(4R)-N-(3-((2-aminoethyl)amino)-3-oxopropyl)-2-(4-methoxyphenyl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxane-4-carboxamide | 912849-62-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (4R)-N-(3-((2-aminoethyl)amino)-3-oxopropyl)-2-(4-methoxyphenyl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxane-4-carboxamide
• 英文别名: (4R)-N-[3-(2-aminoethylamino)-3-oxopropyl]-2-(4-methoxyphenyl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxane-4-carboxamide
• CAS: 912849-62-8
• 化学式: C₁₉H₂₉N₃O₅
• 分子量: 379.456
• InChiKey: RMARCLPRQVHYQN-ATNAJCNCSA-N

物化性质

• 沸点：
  655.3±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.146±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.2
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.58
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (4R)-N-(3-((2-aminoethyl)amino)-3-oxopropyl)-2-(4-methoxyphenyl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxane-4-carboxamide 在 盐酸 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 10.0h， 生成 (R)-N-{2-[2-(3-Azido-propionylamino)-ethylcarbamoyl]-ethyl}-2,4-dihydroxy-3,3-dimethyl-butyramide
  参考文献：
  名称：

  用于体内蛋白质修饰的生物正交泛酰巯基乙胺类似物的合成和评价

  摘要：

  体内载体蛋白标记最近已成为融合系统的位点特异性修饰和天然产物蛋白质组学新方法的一个有吸引力的目标。对泛酰巯基乙胺类似物进行了详细研究，以确定活细胞内共价蛋白标记的合适伙伴。开发了泛酰胺类似物的快速合成，并用于生产用于体外和体内蛋白质标记评估的面板。动力学比较允许构建结构-活性关系，以查明载体蛋白标记选择的接头、染料和生物正交报告基因。最后，生物正交泛酰巯基乙胺类似物在体内以高特异性靶向载体蛋白，并在粗细胞裂解物中与报告分子进行化学选择性连接。

  DOI：

  10.1021/ja063217n
• 作为产物：
  描述：

  D-泛酸 在 4-二甲氨基吡啶 、 N-羟基丁二酰亚胺 、 camphor-10-sulfonic acid 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 (4R)-N-(3-((2-aminoethyl)amino)-3-oxopropyl)-2-(4-methoxyphenyl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxane-4-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  小分子恢复肠炎沙门氏菌衣康酸敏感性：一种潜在的治疗细菌感染的新方法。

  摘要：

  变得更加敏感：尽管新的抗生素和抗药性抑制剂为抗药性提供了临时解决方案，但它们势必会过时。在这项工作中，我们提出了一种新的方法，即造币细菌调节。它不会直接杀死细菌，因此很少选择抗性菌株，但使它们更容易受到巨噬细胞防御的影响。

  DOI：

  10.1002/cbic.201600078

文献信息

• Dissecting modular synthases through inhibition: A complementary chemical and genetic approach
  作者：Christopher R. Vickery、Ian P. McCulloch、Eva C. Sonnenschein、Joris Beld、Joseph P. Noel、Michael D. Burkart

  DOI：10.1016/j.bmcl.2019.126820

  日期：2020.1

  Modular synthases, such as fatty acid, polyketide, and non-ribosomal peptide synthases (NRPSs), are sophisticated machineries essential in both primary and secondary metabolism. Various techniques have been developed to understand their genetic background and enzymatic abilities. However, uncovering the actual biosynthetic pathways remains challenging. Herein, we demonstrate a pipeline to study an

  模块化合酶，例如脂肪酸，聚酮化合物和非核糖体肽合酶（NRPS），是在初级和次级代谢中必不可少的复杂机制。已经开发了各种技术来了解其遗传背景和酶促能力。然而，揭示实际的生物合成途径仍然具有挑战性。在本文中，我们展示了通过询问BPSA（一种产生蓝色3,3'-联吡啶基颜料靛蓝苷的NRPS）的各个酶结构域的酶功能来研究装配线合酶的管道。获得或合成了针对BPSA的每个生物合成域的特异性抑制剂，并通过在体外和在活细菌中的色素发育来监测BPSA在添加每种抑制剂后的酶促性能。使用遗传突变体使每个结构域失活验证了结果。最后，该结果补充了目前提出的BPSA的生物合成途径。
• Visualizing the Chain-Flipping Mechanism in Fatty-Acid Biosynthesis
  作者：Joris Beld、Hu Cang、Michael D. Burkart

  DOI：10.1002/anie.201408576

  日期：2014.12.22

  within its hydrophobic core, but this dynamic mechanism remains poorly understood. We exploited solvatochromic pantetheine probes attached to ACP that fluoresce when sequestered. The addition of a catalytic partner lures the cargo out of the ACP and into the active site of the enzyme, thus enhancing fluorescence to reveal the elusive chain‐flipping mechanism. This activity was confirmed by the use of

  脂肪酸合酶的酰基载体蛋白（ACP）在其疏水性核心内螯合了延长产物，但这种动力学机制仍知之甚少。我们利用了附着在ACP上的溶剂化变色泛肽探针，该探针在被隔离时会发出荧光。催化伴侣的加入将货物引诱出ACP并进入酶的活性位点，从而增强了荧光从而揭示了难以捉摸的链翻转机制。通过使用双溶剂变色交联探针和溶液相NMR光谱证实了这种活性。通过单分子荧光技术可以观察到链翻转机制，从而证明了大肠杆菌ACP及其酮酰基合酶催化伙伴KASII之间的特异性。
• Trapping of the Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase–Acyl Carrier Protein Interaction
  作者：Lorillee Tallorin、Kara Finzel、Quynh G. Nguyen、Joris Beld、James J. La Clair、Michael D. Burkart

  DOI：10.1021/jacs.5b13456

  日期：2016.3.30

  trap interactions with partner enzymes, and we continue to expand the tools for studying these pathways. We now describe application of the slow-onset, tight-binding inhibitor triclosan to explore the interactions between the type II fatty acid ACP from Escherichia coli, AcpP, and its corresponding enoyl-ACP reductase, FabI. We show that the AcpP-triclosan complex demonstrates nM binding, inhibits

  作为代谢工程的理想目标，脂肪酸生物合成在分子水平上仍然知之甚少。这些载体蛋白依赖性通路需要基本的蛋白质-蛋白质相互作用来指导反应性和持续合成能力，它们的控制已成为成功适应这些生物机器的主要障碍之一。我们的实验室开发了制备载有底物模拟物和交联剂的酰基载体蛋白 (ACP) 的方法，以可视化和捕获与伙伴酶的相互作用，我们将继续扩展研究这些途径的工具。我们现在描述应用缓慢起效、紧密结合的抑制剂三氯生来探索来自大肠杆菌的 II 型脂肪酸 ACP、ACPP 与其相应的烯酰 ACP 还原酶 FabI 之间的相互作用。
• Structure and Substrate Sequestration in the Pyoluteorin Type II Peptidyl Carrier Protein PltL
  作者：Matt J. Jaremko、D. John Lee、Stanley J. Opella、Michael D. Burkart

  DOI：10.1021/jacs.5b04525

  日期：2015.9.16

  and incorporation of pyrrole moieties. Further NOE analysis provided a unique pyrrole binding motif, offering accurate substrate positioning within the cleft between helices II and III. The overall structure resembles other PCPs but contains a unique conformation for helix III. This provides evidence of sequestration by the PCP of aromatic pyrrole substrates, illustrating the importance of substrate protection

  II 型非核糖体肽合成酶 (NRPS) 产生奇异的氨基酸衍生物，结合其他途径，形成许多具有生物活性的天然产物。一类 II 型 NRPS 会产生吡咯部分，这些部分通常由脯氨酸氧化产生，同时与保守的 II 型肽基载体蛋白 (PCP) 相连，如 PltL 在 pyoluteorin 的生物合成中的例子。我们试图通过研究连接到 PltL 的吡咯类似物来了解吡咯 PCP 在底物和蛋白质相互作用中的结构作用。液相 NMR 结构分析揭示了螺旋 II 和 III 残基与结合的吡咯部分的关键相互作用。在其他含有吡咯的途径中，PCP 中这些残基的保守性表明吡咯部分的形成、修饰和掺入的保守机制。进一步的 NOE 分析提供了一个独特的吡咯结合基序，在螺旋 II 和 III 之间的裂缝内提供准确的底物定位。整体结构类似于其他 PCP，但包含螺旋 III 的独特构象。这提供了芳香族吡咯底物的 PCP 螯合的证据，说明了底物保护和调节在
• Modifying the Thioester Linkage Affects the Structure of the Acyl Carrier Protein
  作者：Terra Sztain、Ashay Patel、D. John Lee、Tony D. Davis、J. Andrew McCammon、Michael D. Burkart

  DOI：10.1002/anie.201903815

  日期：2019.8.5

  involve replacement of the thioester with a more stable amide or ester bond. We explored the importance of the thioester bond to the structure of the carrier protein by using solution NMR spectroscopy and molecular dynamics simulations. Remarkably, the replacement of sulfur with other heteroatoms results in significant structural changes, thus suggesting more rigorous selections of isosteric substitutes

  在许多复杂的生物合成途径的中心，酰基载体蛋白（ACP）将底物穿梭到合适的酶促伴侣上，从而产生脂肪酸和聚酮化合物。载体蛋白通过硫酯键与磷酸泛肽辅因子共价束缚其货物。由于这种键的不稳定性质，已经开发出化学酶方法，该方法涉及用更稳定的酰胺或酯键替代硫酯。我们通过使用溶液NMR光谱和分子动力学模拟探索了硫酯键对载体蛋白结构的重要性。值得注意的是，用其他杂原子取代硫会导致结构上的重大变化，因此表明需要更严格地选择等位异构体。