯水解。