万古霉素糖苷配基 | 82198-76-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: 万古霉素糖苷配基
• 中文别名: 万古霉素杂质
• 英文名称: vancomycin aglycon
• 英文别名: vancomycin aglycone；Vancomycin's aglycon；(1S,2R,18R,19R,22S,25R,28R,40S)-22-(2-amino-2-oxoethyl)-5,15-dichloro-2,18,32,35,37,48-hexahydroxy-19-[[(2R)-4-methyl-2-(methylazaniumyl)pentanoyl]amino]-20,23,26,42,44-pentaoxo-7,13-dioxa-21,24,27,41,43-pentazaoctacyclo[26.14.2.23,6.214,17.18,12.129,33.010,25.034,39]pentaconta-3,5,8(48),9,11,14,16,29(45),30,32,34(39),35,37,46,49-pentadecaene-40-carboxylate
• CAS: 82198-76-3
• 化学式: C₅₃H₅₂Cl₂N₈O₁₇
• 分子量: 1143.95
• InChiKey: JHIKFOISFAQTJQ-YZANBJIASA-N

物化性质

• 沸点：
  1599.6±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.67±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  可溶于DMSO（少许）、甲醇（少许）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.6
• 重原子数：
  80
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  407
• 氢给体数：
  15
• 氢受体数：
  18

安全信息

• 储存条件：
  -20°C，密闭保存，并保持干燥。

制备方法与用途

Vancomycin aglycon is an impurity of vancomycin and functions as a peptide antibiotic.

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  ——	N-Demethylaglycovancomycin	101485-48-7	C52H50Cl2N8O17	1129.92
  去甲糖胺基万古霉素	vancomycin pseudoaglycon	101485-50-1	C59H62Cl2N8O22	1306.09
  万古霉素	vancomycin	1404-90-6	C66H75Cl2N9O24	1449.27
  ——	methyl (1S,2R,18R,19R,22S,25R,28R,40S)-22-[2-[bis(4-methoxyphenyl)methylamino]-2-oxoethyl]-2,18-bis[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy]-5,15-dichloro-32,35,37,48-tetramethoxy-19-[[(2R)-4-methyl-2-[methyl-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonyl]amino]pentanoyl]amino]-20,23,26,42,44-pentaoxo-7,13-dioxa-21,24,27,41,43-pentazaoctacyclo[26.14.2.23,6.214,17.18,12.129,33.010,25.034,39]pentaconta-3,5,8(48),9,11,14,16,29(45),30,32,34(39),35,37,46,49-pentadecaene-40-carboxylate	218916-02-0	C90H112Cl2N8O21Si2	1769.0
  ——	N3-4'-trifluoromethyldiphenylmethylvancomycin	——	C80H84Cl2F3N9O24	1683.49

• 下游产品

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  ——	(1S,2R,18R,19R,22S,25R,28R,40S)-22-(2-amino-2-oxoethyl)-5-chloro-2,18,32,35,37,48-hexahydroxy-19-[[(2R)-4-methyl-2-(methylamino)pentanoyl]amino]-20,23,26,42,44-pentaoxo-7,13-dioxa-21,24,27,41,43-pentazaoctacyclo[26.14.2.23,6.214,17.18,12.129,33.010,25.034,39]pentaconta-3,5,8,10,12(48),14(47),15,17(46),29(45),30,32,34(39),35,37,49-pentadecaene-40-carboxylic acid	98525-46-3	C53H53ClN8O17	1109.5
  ——	L-N-Acetyldemethylvancomycin aglycone	——	C54H52Cl2N8O18	1171.96
  ——	N-Des-leucylvancomycin aglycone	115220-79-6	C46H39Cl2N7O16	1016.76
  ——	(1S,2R,18R,19R,22S,25R,28R,40S)-22-(2-amino-2-oxoethyl)-5,15-dichloro-2,18,32,35,37-pentahydroxy-48-methoxy-19-[[(2R)-4-methyl-2-(methylamino)pentanoyl]amino]-20,23,26,42,44-pentaoxo-7,13-dioxa-21,24,27,41,43-pentazaoctacyclo[26.14.2.23,6.214,17.18,12.129,33.010,25.034,39]pentaconta-3,5,8(48),9,11,14,16,29(45),30,32,34(39),35,37,46,49-pentadecaene-40-carboxylic acid	87411-95-8	C54H54Cl2N8O17	1157.97
  ——	N-(omega-Aminodecyl) amide of vancomycin aglycon	——	C63H74Cl2N10O16	1298.24
  ——	orienticin C aglycon	98510-34-0	C53H54N8O17	1075.06
  ——	N-(omega-Aminodecyl) amide of des(N-methyl-D-leucyl)-vancomycin aglycon	——	C56H61Cl2N9O15	1171.06
  ——	N-(Adamantyl-2) amide of vancomycin aglycon	——	C63H67Cl2N9O16	1277.18
  ——	N-(Adamantyl-1)-methyl amide of des(N-methyl-D-leucyl)-vancomycin aglycon	——	C57H56Cl2N8O15	1164.02
  ——	N-alloc-O-PMB vancomycin aglycon allyl ester	220971-89-1	C68H68Cl2N8O20	1388.24

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  万古霉素糖苷配基 在 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 N-Des-leucylvancomycin aglycone
  参考文献：
  名称：

  糖肽抗生素万古霉素，埃雷霉素和脱氯埃霉素的一系列抗病毒和抗菌糖苷配基衍生物的构效关系研究。

  摘要：

  合成了万古霉素，埃雷霉素和脱氯埃莫霉素糖苷配基的N-（金刚烷基-1）甲基，N-（金刚烷基-2）和N-（ω-氨基癸基）酰胺及其des-（N-Me-D-Leu）衍生物并对其抗菌和抗HIV活性进行了研究。具有完整肽核的羧酰胺表现出对糖肽敏感和耐药细菌（1-32 microM）的活性。埃雷霉素苷元的N-（金刚烷基-1）甲基羧酰胺具有良好的抗逆转录病毒活性（针对HIV-1为1.6 microM）。具有破坏的肽核心[des-（（N-Me-D-Leu）-aglycon酰胺]的化合物对糖肽敏感和耐药细菌均无活性。des-（N-Me-D-Leu）-eremomycin糖苷配基的（金刚烷-1）甲酰胺具有良好的抗逆转录病毒活性（HIV-1的EC50为5.5 microM，HIV-2的EC50为3.5 microM）。埃雷霉素糖苷配基的（金刚烷-1）甲基酰胺及其去-（N-Me-d-Leu）-衍生物是最有前途和选择

  DOI：

  10.1021/jm0500774
• 作为产物：
  描述：

  万古霉素 在 氢氟酸 作用下， 以 苯甲醚 为溶剂， 反应 2.0h， 以91%的产率得到万古霉素糖苷配基
  参考文献：
  名称：

  一种新的改进的糖肽抗生素去糖基化方法，以万古霉素，瑞斯托菌素和雷莫拉宁为例。

  摘要：

  已经开发出用于糖肽抗生素的去糖基化的通用方法。用无水HF处理万古霉素，瑞斯托菌素和雷莫拉宁可有效裂解糖，从而以高收率提供相应的糖苷配基。

  DOI：

  10.1016/s0960-894x(03)00051-9

文献信息

• Lipophilic vancomycin aglycon dimer with high activity against vancomycin-resistant bacteria
  作者：Venkateswarlu Yarlagadda、Paramita Sarkar、Goutham B. Manjunath、Jayanta Haldar

  DOI：10.1016/j.bmcl.2015.10.083

  日期：2015.12

  superbugs such as vancomycin-resistant Enterococci (VRE) and Staphylococci have become a major global health hazard. To address this issue, we synthesized vancomycin aglycon dimers to systematically probe the impact of a linker on biological activity. A dimer having a pendant lipophilic moiety in the linker showed ∼300-fold more activity than vancomycin against VRE. The high activity of the compound

  耐抗生素的超级细菌，例如耐万古霉素的肠球菌（VRE）和葡萄球菌，已成为全球主要的健康危害。为了解决这个问题，我们合成了万古霉素糖苷配基二聚体，以系统地研究接头对生物活性的影响。在接头中具有亲脂性侧基的二聚体显示出比万古霉素高约300倍的抗VRE活性。该化合物的高活性归因于其与靶标肽的增强的结合亲和力，从而导致改善的肽聚糖（细胞壁）生物合成抑制作用。因此，我们的研究表明，使用简便的合成方法制备的这些化合物可用于对抗耐万古霉素的细菌感染。
• Total Syntheses of Vancomycin and Eremomycin Aglycons
  作者：David A. Evans、Michael R. Wood、B. Wesley Trotter、Timothy I. Richardson、James C. Barrow、Jeffrey L. Katz

  DOI：10.1002/(sici)1521-3773(19981016)37:19<2700::aid-anie2700>3.0.co;2-p

  日期：1998.10.16

  and axial chirality are the principal challenges in the synthesis of the aglycon of vancomycin. Vancomycin is the prototypical member of the glycopeptide family of antibiotics which are effective for the treatment of infections by methicillin-resistant Staphylococcus aureus. The first total syntheses of the vancomycin and eremomycin aglycons provide insight into the influence of structure on kinetic

  控制平面和轴向手性的元素是万古霉素糖苷配基合成中的主要挑战。万古霉素是抗生素糖肽家族的原型成员，对治疗耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌感染有效。万古霉素和埃雷霉素糖苷配基的第一个总合成提供了洞察结构对阻转选择性大环化反应动力学和热力学控制的影响的见解。
• Total Syntheses and Initial Evaluation of [Ψ[C(═S)NH]Tpg⁴]vancomycin, [Ψ[C(═NH)NH]Tpg⁴]vancomycin, [Ψ[CH₂NH]Tpg⁴]vancomycin, and Their (4-Chlorobiphenyl)methyl Derivatives: Synergistic Binding Pocket and Peripheral Modifications for the Glycopeptide Antibiotics
  作者：Akinori Okano、Atsushi Nakayama、Kejia Wu、Erick A. Lindsey、Alex W. Schammel、Yiqing Feng、Karen C. Collins、Dale L. Boger

  DOI：10.1021/jacs.5b01008

  日期：2015.3.18

  derivatives and full details of the peripheral chlorobiphenyl functionalization of all of the binding-pocket-modified vancomycin analogues designed for dual D-Ala-D-Ala/D-Ala-D-Lac binding. Their collective assessment indicates that combined binding pocket and chlorobiphenyl peripherally modified analogues exhibit a remarkable spectrum of antimicrobial activity (VSSA, MRSA, and VanA and VanB VRE) and impressive

  公开了关于万古霉素结合口袋类似物的全合成研究的全部细节，该类似物带有外周 L-vancosaminyl-1,2-D-葡糖基二糖，其包含对残基 4 酰胺（残基 4 羰基）中的一个关键单原子的改变。 O → S、NH、H2) 旨在直接解决万古霉素耐药性的潜在分子基础。还公开了对合成上更易接近的 C 端羟甲基苷元衍生物进行后期转化的试验研究，以及为双 D-Ala-D-设计的所有结合口袋修饰的万古霉素类似物的外围氯联苯官能化的全部细节。 Ala/D-Ala-D-Lac 结合。他们的集体评估表明，结合口袋和氯联苯外周修饰类似物的组合表现出显着的抗菌活性谱（VSSA、MRSA 和 VanA 和 VanB VRE）以及对万古霉素敏感和万古霉素耐药细菌的显着效力（MIC = 0.06-0.005脒和亚甲基类似物分别为 0.5-0.06 μg/mL）并且可能受益于两种独立的协同作用机制，其中只有一种依赖于
• Next-Generation Total Synthesis of Vancomycin
  作者：Maxwell J. Moore、Shiwei Qu、Ceheng Tan、Yu Cai、Yuzo Mogi、D. Jamin Keith、Dale L. Boger

  DOI：10.1021/jacs.0c07433

  日期：2020.9.16

  A next-generation total synthesis of vancomycin aglycon is detailed that was achieved in 17 steps (longest linear sequence, LLS) from the constituent amino acid subunits with kinetically controlled diastereoselective introduction of all three elements of atropisomerism. In addition to new syntheses of three of the seven amino acid subunits, highlights of the approach include a ligand-controlled atroposelective

  详细介绍了万古霉素苷元的下一代全合成，该合成通过 17 个步骤（最长线性序列，LLS）从组成氨基酸亚基实现，并通过动力学控制非对映选择性引入所有三种阻转异构元素。除了七个氨基酸亚基中三个的新合成外，该方法的亮点包括配体控制的 atroposelective one-pot Miyaura 硼酸化-Suzuki 偶联序列，用于引入 AB 联芳基手性轴 (>20:1 dr)，几乎没有竞争性差向异构化 (>30:1 dr) 的 AB 环系统的基本瞬时和可扩展的大环内酰胺化，以及用于连续 CD (8:1 dr) 和 DE 环闭合的两个室温 atroposelective 分子内 SNAr 环化 (14: 1 dr）受益于预先形成的 AB 环系统的预组织和微妙的取代基效应。结合万古霉素苷元的无保护基两步酶促糖基化，这提供了万古霉素的 19 步全合成。该方法为大规模合成制备口袋修饰万古霉素类似物铺平了
• Enzymatic Glycosylation of Vancomycin Aglycon: Completion of a Total Synthesis of Vancomycin and N- and C-Terminus Substituent Effects of the Aglycon Substrate
  作者：Atsushi Nakayama、Akinori Okano、Yiqing Feng、James C. Collins、Karen C. Collins、Christopher T. Walsh、Dale L. Boger

  DOI：10.1021/ol501568t

  日期：2014.7.3

  Studies on the further development of the sequential glycosylations of the vancomycin aglycon catalyzed by the glycosyltransferases GtfE and GtfD and the observation of unusual, perhaps unexpected, aglycon substrate substituent effects on the rate and efficiency of the initial glycosylation reaction are reported.

  报告了由糖基转移酶 GtfE 和 GtfD 催化的万古霉素苷元连续糖基化的进一步发展的研究，以及观察到不寻常的、也许是意想不到的苷元底物取代基对初始糖基化反应的速率和效率的影响。