3',5'-O-bis(tert-butyl(dimethyl)silyl)-5-(aminomethyl)deoxycytidine | 886578-10-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-O-bis(tert-butyl(dimethyl)silyl)-5-(aminomethyl)deoxycytidine
• 英文别名: 5-(Aminomethyl)-2a(2)-deoxy-3a(2),5a(2)-bis-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]cytidine；4-amino-5-(aminomethyl)-1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 886578-10-5
• 化学式: C₂₂H₄₄N₄O₄Si₂
• 分子量: 484.787
• InChiKey: XKLGEKRKLHGVJV-RCCFBDPRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.98
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-O-bis(tert-butyl(dimethyl)silyl)-5-(aminomethyl)deoxycytidine 在 四丁基氟化铵 、 水 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 6-[2-deoxy-β-D-ribofuranosyl]-3,4-dihydropyrimido[4,5-d]pyrimidine-2,7(1H,6H)-dione
  参考文献：
  名称：

  新型荧光双环4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物的合成与性能。

  摘要：

  [反应：见正文]合成了一种几何上锁定的双环4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物（1，dC（hpp）），作为一种新的荧光核碱基。通过T（m）分析研究了含有dC（hpp）的寡聚脱氧核苷酸的杂交特性。发现dC（hpp）不仅与互补鸟嘌呤碱基而且与腺嘌呤碱基形成稳定的碱基对。有趣的是，仅当形成dC（hpp）-dG碱基对时，dC（hpp）的荧光才被抑制。

  DOI：

  10.1021/ol053125n
• 作为产物：
  描述：

  5-叠氮基甲基-2'-脱氧尿苷 在 palladium on activated charcoal 咪唑 、 四丁基溴化铵 、 氨 、 氢气 、 sodium carbonate 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 14.0h， 生成 3',5'-O-bis(tert-butyl(dimethyl)silyl)-5-(aminomethyl)deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  新型荧光双环4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物的合成与性能。

  摘要：

  [反应：见正文]合成了一种几何上锁定的双环4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物（1，dC（hpp）），作为一种新的荧光核碱基。通过T（m）分析研究了含有dC（hpp）的寡聚脱氧核苷酸的杂交特性。发现dC（hpp）不仅与互补鸟嘌呤碱基而且与腺嘌呤碱基形成稳定的碱基对。有趣的是，仅当形成dC（hpp）-dG碱基对时，dC（hpp）的荧光才被抑制。

  DOI：

  10.1021/ol053125n

文献信息

• [EN] INHIBITORS OF DNMT1 AS ANTICANCER THERAPEUTIC AGENTS<br/>[FR] INHIBITEURS DE DNMT1 UTILISÉS EN TANT QU'AGENTS THÉRAPEUTIQUES ANTICANCÉREUX
  申请人：VICTORIA LINK LTD

  公开号：WO2020013712A1

  公开（公告）日：2020-01-16

  Inhibitors of DNA methyltransferase 1 (an enzyme responsible for the maintenance of DNA CpG methylation marks in human cells) and their use as therapeutic agents against various cancers. The invention relates to compounds, pharmaceutical compositions, methods for inhibiting DNA methyltransferase 1, and methods for treating cancer. The inhibitors are compounds of the general formula.

  DNA 甲基转移酶 1 的抑制剂（一种负责在人类细胞中维持 DNA CpG 甲基化标记的酶）及其作为治疗各种癌症的药物的使用。该发明涉及化合物、药物组合物、抑制 DNA 甲基转移酶 1 的方法以及治疗癌症的方法。这些抑制剂是一般公式的化合物。
• Synthesis and Characterization of Transition-State Analogue Inhibitors against Human DNA Methyltransferase 1
  作者：Farah Lamiable-Oulaidi、Rajesh K. Harijan、Karl J. Shaffer、Douglas R. Crump、Yan Sun、Quan Du、Shivali A. Gulab、Ashna A. Khan、Andreas Luxenburger、Anthony D. Woolhouse、Simone Sidoli、Peter C. Tyler、Vern L. Schramm

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c01869

  日期：2022.4.14

  methyltransferase 1 (DNMT1) silences tumor-suppression genes, and inhibition of DNMT1 can reactivate silenced genes. The 5-azacytidines are approved inhibitors of DNMT1, but their mutagenic mechanism limits their utility. A synthon approach from the analogues of S-adenosylhomocysteine, methionine, and deoxycytidine recapitulated the chemical features of the DNMT1 transition state in the synthesis of 16 chemically

  人类 DNA 甲基转移酶 1 (DNMT1) 对 CpG 区域的高甲基化使肿瘤抑制基因沉默，而对 DNMT1 的抑制可以重新激活沉默的基因。5-氮杂胞苷是经批准的 DNMT1 抑制剂，但它们的诱变机制限制了它们的效用。来自S-腺苷高半胱氨酸、蛋氨酸和脱氧胞苷类似物的合成子方法在 16 种化学稳定的过渡态模拟物的合成中概括了 DNMT1 过渡态的化学特征。对引起纯化的DNMT1的完全和部分抑制的抑制剂进行了表征。抑制剂对 DNMT1 与 DNMT3b 显示出适度的选择性。活性位点对接预测抑制剂与S-腺苷-l的相互作用催化位点的甲硫氨酸和脱氧胞苷区域，通过直接结合分析进行验证。纯化的 DNMT1 的抑制剂作用未反映在培养的细胞中。部分抑制剂激活细胞 DNA 甲基化，而完全抑制剂对细胞 DNA 甲基化没有影响。这些化合物提供了对用于 DNA 甲基转移酶的新的非共价 DNMT 化学支架家族的化学访问。
• Synthesis and Fluorescent Properties of Bi- and Tricyclic 4-<i>N</i>-Carbamoyldeoxycytidine Derivatives
  作者：Kenichi Miyata、Ryota Mineo、Ryuji Tamamushi、Masahiro Mizuta、Akihiro Ohkubo、Haruhiko Taguchi、Kohji Seio、Tomofumi Santa、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/jo0617767

  日期：2007.1.1

  [GRAPHICS]New bi- and tricyclic deoxycytidine derivatives (dC(hpd), dC(mpp), dC(tpp), dC(ppp)) were synthesized as analogues of a fluorescent nucleoside, dC(hpp), previously reported. The carbamoyl group of dC(hpd) and the 5-position of the cytosine ring are bridged via an ethylene linker so that the modified group forms a nonplanar structure with the cytosine ring. The fluorescent study of dC(hpd) indicated that the coplanar structure between the carbamoyl group and the cytosine ring is of importance. N-Methylation of the carbamoyl group (dC(mpp)) weakened the intensity of the fluorescence of dC(hpp), and the derivative (dC(tpp)), which had a thiocarbamoyl group, lost its fluorescent property. Moreover, addition of a pyrrolo-ring (dC(ppp)) to dC(hpp) enhanced the intensity of fluorescence, and an emission light was observed with a marked Stokes shift of 120 nm.
• Synthesis and Properties of a New Fluorescent Bicyclic 4-<i>N</i>-Carbamoyldeoxycytidine Derivative
  作者：Kenichi Miyata、Ryuji Tamamushi、Akihiro Ohkubo、Haruhiko Taguchi、Kohji Seio、Tomofumi Santa、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ol053125n

  日期：2006.4.1

  [reaction: see text] A bicyclic 4-N-carbamoyldeoxycytidine derivative (1, dC(hpp)) geometrically locked was synthesized as a new fluorescent nucleobase. The hybridization properties of oligodeoxynucleotides containing dC(hpp) were investigated by use of T(m) analysis. It was found that dC(hpp) forms stable base pairs not only with the complementary guanine base, but also with the adenine base. Interestingly

  [反应：见正文]合成了一种几何上锁定的双环4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物（1，dC（hpp）），作为一种新的荧光核碱基。通过T（m）分析研究了含有dC（hpp）的寡聚脱氧核苷酸的杂交特性。发现dC（hpp）不仅与互补鸟嘌呤碱基而且与腺嘌呤碱基形成稳定的碱基对。有趣的是，仅当形成dC（hpp）-dG碱基对时，dC（hpp）的荧光才被抑制。